====== Sequenzanalyse-Praktikum ======

| **Übung:** | 392012 | Di. 8-12 oder Mi. 8-12 | Roland Wittler, Linda Sundermann | [[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=70298106|ekvv]] oder [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=70298320|ekvv]] |

==== Inhalt ====

In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung [[http://wiki.techfak.uni-bielefeld.de/gi/Teaching/2015winter/SequenzAnalyse|Sequenzanalyse]] vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen.\\ Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden. 

==== Anforderungen ====

Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen. 

  * Halten eines 45-minütigen Vortrags 
  * Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten 
  * Bearbeitung der Übungsaufgaben 
  * Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben. 

==== Regeln ====

  * pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen 
  * Erste Abgabe der Protokolle: spätestens Sonntag (für die Dienstags-Gruppe) bzw. Montag (für die Mittowchs-Gruppe) um 24:00 per Email (PDF < 3MB an [[praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de|praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de]]) 
  * Nachbesprechung erfolgt im Seminar. 
  * Zweite, finale Abgabe eine Woche später (Zeiten wie oben) 
  * nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe 

Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden. 

  * Ausarbeitungen: spätestens nach zwei Wochen. (PDF an [[praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de|praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de]]), Verbesserung zwei Wochen nach Rückgabe 

==== Zeiten und Räume ====

Dienstag:\\ 

  * 9:00 - 10:30 in U10-146 
  * 10:45 - 12:15 in V6-116 (Tutor: Karsten Wüllems) 

Mittwoch:\\ 

  * 9:00 - 10:30 in U10-146 
  * 10:45 - 12:15 in V6-116 (Tutor: Franziska Kaiser) 

==== Termine ====

^ Datum ^ Thema ^ Ansprechpartner ^ Vortragende dienstags ^ Vortragende mittwochs ^ Zusätzliches Material ^
| 12./13.4. | 1. {{:teaching:2016summer:sequaprak:organisation.pdf|Organisation}}, {{:teaching:2016summer:sequaprak:blatt01.pdf|Anzahl Alignments}} | Roland | Roland | Roland | |
| 19./20.4. | 2. {{:teaching:2016summer:sequaprak:blatt02.pdf|BWT in der Praxis}} | Roland | Roland | Roland | |
| 26./27.4. | -- entfällt --  | | | | |
| 3./4.5. | 3. {{:teaching:2016summer:sequaprak:blatt03.pdf|Score-Matrizen}} | Roland | Nadine & Dennis | Hanna |{{:teaching:2016summer:sequaprak:ipb001525a.results.pdf}} {{:teaching:2016summer:sequaprak:ipb001303d.results.pdf}}|
| 10./11.5. | 4. {{:teaching:2016summer:sequaprak:blatt04.pdf|Datenbanken und Datenformate}} | Linda | Marie & Tram Anh | Roy | |
| 17./18.5. | 5. {{:teaching:2016summer:sequaprak:blatt05.pdf|Paarweises Alignment in der Praxis 1: Datenbanksuche}} | Roland | Michel | Lia | |
| 24./25.5. | 6. {{:teaching:2016summer:sequaprak:blatt06.pdf|Paarweises Alignment in der Praxis 2: Alignment-Statistik: Datenbanksuche}}| Linda | Celestina & Angelique | Chris | |
| 31.5./1.6. | 7. {{:teaching:2016summer:sequaprak:blatt07.pdf|q-Grams und de Bruijn-Graphen}} | Roland/Linda | Roland/Linda | Roland/Linda | [[http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/~roland/Distances_todo.java|Java-Code]], [[http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/~roland/Distances_todo.py|Python-Code]], [[http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/~roland/test.fasta|Fasta-Datei für Distanzen]], [[http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/~roland/test_reads.fa|Fasta-Datei für Velvet]], [[http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/~roland/test_reference.fa|Referenz für Velvet]] |
| 7./8.6. | 8. {{:teaching:2016summer:sequaprak:blatt08.pdf|Indexstrukturen}} | Roland | Max E. & Sarah | Vanessa | [[http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/~roland/Blatt08.zip|Material]] |
| 14./15.6. | 9. {{:teaching:2016summer:sequaprak:blatt09.pdf|Mapping und differencial expression}} | Linda | Moritz & Nils | Fabian | |
| 21./22.6. | 10. {{:teaching:2016summer:sequaprak:blatt10.pdf|Multiples Alignment in der Praxis 1: DIALIGN}}  | Linda | Katharina & Henrike | Ruth | [[http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/~roland/dialign_sequences.fas|dialign_sequences.fas]], [[http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/~roland/four_seq.fas|four_seq.fas]] |
| 28./29.6. | 11. {{:teaching:2016summer:sequaprak:blatt11.pdf| Multiples Alignment in der Praxis 2: Clustal W}} | Linda | Christopher | Miriam | [[http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/~roland/unknown_query.fas|unknown_query.fas]] |
| 5./6.7. | 12. {{:teaching:2016summer:sequaprak:blatt12.pdf| Genom-Browser und Genomalignment}} | Roland | Luisa | Vithujah | |
| 12./13.7. | 13. {{:teaching:2016summer:sequaprak:blatt13.pdf| Strukturelle Variationen}} | Linda | Christoph | Swaathika | [[http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/~roland/IGV.zip|IGV.zip]] |
| 19./20.7. | 14. {{:teaching:2016summer:sequaprak:blatt14.pdf| RNA }}| Roland | Max S. | | [[http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/~roland/sequences.fasta|sequences.fasta]] |

Lösungen der Übungsaufgaben schicken an: [[praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE|praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE]] 

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