====== Phylogenetics ======
Dr. Pedro Feijão \\ Lecture: Tuesday, 10.15-11.45 in C01-142 \\ Office: U10-137 \\ 



===== Content =====
Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein: 


  * Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe 
  * Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems 
  * Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen 
  * Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion 
  * Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen 


==== Lecture Notes ====
Students will receive a printed copy of the lecture notes, and a PDF is available here: 


  * {{ 138phylogeny-2015-16.pdf | phylogeny-2015-16.pdf }} 


===== Further Reading =====

  * J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004. 
  * R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998. 
  * D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000. 
  * D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996. 
  * M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003. 


===== Links =====
[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/CommonTree/wwwcmt.cgi|NCBI Taxonomy - Common Tree]]\\ [[http://itol.embl.de/|Interactive Tree of Life]]\\ [[http://www.phylowidget.org/full/|Online NEWICK Tree drawing tool]]\\ [[http://www.splitstree.org/|Splitstree (licensed but free)]]\\ [[http://mobyle.pasteur.fr|Mobyle portal, a portal for bioinformatics analyses]] 





===== Final Exams =====
T.B.A. 

Auszug aus dem Modulhandbuch: "Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50%) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der  Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung. [...] Abschlussklausur oder abschließende mündliche Prüfung beziehen sich auf den Stoff der Vorlesung und der Übungen." 



===== Exercises =====
Coordination: Kevin Lamkiewicz, Damianos Melidis \\\\ 


  * Bestehensgrenze 50% (siehe "Klausur") 
  * Abgabe zu Beginn der Vorlesung oder vorab bei der Tutorin, beim Tutor oder beim Veranstalter. 
  * keine Gruppenabgaben 


===== Exercise sheets =====
\\ 


| **Date** | **Exercise sheet** |
| 20.10.2015 |   {{ 138uebung01.pdf | Exercise 1 }}|
| 27.10.2015 |   {{ 138uebung02.pdf | Exercise 2 }}|
| 03.11.2015 |   {{ 138uebung03.pdf | Exercise 3 }}|
| 10.11.2015 |   {{ 138uebung04.pdf | Exercise 4 }}|
| 17.11.2015 |   {{ 138uebung05.pdf | Exercise 5 }}|
| 24.11.2015 |   {{ 138uebung06.pdf | Exercise 6 }}|
| 01.12.2015 |   {{ 138uebung07.pdf | Exercise 7 }}|
| 08.12.2015 |   {{ 138uebung08.pdf | Exercise 8 }}|
| 15.12.2015 |   {{:teaching:2015winter:uebung09.pdf| Exercise 9}}|
| 22.12.2015 |   {{:teaching:2015winter:bonuszettel.pdf| bonuszettel.pdf}}|
| 12.01.2016 |   {{:teaching:2015winter:uebung10.pdf| Exercise 10}}|
| 19.01.2016 |   {{:teaching:2015winter:uebung11.pdf|Exercise 11}}|
| 26.01.2016 |   {{:teaching:2015winter:uebung12.pdf|Exercise 12}}|
| 19.01.2016 |   {{:teaching:2015winter:uebung13.pdf|Exercise 13}}|
| 26.01.2016 |   {{:teaching:2015winter:uebung14.pdf|Exercise 14}}|

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