====== Sequenzanalyse-Praktikum ======
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| **Übung:** | 392012 | Mo. 8-12 oder Mo. 12-16 | Nina Luhmann, Jens Stoye, Linda Sundermann | [[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=44147548|ekvv]] oder [[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=44147680|ekvv]] |

==== Inhalt ====
In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung [[http://wiki.techfak.uni-bielefeld.de/gi/Teaching/2013winter/SequenzAnalyse|Sequenzanalyse]] vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen aber auch Grundlagen der RNA-Sekundärstrukturvorhersage kennen. \\ Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.  



==== Anforderungen ====
Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen. 


  * Halten eines 45-minütigen Vortrags 
  * Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten 
  * Bearbeitung der Übungsaufgaben 
  * Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben ({{ 630protokoll00.pdf | Beispiel }}) 


==== Regeln ====
Gültig ab: 07.04.2014 \\ 


  * pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen 
  * Protokolle und Verbesserungen: spätestens Donnerstag um 24:00 
  * Ausarbeitungen: spätestens nach zwei Wochen, Montag um 24:00 
  * nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe (Ausnahme: vorherige Absprache) 
  * feststellbare Verbesserung zur letzten Abgabe 
Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden.  



==== Zeiten und Räume ====
Vormittagstermin: \\ 


  * 8:45 - 10:00 in U10-146 
  * 10:15 - 12:00 im GZI V2-221 
Nachmittagstermin: \\ 


  * 12:45 - 14:00 in U10-146 
  * 14:15 - 16:00 im GZI V2-221 


==== Termine ====
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| **Datum** | **Thema** | **Ansprechpartner ** | ** Vortragende morgens** | **Vortragende nachmittags ** | **Zusätzliches Material** |
| 07.04. | **1.** {{ 630Stunde01_Organisation.pdf | Organisation }},  {{ 630blatt01.pdf | Anzahl Alignments }}| Linda | Linda | Linda | |
| 14.04. | **2.**  {{ 630blatt02.pdf | BWT in der Praxis }}| Nina | Nina | Nina | |
| 28.04. | Ostern|  |  |  | |
| 28.04. | **3.** {{ 630blatt03.pdf | Score-Matrizen }} | Nina| Jan | Svenja | |
| 05.05. | **4.** {{ 630blatt04.pdf | Primer Design }} | Jens | Jasmin | Cora | {{ 630exampleDNA.txt | exampleDNA.txt }} |
| 12.05. | **5.** {{ 630blatt05.pdf | Datenbanken und Datenformate }} | Jens | Vildan, Ann-Kathrin | Bianca, Anne |  |
| 19.05. | **6.** {{ 630blatt06.pdf | Paarweises Alignment in der Praxis 1: Datenbanksuche }}| Nina | Lillith | Boris, Helena |  |
| 26.05. | **7.** {{ 630blatt07.pdf | Paarweises Alignment in der Praxis 2: Alignment-Statistik : Datenbanksuche }} | Linda | Ago | Phillip, Rudolf |{{ 630Seq.fas | Seq.fas }} |
| 02.06. | **8.** {{ 630blatt08.pdf | q-Grams und de Bruijn-Graphen }} | Jens | Susanne | Judith, Cassandra| {{ 630Funktionen.txt | Edit-Distanz und Rank-Funktion }} |
| 09.06. | Pfingsten |  |  | |   |
| 16.06. | **9.** {{ 630blatt09.pdf | Genom-Browser und Genomalignment }} | Jens | <del>Benjamin</del> | Valeria, Carolin||
| 23.06. | **10.** {{ 630blatt10.pdf | Multiples Alignment in der Praxis 1: Clustal }} | Jens | Dorian | Elvira, Eva | {{ 630unknown_query.fas | unknown_query.fas }} |
| 30.06. | **11.** {{ 630blatt11.pdf | Multiples Alignment in der Praxis 2: T-COFFEE }} | Linda| Maryam | Tobias, Sascha | {{ 630haem.fas | haem.fas }} |
| 07.07. | **12.** {{ 630blatt12.pdf | Multiples Alignment in der Praxis 3: DIALIGN }}  | Linda  | Thomas  | Sarah, Tim | {{ 630dialign_sequences.fas | dialign_sequences.fas }} |
| 14.07. | **13.** {{ 630blatt13.pdf | RNA-Sekundärstrukturen }} | Nina | Yannik | Thomas | |Lösungen der Übungsaufgaben schicken an: [[mailto:praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE|praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE]] 

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