====== Use Cases ======


===== General Use Cases =====

  * Alphabet auswaehlen √ (Rolf) 
  * ~Alphabet eingeben ([[:NewAlphabetPage|NewAlphabetPage]] √ (Rolf) 
  * rootsequence(s)/organisms √ (Rolf) 
  * ~durchschnittliche sequenzlaenge √ (Rolf) 
  * Auftrittswahrscheinlichkeiten der characters eingeben 
  * ~Auftrittswahrscheinlichkeiten der characters auswaehlen 
  * Newick tree T eingeben 
  * ~Sequenzdistanz eingeben -> tree erzeugen 
  * Sequenz per Hand annotieren 
  * Für Root Annotation folgende Wahrscheinlichkeiten: 
    * Verhaeltnis der Evopls untereinander (inv:subs:ins:dels...) (nur für evopls-track) 
    * substitutionsmatrix auswaehlen: Alphabet x Alphabet 
    * substitutionsmatrix eingeben: Alphabet x Alphabet 
    * Annotation x Annotation Rearrangement Wahrscheinlichkeitsmatrix 
    * Insertionswahrscheinlichkeiten √ (Rolf) 
    * Deletionswahrscheinlichkeiten √ (Rolf) 
    * insertion / deletion probability functions (Laenge) √ (Rolf) 

    mutation probability likelihood vector (bleibt für annotation gleich) spezifiziert, mit welcher Wahrscheinlichkeit mutiert wird (conserved regions) 
    out: Alignment der Sequenzen 


===== Evopel + Edge =====

  * Gegeben Kantenlaenge, Sequenz (+ Eigenschaften) -> Evolviere Sequenz bzgl. Kantenlaenge 
    * Evolviere Sequenz bzgl. Annotationen 
      * Evolviere Annotation: 
      * Substitution(en) 
        * Gegeben: Annotation, Substitutionstabelle/Magictable (?) 
        * Verarbeitung: Entlang Sequenz der Annotation character mithilfe der Tabelle substitutieren 
        * Ergebnis: //neue// Sequenz 

        Deletion(en) 
        * Gegeben: //neue// Sequenz aus dem Schritt davor, Deletionswahrscheinlichkeit und Laengendistribution der Deletionen dieser Annotation 
        * Verarbeitung:  
          * Position bestimmen.  
          * Maximale Laenge ermitteln.  
          * Laenge bestimmen. 

          Ergebnis: //neuere// Sequenz ohne deletiertem Bereich 

        Insertionen(en) 
        * Gegeben: //neuere// Sequenz nach der Deletion, Insertionswahrscheinlichkeit und Laengendistribution dieser Annotation 
        * //feststellen ob Ins oder nicht// 
          * wenn Ins:  
            * Position bestimmen 
            * die Länge bestimmen 
            * chars pro Position bestimmen und einfügen und der Annotation begreiflich machen, dass die chars ihr gehören. 

            wenn keine Ins: mit nächster Annotation fortfahren 

          Ergebnis: //neueste// Sequenz mit Insertion(en) 





===== Tree Evolution =====

  * Controller erstellen √ 
  * Controller ruft Mutatoren auf √ 
  * Evoperations aufrufen (Controller) √ 
  * Rearrangements auswählen √ 
  * Interface für Rearrangement Mutatoren √ 
  * Rearrangement Mutator für Deletion √ 
  * Rearrangement Mutator für Transposons √ 
  * Rearrangement Mutator für Duplikation √ 
  * Rearrangement Mutator für Translokation √ 
  * Rearrangement Mutator für Inversion √ 
  * Rearrangement Mutator für k-cut&join X 
  * Wahrscheinlichkeiten für Mutatoren ins [[:RoseData|RoseData]] Interface schreiben (setter) √ 
  * Rearrangements loggen √ 
  * Organismen, Sequenzen und Buchstaben tiefenkopierbar √ 
  * Controller durchläuft Baum √ 
  * cut- und join- Operationen √ 
  * Rearrangements abhängig von Annotationen √ 
  * Prozentangabe an die GUI senden √ 
  * alles durchtesten √ 
  * Logger überarbeiten und Output definieren X 
  * Annotationen mit Input verzahnen X 
  * Endpositionen nach Verteilung auswählen X 
über 80% √ 



===== HMM based Evolution =====

  * Automaton Modell definieren √ 
  * Automaton Schnittstellen definieren & implementieren√ 
  * Automaton fuer Character-Basierte Evolution erstellen √/X 
  * Automaton Controller erstellen √/X 
  * Join Automata √ 
  * Import von konkreten Automata erstellen X  
  * Schnittstelle zum User Interface herstellen X  
  * Konkrete Automata fuer verschiedene Annotationen erstellen X  
knapp 50% √