Algorithmen der Phylogenetik

Vorlesung im Wintersemester 2003

Mo 14-16 Uhr in C01-230

Sebastian Boecker

Kurzbeschreibung

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein:

• Diskussion der mathematischen und biologischen Begriffe
• Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
• Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
• Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood- Baumrekonstruktion
• Supertree-Verfahren
• Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

Literatur:

M.A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003. R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998. D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000. D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.