====== Sequenzanalyse, Wintersemester 2012/2013 ======
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|392105/06 |Stoye, Luhmann, Sundermann |WS 2012/13 |Di 9-10 in H15, Fr 8-10 in H3|[[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=32702917|ekvv]] |

===== Kurzbeschreibung =====
Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist. 

In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.  



===== Literatur =====

  * Das Skript zur Vorlesung: {{ 934sequence_analysis_1112.pdf | Skript 2011/12 }} 
  * Prof. Volker Heun an der TU München hat auch eine gute [[http://www.bio.ifi.lmu.de/~heun/lecturenotes/|Skriptsammlung]]. 
  * Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997. 
  * Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.  


===== Veranstaltungsdaten =====
Wir bitten alle Studierende sich im [[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=32702917|ekvv]] fr Vorlesung und bungen zu registrieren. Dies erleichtert die Organisation der bungsgruppen.  



===== Organisatorisches =====

  * Die [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/sinfo/publ/modul/26787662|Modulbeschreibung]] enthält einige Rahmenbedingungen der Veranstaltung. 
  * Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50%) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung. 
  * Die Übungszettel werden in der Regel wöchentlich in der Vorlesung ausgegeben. Die Abgaben zu den Übungszetteln werden //zu Beginn// der nächsten Vorlesung eingesammelt oder können **vor** dieser Vorlesung in den Briefkasten bei U10-151 geworfen werden.  
  * Bitte den Tutorientermin bzw. den Tutor, sowie Deinen Namen deutlich auf der Abgabe vermerken. Zettel, die nicht zugeordnet werden können, werden auch nicht bewertet. 


==== Übungen ====
**Beginn** ab 22.10.2012 \\\\ 


| **Termin** | **Tutor** | **Raum** |
| Mo, 12-14 | Kerstin | E0-180 |
| Di, 12-14 | Jenni | U10-146 |
| Di, 14-16 | Nina | U10-146 |
| Mi, 12-14 | Malte | T2-214 |

==== Prüfungstermine ====
1. Klausur: Freitag, 01.02. um 8:30 Uhr, H3 

2. Klausur: Freitag 22.03.2013 um 8:30, H15 

{{ 934information_klausurthemen.pdf | Relevante Themen für die Prüfungen. }} 



==== Übungszettel ====

| **Datum** | **Übungszettel** | **Präsenzübungszettel** | **Sonstiges** |
| 12.10.2012 |  {{ 934Blatt01.pdf | Übungszettel 1 }} | {{ 934Praesi01.pdf | Präsenzübungszettel 1 }}| {{ 934Hamming_Distance.java | Hamming_Distance.java }} |
| 26.10.2012 |  {{ 934Blatt02.pdf | Übungszettel 2 }} | {{ 934Praesi02.pdf | Präsenzübungszettel 2 }}| {{ 934EditDistanz.java | EditDistanz.java }} |
| 02.11.2012 |  {{ 934Blatt03.pdf | Übungszettel 3 }} | kein Präsenzübungszettel| |
| 09.11.2012 |  {{ 934Blatt04.pdf | Übungszettel 4 }} | {{ 934Praesi03.pdf | Präsenzübungszettel 3 }}|  |
| 16.11.2012 |  {{ 934Blatt05.pdf | Übungszettel 5 }} | kein Präsenzübungszettel | {{ 934Tabelle_5_4.pdf | Tabelle 5.4 }}|
| 13.11.2012 |  kein Zettel | {{ 934Praesi04.pdf | Präsenzübungszettel 4 }}| |
| 31.11.2012 |  {{ 934Blatt06.pdf | Übungszettel 6 }} | kein Präsenzübungszettel|  |
| 07.12.2012 | kein Zettel | {{ 934Praesi05.pdf | Präsenzübungszettel 5 }}|  |
| 14.12.2012 |  {{ 934Blatt07.pdf | Übungszettel 7 }} | kein Präsenzübungszettel| {{ 934Beispiel_Max_Repeats.pdf | Beispiel: Maximale Repeats }} |
| 21.12.2012 |  {{ 934Blatt08.pdf | Übungszettel 8 }} |kein Präsenzübungszettel | |
| 11.01.2013 |  {{ 934Blatt09.pdf | Übungszettel 9 }} |kein Präsenzübungszettel | |
| 18.01.2013 |  {{ 934Blatt10.pdf | Übungszettel 10 }} | | |Back to [[:Teaching|Teaching]]