Aufgabe dieses Seminars ist die Heranführung an Algorithmen im Bereich der Proteomik und Metabolomik, Forschungsgebiete, die im Bereich der Systembiologie liegen und in letzter Zeit von immer größer werdender Bedeutung sind. Die in diesen Bereichen eingesetzten Verfahren generieren im Allgemeinen große Mengen an Daten, die manuell kaum noch sinnvoll zu analysieren sind.
Insbesondere analytische Verfahren, die chemisch-physikalische Trennverfahren der Chromatographie mit verschiedenen Detektoren, wie z.B. Massenspektrometern koppeln, produzieren teilweise Daten im GB Bereich pro Stunde Laufzeit. Daher ist eines der Hauptkriterien die Geschwindigkeit der Verfahren, aber natürlich spielt auch die Qualität gerade im biologischen Kontext eine wichtige Rolle.
Die in diesem Gebiet verwendeten Algorithmen können einer Vielzahl von Ursprungsgebieten zugeordnet werden, z.B. stammen viele aus der Signal- und Bildverarbeitung, was fast zwangsläufig auch statistische Verfahren einschließt, so dass viele bekannte Datamining-Verfahren wie z.B. Principal Component Analysis ihre Anwendung finden.
Die Anwendungsgebiete der Algorithmen sind sehr vielfältig. Angefangen bei Datenvorverarbeitung und Aufbereitung mittels Filtern und Kompression über Merkmalsextraktion bis hin zu Korrelationsanalyse zwischen Merkmalen sind in jeder Stufe viele verschiedene Algorithmen denkbar und oft auch schon umgesetzt worden.
Ziel dieses Seminars ist daher die Erarbeitung und Präsentation einiger dieser Algorithmen, aber auch Ihres Umfeldes, durch die Studierenden, um einen Gesamtüberblick über die aktuelle bioinformatischen Forschung im Bereich Metabolomik und Proteomik zu vermitteln.
Übersicht, Scheinkriterien etc.
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Alle mit N.N. markierten Themen werden noch vergeben!
| Datum | Vortragende | Titel |
|---|---|---|
| April 11th, 2008 | Neuweger, Hoffmann | Vorstellung der Themen |
| April 18th, 2008 | Neuweger, Hoffmann | Introduction to Proteomics und Metabolomics Themenvergabe |
| April 25th, 2008 | Roxlau,Partosch David, Marks |
Mass Spectrometry Chromatography (Bibliography) |
| May 2nd, 2008 | Slai, Poyraz | Data Standards, Formats and Definitions (Bibliography) |
| May 9th, 2008 | Schröder Neuweger |
Databases in Mass Spectrometry (Bibliography) MeltDB - A Framework for the Analysis and Integration of Metabolome Experiment Datasets |
| May 16th, 2008 | Dörr Winkler, Schwarz |
Peak Detection und Feature Extraction (Bibliography) |
| May 23rd, 2008 | Stutz, Sieker | Peak Detection und Feature Extraction (Bibliography) |
| May 30th, 2008 | Torkler, Müller | Chromatogram Alignment (Bibliography) |
| June 6th, 2008 | Balske, Wilhelm Husemann |
Chromatogram Alignment (Bibliography) |
| June 13th, 2008 | ausgefallen | |
| June 20th, 2008 | Al-Dilaimi, Moore | Peptide Mass Fingerprints (Bibliography) |
| June 27th, 2008 | Siek, Hertrich Engelmann, Bienert |
Peptide Mass Fingerprints (Bibliography) Efficient Mass Decomposition (Bibliography) |
| July 4th, 2008 | ausgefallen | |
| July 11th, 2008 | Anisiforov Anstock |
Applications and Software Frameworks (Bibliography) XCMS (Bibliography) |
| July 18th, 2008 | Walter | Methods of quantitative Proteomics (Bibliography) |
