====== Sequenzanalyse-Praktikum ======
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| **Übung:** | 392012 | Fr. 8-12 oder Fr. 12-16 | Stefan Janssen, Jens Stoye, Linda Sundermann | [[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=36919615|ekvv]] oder [[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=37719385|ekvv]] |

==== Inhalt ====
In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung [[http://wiki.techfak.uni-bielefeld.de/gi/Teaching/2012winter/SequenzAnalyse|Sequenzanalyse]] vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen aber auch Grundlagen der RNA-Sekundärstrukturvorhersage kennen. \\ Im ersten Teil der Übung halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil der Übung dann praktisch beschäftigen werden.  



==== Anforderungen ====
Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen. 


  * Halten eines 45-minütigen Vortrags 
  * Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten 
  * Bearbeitung der Übungsaufgaben 
  * Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben ({{ 854sampleProtocol.pdf | Beispiel }}) 


==== Regeln ====
Gültig ab: 24.05.2013 \\ 


  * pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen 
    * Protokolle und Verbesserungen: spätestens nach einer Woche Mittwoch um 23:59 
    * Ausarbeitungen: spätestens nach zwei Wochen Freitag um 23:59 

    nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe (Ausnahme: vorherige Absprache) 
    feststellbare Verbesserung zur letzten Abgabe 
Nicht Erfüllen der Regeln führt zu einem Minuspunkt. Es dürfen maximal zwei Minuspunkte erreicht werden. Zum Ende des Kurses müssen alle Protokolle vollständig und zufriedenstellend bearbeitet worden sein. Die Ausarbeitung muss abgegeben und eventuell verbessert worden sein.  



==== Zeiten und Räume ====
Vormittagstermin: \\ 


  * 8:45 - 10:00 in U10-146 
  * 10:15 - 12:00 im GZI V2-229 
Nachmittagstermin: \\ 


  * 12:45 - 14:00 in U10-146 
  * 14:15 - 16:00 im GZI V2-234 


==== Termine ====
\\ 


| **Datum** | **Thema** | **Ansprechpartner ** | ** Vortragende morgens** | **Vortragende nachmittags ** | **Zusätzliches Material** |
| 12.04. | **1.** {{ 854Organisation.pdf | Organisation }}, {{ 854blatt01.pdf | Anzahl Alignments }} | Linda | Linda | Linda | |
| 19.04. | **2.** {{ 854blatt02.pdf | BWT in der Praxis }} | Jens St. | Jens St. | Jens St. | |
| 26.04. | **3.** {{ 854blatt03.pdf | Primer Design }}  | Jens St. | Stefanie | Kai, Maximilian | |
| 03.05. | **4.** {{ 854blatt04.pdf | Score-Matrizen }} | Stefan | Tillmann | Jens, Marten | {{ 854test_v1.block | Beispiel BLOCK }}, {{ 854test_v1.truth | korrekte Beispielausgabe }},{{ 854test_v2.block | 2. Beispiel BLOCK }}, {{ 854test_v2.truth | korrekte 2. Beispielausgabe }} |
| 10.05. | **5.** {{ 854blatt05.pdf | q-Grams und de Bruijn-Graphen }} | Linda | Alexander | Sven | {{ 854Funktionen.txt | Edit-Distanz und Rank-Funktion }}  |
| 17.05. | **6.** {{ 854blatt06.pdf | Paarweises Alignment in der Praxis 1 }}: Datenbanken, Datenformate | Stefan | Patrick | Philipp, Jana | {{ 854leptinErratum.pdf | Erratum Nature }} |
| 24.05. | **7.** {{ 854blatt07.pdf | Paarweises Alignment in der Praxis 2 }}: Datenbanksuche | Stefan | Sascha | Julian, Dominik W. | |
| 31.05. | **8.** {{ 854blatt08.pdf | Paarweises Alignment in der Praxis 3: Alignment-Statistik }} | Linda | Thomas | Martina, Aron | {{ 854Seq.fas | Seq.fas }}  |
| 07.06. | **9.** {{ 854blatt09.pdf | Multiples Alignment in der Praxis 1: Clustal W }} | Linda | Sarah | Karsten, Lukas |{{ 854unknown_query.fas | unknown_query.fas }}|
| 14.06. | **10.** {{ 854blatt10.pdf | Multiples Alignment in der Praxis 2: T-COFFEE }}| Linda | Maximilian | Ramona, Aylin |{{ 854haem.fas | haem.fas }} |
| 21.06. | **11.** {{ 854blatt11.pdf | Multiples Alignment in der Praxis 3: DIALIGN }} | Jens St. | Jens St. | Jan, Olga | |
| 28.06. | **12.** {{ 854blatt12.pdf | Genom-Browser/<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Genomalignment }} | Jens St.\\Jens St. | Jens St.\\Jens St. |  Marco, Kevin\\Kim, Tizian | |
| 05.07. | **13.** {{ 854blatt13.pdf | RNA-Sekundärstrukturen 1 }}: Grundlagen und Nussinov | Stefan | Stefan | Anatoli, Maxim | {{ 854info.txt | Hinweis zur Aufgabenstellung }} |
| 12.07. | **14.**  {{ 854blatt14.pdf | RNA-Sekundärstrukturen 2 }}: Strukturvergleich | Stefan | Mika | Dominik G., Nicole| Since the webserver for plan D is currently down, instead use the command /homes/sjanssen/bin/pland.sh FILE, where FILE is the file containing the 20 tRNA sequences as alignment. |
| <del>19.07.</del>\\verschoben auf 28.6. | <del>Genomalignment: MUMmer, MAUVE</del> | | | | |Lösungen der Übungsaufgaben schicken an: [[mailto:praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE|praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE]] 

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