====== Grundlagen der Sequenzanalyse Wintersemester 2008/2009 ======


===== Kurzbeschreibung =====
Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist. 

In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.  



===== Literatur =====

  * [[http://wiki.techfak.uni-bielefeld.de/gi/Teaching/2009winter/SequenzAnalyse?action=AttachFile&do=get&target=sequence_analysis.pdf|Das Skript zur Vorlesung]] 
  * Prof. Volker Heun an der TU München hat auch eine gute [[http://www.bio.ifi.lmu.de/~heun/lecturenotes/|Skriptsammlung]]. 
  * Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997. 
  * Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.  


===== Veranstaltungsdaten =====
Wir bitten alle Studierenden, die an der Vorlesung teilnehmen und an den Übungen teilnehmen wollen, sich im ekvv zu registrieren. Dies ermöglicht eine reibungslosere Bedarfsabschätzung für die Übungen. 

\\ 


| **Vorlesung + Übungen:** | 392105 |Peter Husemann, Jens Stoye |Freitags 8:30 bis 10:00 Uhr in H11 |[[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=8231751|ekvv]] |

==== Planung der Übungen ====

| **Termin** | **Tutor** | **Raum** |
| Di, 16-18 | Rolf Hilker | U10-146 |
| Do, 14-16 | Samy Slaih | U10-146 |
| Fr, 12-14 | Pina Krell | U10-146 |

==== Zeitplan: ====

| **Termin** | **Thema** | **Übungszettel** | **Abgabedatum** |
| 17.10.2008    | Organisatorisches; Metriken auf Sequenzen | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008winter/sequenzanalyse/blatt01.pdf|Blatt 1]] | 31.10.2008 |
| 24.10.2008 | Keine Vorlesung | --- | --- |
| 31.10.2008 | Metriken auf Sequenzen | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008winter/sequenzanalyse/blatt02.pdf|Blatt 2]] | 7.11.2008 |
| 07.11.2008 | Edit Distanz | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008winter/sequenzanalyse/blatt03.pdf|Blatt 3]] | 14.11.2008 |
| 14.11.2008 | Effiziente Berechnung der Edit Distanz | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008winter/sequenzanalyse/blatt04.pdf|Blatt 4]] | 21.11.2008 |
| 21.11.2008 | q-gram Distanz| [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008winter/sequenzanalyse/blatt05.pdf|Blatt 5]], ([[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008winter/sequenzanalyse/texts.zip|texts.zip]]) | 28.11.2008 |
| 27.11.2008 | Maximal Matches Distanz | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008winter/sequenzanalyse/blatt06.pdf|Blatt 6]] | 05.12.2008 |
| 05.12.2008 | Scores und Kosten | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008winter/sequenzanalyse/blatt07.pdf|Blatt 7]] | 12.12.2008 |
| 12.12.2008 | Alignments | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008winter/sequenzanalyse/blatt08.pdf|Blatt 8]] | 19.12.2008 |
| 19.12.2008 | Globales und Lokales Alignment | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008winter/sequenzanalyse/blatt09.pdf|Blatt 9]] | 09.01.2009 |
| 09.01.2009 | Alignments in der Praxis | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008winter/sequenzanalyse/blatt10.pdf|Blatt 10]] | 16.01.2009 |
| 16.01.2009 | Statistiken auf Sequenzen | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008winter/sequenzanalyse/blatt11.pdf|Blatt 11]] | 23.01.2009 |
| 23.01.2009 | FASTA Score, Suffix Trees | [[http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2008winter/sequenzanalyse/blatt12.pdf|Blatt 12]] | 30.01.2009 |

==== Scheinkriterien und Informationen zur Klausur ====
\\ 


  * Die Klausur zu dieser Veranstaltung findet am 13. Februar 2009 zwischen 8:30 und 10:00 in Hörsaal 2 (Achtung Änderung, nicht H11) statt. Es wird um frühzeitiges Erscheinen bis 8:15 Uhr gebeten.Zur besseren Planung (Raumreservierung, Anzahl der gedruckten Klausuren) müssen sich alle, die die Klausur mitschreiben möchten verbindlich bis zum 06.02.2009 in eine Liste eintragen. Die Liste hängt an dem Schwarzen Brett der Technischen Fakultät im Bereich DMC.  
  * **Achtung: Personen die nicht auf der Liste stehen können die Klausur nicht mitschreiben!**  
  * Grundlage für die Klausur ist das Skript zur Vorlesung. Auch in der Vorlesung übersprungene, aber in den Übungen behandelte Abschnitte sind prüfungsrelevant.  
  * Für Studierende im 3. Semester BiG-Bachelor ist der erfolgreiche Abschluss des Moduls Algorithmen und Datenstrukturen Voraussetzung für die Teilnahme an der Klausur. Dies wird in der Woche vor der Klausur für alle im eKVV eingetragenen Teilnehmer überprüft. Deshalb ist es notwendig, sich für die Teilnahme an der Klausur dort zu registrieren.  
  * Die Nachprüfung findet am 24. März 2009 statt. Diese kann in Form einer Klausur oder als mündliche Prüfung durchgeführt werden. Die Form und die Anmeldungsmodalitäten werden mit den Ergebnissen der Klausur ausgehangen. 
Back to [[:teaching|Teaching]]