====== Praktikum: Bioinformatische Anwendungen in der Genomforschung ======
\\ 


|392177 | Husemann, Wittler | Sommersemester 2011 | Block 21.03.2011-01.04.2011 Werktags 10-18 Uhr in V6-116 |[[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=22720752|ekvv]] |In dieser Veranstaltung werden praktische Anwendungen und Problemstellungen beim Einsatz bioinformatischer Techniken in der Genomforschung behandelt. (Das Praktikum basiert auf den praktischen Erfahrungen der in Bielefeld durchgeführten Genom- und Postgenomprojekte.) Die folgenden Bereiche sollen abgedeckt werden: Genvorhersage (Prokaryonten), Funktionsvorhersage, Genomannotation (hier besonders verfügbare Werkzeuge und Datenbanken), komparative Genomanalyse, Speicherung und Analyse von Expressionsdaten, DNA-Microarrays, Software für Massenspektrometrie für Proteomik und Metabolomik. 

In Ergänzung zu den theoretischen Kenntnissen sollen die Studierenden die praktische Anwendung der bioinformatischen Methoden im Bereich der Genomforschung kennenlernen. Neben der Vermittlung von Kenntnissen über existierende Softwarewerkzeuge und Datenbanken sollen auch kleinere Eigenentwicklungen bis hin zu etwas größeren Projekten realisiert werden. 



===== Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse =====

  * Teilnahme an der Vorlesung Algorithmen in der Genomforschung 
  * Eintragung in eine Liste an der Pinnwand auf U10 (Gegenüber von U10-147), da nur begrenzt viele Rechnerplätze zur Verfügung stehen. 


===== Anforderungen an die Vergabe von Leistungspunkten =====
Neben einer regelmäßigen und aktiven Teilnahme wird auch erwartet, dass die erarbeiteten Ergebnisse präsentiert werden. 



===== Vorläufiger Zeitplan =====

| **Datum** | **Thema** |
| Mo, 21.03.2011 | 1) Einführung: Organisatorisches; Unix, Perl |
| Di, 22.03.2011 | 2) Sanger Sequencing and Assembly: phred phrap |
| Mi, 23.03.2011 | 3) Next gen. sequencing: 454 / Illumina, Finishing with CONSED, primer design|
| Do, 24.03.2011 | 4) Comparative assembly: r2cat |
| Fr, 25.03.2011 | 5) Genome Rearrangement: Vorbereitung echter Daten für eine DCJ Distanz Berechnung |
| Mo, 28.03.2011 | 6) Gene prediction with Glimmer, Critica and Gismo|
| Di, 29.03.2011 | 7) Funktionsvorhersage: Blast, TMHMM, SignalP; Konsistenzcheck mit Pfam |
| Mi, 30.03.2011 | 8) Funktionsvorhersage mit HMM:  selber programmieren |
| Do, 31.03.2011 | 9) Operonprädiktion |
| Fr, 01.04.2011 | 10) Microarray Probe Design |Back to [[:Teaching|Teaching]]