====== Phylogenetik ======
Dr. Roland Wittler\\ Vorlesung: Donnerstags, 8.30-10 Uhr in H11\\\\ Sprechstunde: Donnerstags, 14-15 Uhr und nach Absprache\\ Büro: U10-145 



===== Inhalt =====
Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein: 


  * Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe 
  * Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems 
  * Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen 
  * Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion 
  * Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen 


===== Literaturempfehlungen =====

  * J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004. 
  * R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998. 
  * D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000. 
  * D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996. 
  * M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003. 


===== Links =====
[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/CommonTree/wwwcmt.cgi|NCBI Taxonomy - Common Tree]]\\ [[http://itol.embl.de/|Interactive Tree of Life]]\\ [[http://www.phylowidget.org/full/|Online NEWICK Tree drawing tool]]\\ 



===== Klausur =====
Donnerstag, 7.2.2013, 10-12 Uhr in H11 \\ 

Eine zweite Abschlussklausur oder mündliche Prüfungen werden voraussichtlich am Donnerstag, den 14.3. stattfinden. 

Auszug aus dem Modulhandbuch: "Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50%) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der  Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung. [...] Abschlussklausur oder abschließende mündliche Prüfung beziehen sich auf den Stoff der Vorlesung und der Übungen." 



===== Übungen =====
\\ 


| Mi | 8.30-10 | U10-146 | Daniel Dörr |
| Mi | 8.30-10 | V4-106 | Britta Niemann |
| Mi | 10.15-12 | U10-146 | Kai Stadermann |
  * Bestehensgrenze 50% (siehe "Klausur") 
  * Abgabe zu Beginn der Vorlesung oder vorab im Briefkasten bei U10-151 
  * keine Gruppenabgaben 


===== Übungsaufgaben =====
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| **Datum** | **Übungsblatt** |
| 11.10.2012  | {{ 164uebung01.pdf | Blatt 1 }} |
| 18.10.2012  | {{ 164uebung02.pdf | Blatt 2 }} |
| 25.10.2012  | {{ 164uebung03.pdf | Blatt 3 }} |
| 01.11.2012  | entfällt (Allerheiligen) |
| 08.11.2012  | {{ 164uebung04.pdf | Blatt 4 }} |
| 15.11.2012  | {{ 164uebung05.pdf | Blatt 5 }} |
| 22.11.2012  | {{ 164uebung06.pdf | Blatt 6 }} |
| 29.11.2012  | {{ 164uebung07.pdf | Blatt 7 }} |
| 06.12.2012  | {{ 164uebung08.pdf | Blatt 8 }} |
| 13.12.2012  | {{ 164uebung09.pdf | Blatt 9 }} |
| 20.12.2012  | {{ 164bonuszettel.pdf | Bonuszettel }} |
| 10.01.2013  | {{ 164uebung11.pdf | Blatt 11 }} |
| 17.01.2013  | {{ 164uebung12.pdf | Blatt 12 }} |
| 24.01.2013  | --- |
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