====== Phylogenetik ======
Dr. Katharina Jahn\\ M.Sc. Christina Ander\\ 



===== Inhalt, Kommentar =====
Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein: 


  * Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe 
  * Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems 
  * Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen 
  * Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion 
  * Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen 
{{ 160PhylogenetikSkript2009.pdf | Skript zur Vorlesung }} 



===== Semesterapparat =====
J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.\\ R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.\\ D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.\\ D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.\\ M.A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.\\ 



===== Links =====
[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/CommonTree/wwwcmt.cgi|NCBI Taxonomy - Common Tree]]\\ [[http://itol.embl.de/|Interactive Tree of Life]]\\ [[http://www.phylowidget.org/full/|Online NEWICK Tree drawing tool]]\\ 

\\ Das Vorlesungsskript ist nicht mehr verlinkt. Bitte beim Veranstalter fragen... 



===== Klausur =====
Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50%) und aktive Teilnahme an den Tutorien ("Vorrechnen") sind Voraussetzung für die Teilnahme an der  Abschlussklausur. Die Übungsaufgaben werden in der Regel wöchentlich ausgegeben. Die Klausur bezieht sich auf den Stoff der Vorlesung und der Übungen. 

**Die Klausur findet am 10.02.2011 von 10:30-12:00 in H3 statt.** Um frühzeitiges Erscheinen bis 10:15 Uhr wird gebeten. 

**Wichtig: Der Termin für die Nachklausur hat sich geändert!!!  

Die Nachklausur findet am 31.03.2011 von 12:15-13:45 in H16 statt.** Um frühzeitiges Erscheinen bis 12:00 Uhr wird gebeten. 



===== Übungen =====
Mi, 10-12 in U10-146\\ Mi, 10-12 in M3-115\\ Do,  8-10 in U10-146\\ 

Die Übungen finden erstmals am 3./4.11.2010 statt.\\ Die Aufteilung in die beiden Mittwochs-Gruppen findet am ersten Termin in U10-146 statt!\\ 



===== Übungsaufgaben =====

| **Datum** | **Übungsblatt** |
| 28.10.2010  | {{ 160uebung01.pdf | Blatt 1 }} |
| 04.11.2010  | {{ 160uebungen02.pdf | Blatt 2 }} |
| 11.11.2010  | {{ 160uebung3.pdf | Blatt 3 }} |
| 18.11.2010  | {{ 160uebung4.pdf | Blatt 4 }} |
| 25.11.2010  | {{ 160uebung05.pdf | Blatt 5 }} |
| 02.12.2010  | {{ 160uebung06.pdf | Blatt 6 }} |
| 09.12.2010  | {{ 160uebung07.pdf | Blatt 7 }} |
| 16.12.2010  | {{ 160uebung08.pdf | Blatt 8 }} |
| 23.12.2010  | {{ 160uebung09.pdf | Blatt 9 }} |
| 13.01.2011  | {{ 160uebung10.pdf | Blatt 10 }} |
| 20.01.2011  | {{ 160uebung11.pdf | Blatt 11 }} |
| 27.01.2011  | {{ 160uebung12.pdf | Blatt 12 }} |Back to [[:Teaching|Teaching]]