====== Sequenzanalyse II ======


===== Kurzbeschreibung =====
Algorithmische Fragestellungen bei der Analyse endlicher Zeichenketten werden in der mathematischen und informatischen Literatur schon seit langer Zeit untersucht. Einen deutlichen Schub hat diese Forschung in den 1980er und 1990er Jahren durch das Aufkommen der Bioinformatik erhalten. Dieser Schub begründet sich einerseits qualitativ durch neue Fragestellungen aus der bioinformatischen Anwendung, andererseits quantitativ durch die enorme Größe der Datenmengen, mit denen man es im bioinformatischen Kontext zu tun hat. 

Diese Vorlesung setzt die Veranstaltung "Grundlagen der Sequenzanalyse" aus dem WS 2009/10 fort, in der algorithmische Fragestellungen in der Sequenzanalyse behandelt werden, die durch die Bioinformatik aufgeworfen werden. Behandelte Themengebiete sind das paarweise und multiple Sequenzalignment in verschiedenen Varianten: linearer Platzbedarf, längennormalisierte Scores, parametrisches Alignment, exakte und heuristische Verfahren. 



===== Literatur =====

  * [[http://wiki.techfak.uni-bielefeld.de/gi/Teaching/2009winter/SequenzAnalyse?action=AttachFile&do=get&target=sequence_analysis.pdf|Das Skript zur Vorlesung]] 
  * Prof. Volker Heun an der TU München hat auch eine gute [[http://www.bio.ifi.lmu.de/~heun/lecturenotes/|Skriptsammlung]]. 
  * Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997. 
  * Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.  


===== Veranstaltungsdaten =====
Wir bitten alle Studierenden, sich im ekvv fr Vorlesung und bungen zu registrieren. Dies erleichtert die Organisation der bungsgruppen. 

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| **Vorlesung:** | 392012 |Jens Stoye |Fr 8-10 in H11 |[[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=16650248|ekvv]] |
| **Übungen:** | 392013 |Inke Herms | siehe unten |[[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=16660438|ekvv]] |

==== Planung der Übungen ====
**Beginn** ab Di, 27.04.10!\\\\ 


| **Termin** | **Tutor** | **Raum** |
| Di, 14-16 | Dominik Vahrenhorst | U10-146 |
| Mi, 12-14 | Eyla Willing | U10-146 |
| Mi, 12-14 | Florian Kollin | M3-115 |

==== Prüfungstermine ====

| Klausur | Fr 23.07.10 | 8-10 in H11 |
| Nachklausur | Fr 10.09.10 | 8-10 in H11   |

==== Zeitplan: ====

| **Vorlesung** | **Thema** | **Übungszettel** | **Extras** |
| 16.04.10     | Suffixbäume | {{ 607sa2_blatt01.pdf | Blatt 1 }}         |                   |
| 23.04.10     | Anwendungen von Suffixbäumen | {{ 607sa2_blatt02.pdf | Blatt 2 }}               |                   |
| 30.04.10     | Suffixarrays   | {{ 607sa2_blatt03.pdf | Blatt 3 }}                | {{ 607sa2_manbermyers.pdf | Manber-Myers-Alg. }}  |
| 07.05.10     | RNA Sekundärstruktur, Darstellungen und Vorhersage | {{ 607sa2_blatt04.pdf | Blatt 4 }}                   |                   |
| 14.05.10     | Paarweises Alignment mit linearem Speicherbedarf | {{ 607sa2_blatt05.pdf | Blatt 5 }}   |                   |
| 21.05.10     | Längennormalisiertes Alignment | {{ 607sa2_blatt06.pdf | Blatt 6 }}      |                   |
| 28.05.10     | Parametrisches Alignment  | {{ 607sa2_blatt07.pdf | Blatt 7 }}                   |                   |
| 04.06.10     | Multiples Sequenzalignment  | {{ 607sa2_blatt08.pdf | Blatt 8 }}                    |                   |
| 11.06.10     |   ---       |      ---            |  {{ 607sa2_wiederholung1.pdf | Wiederholungsaufgaben }}                  |
| 18.06.10     | MSA: Carrillo-Lipman-Heuristik  |  {{ 607sa2_blatt09.pdf | Blatt 9 }}                   |                   |
| 25.06.10     | MSA: Algorithmen für Sum-of-pairs alignment | {{ 607sa2_blatt10.pdf | Blatt 10 }}                   |                   |
| 02.07.10     | MSA: Baumalignment / Aligning Alignments   |  {{ 607sa2_blatt11.pdf | Blatt 11 }}                  |                   |
| 09.07.10     |   ---       |                    |                   |
| 16.07.10     | Genomalignment |                    |                   |
| 23.07.10     | **Klausur**: 8-10 in H11 |     |                   |Back to [[:Teaching|Teaching]]