Back to [[http://wiki.techfak.uni-bielefeld.de/gi/GILectures/2009summer/RoseP|Rose Main Page]] Back to [[http://wiki.techfak.uni-bielefeld.de/gi/GILectures/2009summer/RoseP/PreliminaryDiscussion|Preliminary Discussion for all]] ====== Meetings ====== |**Date** | **time** | **place**|**Topic**| | 09. JUN. 09 | 16 ct | U10 | Preliminaries | | 30. JUN. 09 | 16 | U10 | Further discussions | ===== Meeting 09. JUN 09 ===== - Nix im Verhaeltnis - Baum (non)ultrametric - discrete vs. continuous x in [0,1) - Keine unsichtbaren Knoten - " Rotes Modell " vor Schleife die Laenge festlegen - Kanten/Knotenebenenweise - internal node sequences ausgeben * + Liste der Operationen Back to [[http://wiki.techfak.uni-bielefeld.de/gi/GILectures|GI Lectures]] ===== Use Cases (24.9.) ===== * Controller erstellen √ * Controller ruft Mutatoren auf X * Evoperations aufrufen (Controller) X * Rearrangements auswählen (Inversionsmethode) X * Interface für Rearrangement Mutatoren √ * Rearrangement Mutator für Deletion ? * Rearrangement Mutator für Transposons X * Rearrangement Mutator für Duplikation X * Rearrangement Mutator für Translokation X * Rearrangement Mutator für Inversion X * Rearrangement Mutator für k-cut&join X * Wahrscheinlichkeiten für Mutatoren ins [[:RoseData|RoseData]] Interface schreiben (setter) X * Rearrangements loggen X * Organismen, Sequenzen und Buchstaben tiefenkopierbar √ * Controller durchläuft Baum √ * cut- und join- Operationen √ * Rearrangements abhängig von Annotationen X knapp 30% √