====== Sequenzanalyse II ======


===== Kurzbeschreibung =====
Algorithmische Fragestellungen bei der Analyse endlicher Zeichenketten werden in der mathematischen und informatischen Literatur schon seit langer Zeit untersucht. Einen deutlichen Schub hat diese Forschung in den 1980er und 1990er Jahren durch das Aufkommen der Bioinformatik erhalten. Dieser Schub begründet sich einerseits qualitativ durch neue Fragestellungen aus der bioinformatischen Anwendung, andererseits quantitativ durch die enorme Größe der Datenmengen, mit denen man es im bioinformatischen Kontext zu tun hat. 

Diese Vorlesung setzt die Veranstaltung [[:Teaching:2011winter:SequenzAnalyse|"Grundlagen der Sequenzanalyse"]] aus dem WS 2011/12 fort, in der algorithmische Fragestellungen in der Sequenzanalyse behandelt werden, die durch die Bioinformatik aufgeworfen werden. Behandelte Themengebiete sind das paarweise und multiple Sequenzalignment in verschiedenen Varianten: linearer Platzbedarf, längennormalisierte Scores, parametrisches Alignment, exakte und heuristische Verfahren. 



===== Literatur =====

  * {{ 655skript.pdf | Skript zur Vorlesung }}  
  * Prof. Volker Heun an der TU München hat auch eine gute [[http://www.bio.ifi.lmu.de/~heun/lecturenotes/|Skriptsammlung]]. 
  * Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997. 
  * Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.  


===== Veranstaltungsdaten =====
Die Teilnahme an den Übungen ist freiwillig. Durch folgende Leistungen können allerdings 2 LP für den individuellen Ergänzungsbereich erorben werden:  


  * regelmäßige Teilnahme 
  * aktive Mitarbeite, beinhaltet min. das zweimalige Vorrechnen einer Aufgabe 
  * Erreichen von min. 50% der Gesamtpunktzahl der Übungszettel 
Wir bitten alle Studierenden, sich im ekvv fr Vorlesung und bungen zu registrieren. Dies erleichtert die Organisation der bungsgruppen. 

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| **Vorlesung:** | 392012 |Alexander Sczyrba  |Fr 8:15-9:45|[[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=29553545|ekvv]] |
| **Übungen:** | 392013 |  Alexander Sczyrba, Nina Luhmann, Linda Sundermann | siehe unten |[[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=29383362|ekvv]] |

==== Planung der Übungen ====

| **Termin** | **Tutor** | **Raum** |
| Di, 14-16 | Nina | U10-146 |
| Mi, 16-18 | Nilofar | V6-138 |
| Fr, 12-14 | Jennifer |  U10-146 |

==== Prüfungstermine ====
Die Erstklausur findet am 23.7. von 10 bis 12 in H7 statt. 

Der Termin für die Nachprüfung steht noch nicht fest. 



==== Zeitplan: ====

| **Vorlesung** | **Übungszettel** | **Präsenzübungen** | **Ergänzungen** |
| 13.04.2012 | {{ 655blatt01_SoSe12.pdf | Übungszettel 1 }} |{{ 655praesi01_SoSe12.pdf | Präsenzzettel 1 }} | |
|20.04.2012 | {{ 655blatt02_SoSe12.pdf | Übungszettel 2 }} |{{ 655praesi02_SoSe12.pdf | Präsenzzettel 2 }} | |
|27.04.2012 | {{ 655blatt03_SoSe12.pdf | Übungszettel 3 }} |kein Zettel |  |
|04.05.2012 | {{ 655blatt04_SoSe12.pdf | Übungszettel 4 }} | kein Zettel | |
|11.05.2012 | {{ 655blatt05_SoSe12.pdf | Übungszettel 5 }} |  kein Präsenzzettel|{{ 655Beispiel_Max_Repeats.pdf | Beispiel Maximale Repeats }} |
|18.05.2012 | {{ 655blatt06_SoSe12.pdf | Übungszettel 6 }} | {{ 655praesi03_SoSe.pdf | Präsenzzettel 3 }}  | |
|25.05.2012 | {{ 655blatt07_SoSe12.pdf | Übungszettel 7 }} |  {{ 655praesi04_SoSe12.pdf | Präsenzzettel 4 }} | |
|01.06.2012 | {{ 655blatt08_SoSe12.pdf | Übungszettel 8 }}|kein Präsenszettel | |
|07.06.2012 | {{ 655blatt09_SoSe12.pdf | Übungszettel 9 }}|{{ 655praesi05_SoSe12.pdf | Präsenzzettel 5 }}  | |
|15.06.2012 | {{ 655blatt10_SoSe12.pdf | Übungszettel 10 }}| {{ 655praesi06_SoSe12.pdf | Präsenzzettel 6 }} | {{ 655MultipleAlignment_3.java | Programm fürs Multiple Alignment }} |
| 22.06.2012 |{{ 655blatt11_SoSe12.pdf | Übungszettel 11 }} | {{ 655praesi07_SoSe12.pdf | Präsenzzettel 7 }}| |
| 29.06.2012 |{{ 655blatt12_SoSe12.pdf | Übungszettel 12 }} |{{ 655praesi08_SoSe12.pdf | Präsenzzettel 8 }} | |Back to [[:Teaching|Teaching]]