====== Sequenzanalyse II ======


===== Kurzbeschreibung =====
Algorithmische Fragestellungen bei der Analyse endlicher Zeichenketten werden in der mathematischen und informatischen Literatur schon seit langer Zeit untersucht. Einen deutlichen Schub hat diese Forschung in den 1980er und 1990er Jahren durch das Aufkommen der Bioinformatik erhalten. Dieser Schub begründet sich einerseits qualitativ durch neue Fragestellungen aus der bioinformatischen Anwendung, andererseits quantitativ durch die enorme Größe der Datenmengen, mit denen man es im bioinformatischen Kontext zu tun hat. 

Diese Vorlesung setzt die Veranstaltung [[:Teaching:2010winter:SequenzAnalyse|"Grundlagen der Sequenzanalyse"]] aus dem WS 2010/11 fort, in der algorithmische Fragestellungen in der Sequenzanalyse behandelt werden, die durch die Bioinformatik aufgeworfen werden. Behandelte Themengebiete sind das paarweise und multiple Sequenzalignment in verschiedenen Varianten: linearer Platzbedarf, längennormalisierte Scores, parametrisches Alignment, exakte und heuristische Verfahren. 



===== Literatur =====

  * {{ 989sequence_analysis.pdf | Das Skript zur Vorlesung }} 
  * Prof. Volker Heun an der TU München hat auch eine gute [[http://www.bio.ifi.lmu.de/~heun/lecturenotes/|Skriptsammlung]]. 
  * Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997. 
  * Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.  


===== Veranstaltungsdaten =====
Wir bitten alle Studierenden, sich im ekvv fr Vorlesung und bungen zu registrieren. Dies erleichtert die Organisation der bungsgruppen. 

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| **Vorlesung:** | 392012 |Jens Stoye |Fr 8:30-10:00, H11\\Ersatztermine: Di 8:30-10:00, H15 |[[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=22720547|ekvv]] |
| **Übungen:** | 392013 |  Jens Stoye, Daniel Dörr | siehe unten |[[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=22720600|ekvv]] |Die Teilnahme an den Übungen ist freiwillig. Wer allerdings die Übungszettel (ab Blatt 2) regelmäßig abgibt, dadurch mindestens die Hälfte der erreichbaren Punktzahl bekommt und in der Veranstaltung mindestens zweimal im Semester eine Aufgabe vorrechnet, erhält 2 LP, die man sich in der individuellen Ergänzung anrechnen lassen kann. 



==== Planung der Übungen ====
**Beginn** ab **Di, 03.05.2011!**\\\\ 


| **Termin** | **Tutor** | **Raum** |
| Di, 14-16 | Nina Luhmann | U10-146 |
| Mi, 08-10 | Nilofar Abdavi Azar | U10-146 |
| Mi, 12-14 | Linda Sundermann | V6-116 |

==== Prüfungstermine ====

| Klausur | 18.07.2011 | 10 Uhr c.t., H11 |
| Zweitprüfung | 16.09.2011| 10 Uhr c.t.,  H11|

==== Zeitplan: ====

| **Vorlesung** | **Thema** | **Übungszettel** | **Präsenzübungen** | **Extras** |
| 08.04.2011 | **Fällt aus**| - | - | - |
| 15.04.2011 | **Fällt aus**| - | - | - |
| 22.04.2011 | Fällt aus (Karfreitag) | - | - | - |
| 29.04.2011 | Suffixbäume I | {{ 989blatt01.pdf | Blatt 1 }} | {{ 989praesenzuebung01.pdf | Präsenzübungsblatt 1 }} | - |
| 06.05.2011 | Suffixbäume II | {{ 989blatt02.pdf | Blatt 2 }} | {{ 989praesenzuebung02.pdf | Präsenzübungsblatt 2 }}| - |
| **10.05.2011** (für 08.04) | Suffix Arrays | - | - | - |
| 13.05.2011 | BWT, Alignment mit linearem Platz | {{ 989blatt03.pdf | Blatt 3 }} | {{ 989praesenzuebung03.pdf | Präsenzübungsblatt 3 }}| - |
| **17.05.2011** (für 15.04) | Längennormalisiertes Alignment | - | - | - |
| 20.05.2011 | **Fällt aus** | - | {{ 989praesenzuebung04.pdf | Präsenzübungsblatt 4 }}| - |
| **24.05.2011** (für 20.05) | Parametrisches Alignment | - | - | - |
| 27.05.2011 | Multiples Alignment - Einführung | {{ 989blatt04.pdf | Blatt 4 }} | {{ 989praesenzuebung05.pdf | Präsenzübungsblatt 5 }}  | - |
| 03.06.2011 | Der Carrillo-Lipman-Algorithmus | {{ 989blatt05.pdf | Blatt 5 }} | {{ 989praesenzuebung06.pdf | Präsenzübungsblatt 6 }}  | - |
| **07.06.2011** (für 24.06) | Die Center-Star-Approximation | - | - | - |
| 10.06.2011 | Divide and Conquer Alignment | {{ 989blatt06.pdf | Blatt 6 }} | - | - |
| 17.06.2011 | Baumalignment | {{ 989blatt07.pdf | Blatt 7 }} | {{ 989praesenzuebung07.pdf | Präsenzübungsblatt 7 }} | - |
| 24.06.2011 | **Fällt aus** | - | - | - |
| 01.07.2011 | Multiples Alignment in der Praxis |  {{ 989blatt08.pdf | Blatt 8 }} | {{ 989praesenzuebung08.pdf | Präsenzübungsblatt 8 }} | - |
| 08.07.2011 | Genomalignment |  {{ 989blatt09.pdf | Blatt 9 }}  | - | - |
| 15.07.2011 | Repetitorium | - | - | - |Back to [[:Teaching|Teaching]]