====== Meilensteine der (Bio-)Informatik Sommersemester 2012 ======
\\ 


| **Seminar:** | 392212 | Di. 14-16 in V2-221 (GZI)  | Roland Wittler | [[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=29327028|ekvv]] |

==== Inhalt ====
Der Inhalt dieses Seminars ist zweierlei: 


  - Thematisch wollen wir uns mit den Klassikern der Bioinformatik befassen: Grundlegende Algorithmen und Verfahren, von denen jeder von uns schon einmal gehört hat oder gehört haben sollte. Im Seminar soll nicht nur der Inhalt der Paper besprochen, sondern auch das Drumherum beleuchtet werden: Gibt es Anekdoten zu diesem Artikel oder den Autoren? Wie ist er geschichtlich einzuordnen? Warum und wofür ist der Inhalt bedeutsam? ... 
  - Dieser o.g. thematische Schwerpunkt soll als Basis dienen für den zweiten Fokus: Das Schreiben von wissenschaftlichen Texten, wie BA- oder MA-Arbeiten, oder in diesem Fall eben Seminararbeiten. In unseren Treffen besprechen wir nach und nach Dinge wie: Aufbau der Arbeit; Was gehört in eine Einleitung? Wie ist eine Einleitung aufgebaut? Wie formuliert man komplexe formale Zusammenhänge verständlich? Wie hat eine Bildunterschrift auszusehen? Wie zitiert man korrekt? ... Nach der Besprechung folgt dann jeweils die praktische Umsetzung - jeder an "seinem" Thema, aber gegenseitiges Helfen/Gegenlesen/Besprechen ist erwünscht. 
Gegen Ende des Semesters hält jeder noch einen kurzen Vortrag über sein Thema.  

Das Schreiben/Vortragen auf Englisch ist sehr wünschenswert aber nicht gefordert. 

Beim Schreiben der Ausarbeitung wird LaTeX verwendet. Es wird hierzu eine Einführung und immer wieder Hilfestellungen geben. Vorkenntnisse sind nicht erforderlich und verschaffen auch keinen Vorteil. Als Nebeneffekt lernt also jeder Teilnehmer LaTeX. 



==== Sprechstunde ====
Donnerstags 14-15 Uhr, nach Absprache und auf Gut-Glück. Büro: U10-145. 



==== Materialien ====

  * {{ 226uebersicht.pdf | Themenübersicht etc. }} 
  * {{ 226vorlage.tex | kommentierte TeX-Vorlage }} 
  * {{ 226vorlage.pdf | TeX-Vorlage als fertiges PDF }} 


==== Hausaufgaben ====
Am 17.4. wird das Seminar nicht stattfinden. 

Bis zum 24.4. sollte jeder sein Paper gelesen und natürlich auch verstanden haben. Beim Lesen auf folgende Punkte achten und diese zum 24.4. vorbereiten: 


  * Literatur: Welche im Paper zitierte Sekundärliteratur sollte ich auch zitieren? Und was darüber hinaus? 
  * Roter Faden: Wie werde ich meine Ausarbeitung aufbauen? (Als Überschriften und Kommentare im LaTeX-Dokument) 
  * Jede im Seminar angefertigte Ausarbeitung sollte folgende Elemente beinhalten. 
    * Definition, Lemma, o.ä. 
    * Tabelle 
    * Grafik 
    * Algorithmus\\ 

Überlege welche Definition, welche Tabelle etc. du in deine Ausarbeitung aufnehmen wirst. 



==== Termine ====

| **Datum** | **Thema** |
| 3.4.  | Themenvergabe, Administratives |
| 10.4. | Erste Schritte in LaTeX, BibTeX |
| 17.4. | **entfällt (Hausaufgabe! Siehe Oben.)** |
| 24.4. | Was will ich selber schreiben? (Aufbau, Roter Faden);\\ Was haben andere geschrieben? (Zitieren) \\ {{ 226Termin2.txt | Wie schreibt man? }}|
| 8.5.  | {{ 226Termin3.txt | Eine Einleitung in Einleitungen }} |
| 15.5. | {{ 226Termin4.txt | Definition Satz Beweis }} |
| 22.5. | {{ 226Termin5.txt | Tabellen und Grafiken - Überschriften und Unterschriften }} |
| 29.5. | {{ 226Termin6.txt | Algorithmen }}: vom Pseudocode (mit LaTeX-Paket [[http://ctan.mackichan.com/macros/latex/contrib/algorithm2e/algorithm2e.pdf|algorithm2e]]) zur Beschreibung |
| 5.6.  | Zusammenfassung und Ausblick |
| **Montag**\\ 11.6. **12-14** Uhr in **V2-222**\\**(1. Deadline für Ausarbeitung!)** | Vorträge: Foliengestaltung im Allgemeinen und in LaTeXBeamer |
| 12.6. | **entfällt, vorverschoben auf 11.6.** |
| 19.6. | Reviews schreiben und lesen |
| 26.6. | Vorträge |
|  3.7. | Vorträge |
| 10.7. **(Finale Deadline für Ausarbeitung!)**| Vorträge |

==== Vorträge ====


=== 26.6. - Stringology ===

| Quicksort | Sonja K. |
| Boyer-Moore(-Horspool) | Sandra B. |
| Knuth-Morris-Pratt | Janis H. |
| Burrows-Wheeler | Martina U. |

=== 3.7. - Sequenzvergleich und Graphentheory ===

| Needleman-Wunch | Sebastian K. |
| Smith-Waterman | Mark U. |
| FASTA | Tugce K. |
| Hamilton | Max R. |
| Euler | Sören M. |

=== 10.7. - Biologische Signale - Finale Deadline für Ausarbeitung! ===

| Markov-Ketten | Sören S. |
| Glimmer | Annica S. |
| Nussinov | Birte H. |
| Maximum-Likelihood Bäume | Sebastian B. |\\ 

Back to [[:teaching|Teaching]]