====== Sequenzanalyse-Praktikum ======
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| **Übung:** | 392012 | Mo. 8-12 oder Mo. 12-16 | Roland Wittler, Linda Sundermann | [[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=53618821|ekvv]] oder [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=54759974|ekvv]] |

==== Inhalt ====
In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung [[http://wiki.techfak.uni-bielefeld.de/gi/Teaching/2014winter/SequenzAnalyse|Sequenzanalyse]] vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen aber auch Grundlagen der RNA-Sekundärstrukturvorhersage kennen. \\ Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.  



==== Anforderungen ====
Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen. 


  * Halten eines 45-minütigen Vortrags 
  * Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten 
  * Bearbeitung der Übungsaufgaben 
  * Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben ({{ 700protokoll00.pdf | Beispiel }}) 


==== Regeln ====

  * pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen 
  * Protokolle und Verbesserungen: spätestens Donnerstag um 24:00 per Email (PDF < 3MB an [[mailto:praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de|praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de]]) 
  * Ausarbeitungen: spätestens nach zwei Wochen, Montag um 24:00 (PDF an [[mailto:praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de|praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de]]), Verbesserung 2 Wochen nach Rückgabe 
  * nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe 
  * feststellbare Verbesserung zur letzten Abgabe 
Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden.  



==== Zeiten und Räume ====
Vormittagstermin: \\ 


  * 8:45 - 10:00 in U10-146 
  * 10:15 - 12:00 im GZI V2-229 (Tutor: Karsten Wüllems) 
Nachmittagstermin: \\ 


  * 14:00 - 15:15 in U10-146 
  * 15:30 - 17:15 im GZI V2-222 (Tutor: Lukas Pfannschmidt) 


==== Termine ====
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| **Datum** | **Thema** | **Ansprechpartner ** | ** Vortragende morgens** | **Vortragende nachmittags ** | **Zusätzliches Material** |
| 13.04. | 1. {{ 700Stunde01_Organisation.pdf | Organisation }},  {{ 700blatt01.pdf | Anzahl Alignments }}                | Roland | Roland | Roland | {{ 700vortrag01.pdf | Vortragsfolien }}  |
| 20.04. | 2. {{ 700blatt02.pdf | BWT in der Praxis }}                             | Roland | Roland | Roland | |
| 27.04. | 3. {{ 700blatt03.pdf | Score-Matrizen }}                                 | Roland | Schirin, Benjamin | Michelle | {{ 700test_v1.block | Block 1 }}, {{ 700test_v1.truth | Ergebnisse 1 }} und  {{ 700test_v2.block | Block 2 }}, {{ 700test_v2.truth | Ergebnisse 2 }} |
| 04.05. | 4. {{ 700blatt04.pdf | Datenbanken und Datenformate }}                    | Linda | Sarina, Jan | Maria | |
| 11.05. | 5. {{ 700blatt05.pdf | Paarweises Alignment in der Praxis 1: Datenbanksuche }}   | Linda | Jasmin, Maryam | Anh Ngan, Anna | |
| 18.05. | {{ 700blatt06.pdf | 6. Paarweises Alignment in der Praxis 2: Alignment-Statistik: Datenbanksuche }} | Linda | Sylvia, Julia | Philipp, Marius | |
| 25.05. | ---|  |  |  | |
| 01.06. | 7. {{ 700blatt07.pdf | q-Grams und de Bruijn-Graphen }}  | Roland | (Marie) | Denis | {{ 700Distances.java | Java-Datei }}, {{ 700test.fasta | Beispieleingabe }}, {{ 700test.tsv | Musterausgabe }} |
| 08.06. | 8. {{ 700blatt08.pdf | Indexstrukturen }}                                | Roland | David | Freddi | {{ 700Blatt08.zip | Java-Dateien }} |
| 15.06. | 9. {{ 700blatt09.pdf | Multiples Alignment in der Praxis 1: Clustal W }}   | Linda | Tilman, Christian | Sofia | {{ 700unknown_query.fas | unknown_query.fas }}  |
| 22.06. | 10. {{ 700blatt10.pdf | Multiples Alignment in der Praxis 2: T-COFFEE }}  | Linda | Linda | Miriam | {{ 700haem.fas | haem.fas }}  |
| 29.06. | 11. {{ 700blatt11.pdf | Multiples Alignment in der Praxis 3: DIALIGN }}  | Linda | Franzi | Valeria | {{ 700dialign_sequences.fas | dialign_sequences.fas }} |
| 06.07. | 12. {{ 700blatt12.pdf | Genom-Browser und Genomalignment }}              | Roland | Hatem | Kajitha | |
| 13.07. | 13. {{ 700blatt13.pdf | Strukturelle Variationen }}                    | Roland | Roland | Roland | |Lösungen der Übungsaufgaben schicken an: [[mailto:praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE|praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE]] 

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