====== Sequenzanalyse-Praktikum ====== | **Übung:** | 392012 | Di. 10-14 oder Mi. 10-14 | Jens Stoye, Daniel Dörr, Tizian Schulz | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=102492995|ekvv]] oder [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=102494238|ekvv]] | ==== Inhalt ==== In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung [[http://wiki.techfak.uni-bielefeld.de/gi/Teaching/2017summer/sa|Sequenzanalyse]] vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen.\\ Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden. ==== Anforderungen ==== Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen. * Halten eines 45-minütigen Vortrags * Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten * Bearbeitung der Übungsaufgaben * Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben. ==== Regeln ==== * pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen * Erste Abgabe der Protokolle: spätestens Sonntag (für die Dienstags-Gruppe) bzw. Montag (für die Mittwochs-Gruppe) um 24:00 per Email (PDF < 3MB an [[praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de|praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de]]) * Nachbesprechung erfolgt im Seminar. * Zweite, finale Abgabe eine Woche später (Zeiten wie oben) * nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden. * Ausarbeitungen: spätestens nach zwei Wochen. (PDF an [[praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de|praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de]]), Verbesserung zwei Wochen nach Rückgabe ==== Protokollvorlage ==== Zum Erstellen des Protokolls kann (muss aber nicht!) folgende LaTeX Vorlage verwendet werden: {{:teaching:2017winter:sequaprak:protokollvorlage.zip|ProtokollVorlage.zip}} (Englische Version: {{:teaching:2017winter:sequaprak:protokollvorlageen.zip|ProtokollVorlageEN.zip}}). Ein beispielhaftes Musterprotokoll findet sich {{:teaching:2017winter:sequaprak:protokoll00.pdf|hier}}. ==== Zeiten und Räume ==== Dienstag:\\ * 10:15 - 11:45 in U10-146 * 12:30 - 14:00 in V6-116 (Tutor: Jens Schulz) Mittwoch:\\ * 10:15 - 11:45 in U10-146 * 12:15 - 13:45 in V6-116 (Tutor: Jens Schulz) ==== Termine ==== ^ Datum ^ Thema ^ Ansprechpartner ^ Vortragende dienstags ^ Vortragende mittwochs ^ Zusätzliches Material ^ | 10./11.10.2017 | 1. {{:teaching:2017winter:sequaprak:blatt01.pdf|Anzahl Alignments}} | Daniel | -- | -- | {{:teaching:2017winter:sequaprak:stunde01_organisation.pdf|Organisation}} | | 17./18.10.2017 | 2. {{:teaching:2017winter:sequaprak:blatt02.pdf|BWT in der Praxis}} | Jens | -- | -- | | | 24./25.10.2017 | 3. {{:teaching:2017winter:sequaprak:blatt03.pdf|Score-Matrizen}} | Jens | Solveig Gasse | Christine Barber | {{:teaching:2016summer:sequaprak:ipb001303d.results.pdf}} {{:teaching:2016summer:sequaprak:ipb001525a.results.pdf}} | | 31.10/01.11.2017 | entfällt ||||| | 07./08.11.2017 | 4. {{:teaching:2017winter:sequaprak:blatt04.pdf|Datenbanken und Datenformate}} | Jens | Jonas Leon Bicker | Kim Wüstkamp | | | 14./15.11.2017 | 5. {{:teaching:2017winter:sequaprak:blatt05.pdf|Paarweises Alignment in der Praxis 1: Datenbanksuche}} | Jens | Jan Niklaas Milchert | Aron Sattler | {{:teaching:2017summer:sequaprak:blatt06_unknown_gene.txt|unknown_gene.fas}}, {{:teaching:2017summer:sequaprak:blatt06_unknown_protein.txt|unknown_protein.fas}} | | 21./22.11.2017 | entfällt ||||| | 28./29.11.2017 | 6. {{:teaching:2017summer:sequaprak:blatt06.pdf|Paarweises Alignment in der Praxis 2: Alignment-Statistik: Datenbanksuche}} | Daniel | Julia Rudij | Nele Tiemann | | | 05./06.12.2017 | 7. {{:teaching:2017winter:sequaprak:blatt07.pdf|q-Grams und de Bruijn-Graphen}} | Tizian | | Bjarte Alexander Feldmann | {{:teaching:2017summer:sequaprak:Distances_todos_java.txt | Distances_todos.java}}, {{:teaching:2017summer:sequaprak:Distances_todo_py.txt | Distances_todo.py}}, {{:teaching:2017summer:sequaprak:test_reads.txt | test_reads.fasta}}, {{:teaching:2017summer:sequaprak:test_reference.txt | test_reference.fasta}}, {{:teaching:2017summer:sequaprak:test.txt | test.fasta}} | | 12./13.12.2017 | 8. {{:teaching:2017winter:sequaprak:blatt08.pdf|Indexstrukturen}} | Daniel | Lukas Schulte | Daniel Göbel | {{:teaching:2017winter:sequaprak:blatt08.zip|Java Klassen}} | | 19./20.12.2017 | 9. {{:teaching:2017winter:sequaprak:blatt09.pdf|Mapping und differentielle Expression}} | Daniel | Leonard Bohnenkämper | Lisa Hils | {{:teaching:2017winter:sequaprak:minichloroplast.zip|minichloroplast.zip}} | | 26./27.12.2017 | Weihnachtspause ||||| | 02./03.01.2018 | Weihnachtspause ||||| | 09./10.01.2018 | 10. {{:teaching:2017winter:sequaprak:blatt10.pdf|Multiples Alignment in der Praxis 1: DIALIGN}} | Tizian | Yannick Petersen | Jasmin Hartmann | | | 16./17.01.2018 | 11. {{ :teaching:2017winter:sequaprak:blatt11.pdf | Multiples Alignment in der Praxis 2: Clustal W }} | Tizian | Larissa Horstkötter | Gabriel Abrantes Diaz | | | 23./24.01.2018 | 12. {{ :teaching:2017winter:sequaprak:blatt12.pdf | Genom-browser und Genomalignment }} | Daniel | | Anna Lena Bergander | {{ :teaching:2017summer:sequaprak:h_pylori26695_eslice.txt | h_pylori26695_eslice.fasta }} {{ :teaching:2017summer:sequaprak:h_pylorij99_eslice.txt | h_pylorij99_eslice.fasta }} | | 30./31.01.2018 | 13. {{ :teaching:2017winter:sequaprak:blatt13.pdf |RNA-Faltung }} | Daniel | Jannis Göke | Ruth Rothgänger | {{ :teaching:2017summer:sequaprak:sequences.txt | sequences.fasta }} | Lösungen der Übungsaufgaben schicken an: [[praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE|praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE]] Back to [[teaching:|Teaching]]