====== Sequenzanalyse II Sommersemester 2008 ======


===== Kurzbeschreibung =====
Wir werden einerseits Themen, die aus der Grundvorlesung bekannt sind, vertiefen, z.B. effiziente Implementierungen von Suffixbäumen und Suffixarrays, Alignment mit linearem Platzbedarf (Hirshberg-Technik), wie hängt das optimale Alignment von der benutzten Scorefunktion ab (parametrisches Alignment), längennormalisiertes Alignment  

Weiterhin betrachten wir neue Probleme und Modelle, z.B. Transkriptionsfaktorbindestellenvorhersage mit Hilfe von position weight matrices (PWMs), sowie die Modellierung von genomischen Signalen (wie CpG islands oder Genstrukturen) mit Hidden Markov Modellen (HMMs).  

Wir werden uns auch vermehrt anwendungsorientierten Algorithmen zuwenden: Vergleich ganzer Genome, Finden von repeats, etc. 



===== Literatur =====

  * [[http://wiki.techfak.uni-bielefeld.de/gi/Teaching/2009winter/SequenzAnalyse?action=AttachFile&do=get&target=sequence_analysis.pdf|Das Skript zur Vorlesung]] 
  * Prof. Volker Heun an der TU München hat auch eine gute [[http://www.bio.ifi.lmu.de/~heun/lecturenotes/|Skriptsammlung]]. 
  * Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997. 
  * Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.  


===== Veranstaltungsdaten =====
Wir bitten alle Studierende sich im ekvv fr Vorlesung und bungen zu registrieren. Dies erleichtert die Organisation der bungsgruppen erheblich. 



===== Vorraussetzungen =====

  * Algorithmen und Datenstrukturen I+II  
  * Sie können an der Prüfung teilnehmen, auch wenn Sie die Klausur von Sequenzanalyse I nicht bestanden haben. Der Stoff wird jedoch vorausgesetzt.  
  * [[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=6536352|ekvv-Registrierung Vorlesung]]  
  * [[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=6536423|ekvv-Registrierung Übung]] 


===== Scheinkriterien und Informationen zur Klausur =====

  * Die Klausur zu dieser Veranstaltung findet am 25. Juli 2008 zwischen 8:30 und   10:00 in Hörsaal 2 statt. Es wird um frühzeitiges Erscheinen bis 8:15 Uhr gebeten.  
  * Grundlage für die Klausur ist das Skript zur Vorlesung. Auch in der Vorlesung übersprungene, aber in den Übungen behandelte Abschnitte sind prüfungsrelevant.  
  * Für Studierende im 4. Semester BiG-Bachelor ist der erfolgreiche Abschluss des Moduls Algorithmen und Datenstrukturen Voraussetzung für die Teilnahme an der Klausur. Dies wird in der Woche vor der Klausur für alle im eKVV eingetragenen Teilnehmer überprüft. Deshalb ist es notwendig, sich für die Teilnahme an der Klausur dort zu registrieren.  
  * Die Übungen sind freiwillig, der Besuch wird jedoch dringend empfohlen! 
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| **Vorlesung:** | 392006 | Prof. Dr. Jens Stoye | [[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=6536352|ekvv]]|
| **Übungen:** | 392007 | Dipl.-Inf. Peter Husemann | [[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=6536423|ekvv]] |

==== Planung der Übungen ====

| **Termin** | **Tutor** | **Raum** |
| Di, 14-16 | Katrin | S2-143 |
| Di, 14-16 | Pina | M3-115 |
| Mi, 10-12 | Rolf | C01-243 |
| Mi, 12-14 | Florian | S2-143 |

==== Zeitplan: ====

| **Termin** | **Thema** | **Übungszettel** |
| 11.04.2008   | Vorwärts-Rückwärts-Technik | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008summer/sequenzanalyse/blatt00.pdf|Blatt 0]] |
| 18.04.2008   | Paarweises Alignment mit linearem Platzverbrauch | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008summer/sequenzanalyse/blatt01.pdf|Blatt 1]] |
| 25.04.2008   | Längennormalisiertes Alignment | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008summer/sequenzanalyse/blatt02.pdf|Blatt 2]] |
| 02.05.2008   | Parametrisches Alignment | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008summer/sequenzanalyse/blatt03.pdf|Blatt 3]] |
| 09.05.2008   | Multiples Alignment, Sum-of-Pairs Algorithmus | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008summer/sequenzanalyse/blatt04.pdf|Blatt 4]] |
| 16.05.2008   | Multiples Alignment, Sum-of-Pairs Algorithmus | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008summer/sequenzanalyse/blatt05.pdf|Blatt 5]] |
| 23.05.2008   | fällt aus | - |
| 30.05.2008   | Carillo Lipman | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008summer/sequenzanalyse/blatt06.pdf|Blatt 6]] |
| 06.06.2008   | Center Star, Divide and Conquer | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008summer/sequenzanalyse/blatt07.pdf|Blatt 7]] |
| 13.06.2008   | Tree Alignment | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008summer/sequenzanalyse/blatt08.pdf|Blatt 8]] |
| 20.06.2008   | fällt aus | - |
| 27.06.2008   | Multiples Alignment in der Praxis | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008summer/sequenzanalyse/blatt09.pdf|Blatt 9]] |
| 04.07.2008   | Whole-Genome-Alignment | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008summer/sequenzanalyse/blatt10.pdf|Blatt 10]] |
| 11.07.2008   | Whole-Genome-Alignment | - |
| 18.07.2008   | Beantwortung von Fragen | - |
| 25.07.2008   | Klausur | - |Back to [[:Teaching|Teaching]]