====== Sequenzanalyse-Praktikum ======

| Übung:\\ 392012 | Di. 10-14 | Tizian Schulz und Roland Wittler\\ (Tutorin: Lisa Hils) | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=361003593|ekvv]] |

==== Inhalt ====

In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung [[http://wiki.techfak.uni-bielefeld.de/gi/Teaching/2022summer/sa|Sequenzanalyse]] vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche.\\ Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden. 

==== Anforderungen ====

  * Halten eines 30 bis 45-minütigen Vortrags 
  * Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten 
  * Bearbeitung der Übungsaufgaben (in Zweiergruppen)
  * Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben (in Zweiergruppen). 

==== Regeln ====

  * pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen 
  * Erste Abgabe der Protokolle: spätestens Sonntag (für die Dienstags-Gruppe) bzw. Montag (für die Mittwochs-Gruppe) um 24:00 per Email (PDF < 3MB an [[praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de|praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de]]) 
  * Nachbesprechung erfolgt im Seminar. 
  * Zweite, finale Abgabe eine Woche später (Zeiten wie oben) 
  * nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe 

Unvollständige Erstabgaben und inhaltliche Fehler in der Zweitabgabe führen zu einer "gelben Karte".
Nicht erfolgte Abgaben, unvollständige oder anderweitig inakzeptable Zweitabgaben führen zu einer "roten Karte".
Zwei gelbe Karten zählen wie eine rote Karte. Es dürfen maximal drei rote (bzw. zwei rote und zwei gelbe, eine rote  und vier gelbe oder sechs gelbe) Karten gesammelt werden. (Bitte nicht einschüchtern lassen. Dieses Vorgehen soll nur als "Notbremse" dienen.)

  * Ausarbeitungen: spätestens nach zwei Wochen. (PDF an [[praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de|praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de]]), Verbesserung zwei Wochen nach Rückgabe 

==== Protokollvorlage ====
Zum Erstellen des Protokolls kann (muss aber nicht!) folgende LaTeX Vorlage verwendet werden: {{:teaching:2022winter:sequaprak:protokollvorlage.zip|ProtokollVorlage.zip}}. Ein beispielhaftes Musterprotokoll findet sich {{:teaching:2022winter:sequaprak:protokoll00.pdf|hier}}. 

==== Zeiten ====

**Dienstag, 4.10., 10:15, V6-116: Vorbesprechung**\\

Dienstag:\\ 

  * 10:00 - 11:30, U10-146 
  * 12:30 - 14:00, V6-116 (Tutorin: Lisa Hils) 


==== Termine ====

^ Datum ^ Thema ^ Ansprechpartner ^ Vortragende*r  ^ Zusätzliches Material ^
| **Dienstag, 4.10., 10 c.t., V6-116**           | Vorbesprechung |||
| 11.10. | Themenvergabe, {{:teaching:2022winter:sequaprak:blatt_Anzahl_Alignments.pdf|1. Anzahl Alignments}} | Tizian | Tizian | {{ :teaching:2022winter:sequaprak:stunde01_organisation.pdf|Orga-Slides}}|
| <del>18.10.</del> | entfällt ||||
| 25.10. | {{:teaching:2022winter:sequaprak:blatt_Q-Gramme_de_Bruijn.pdf|2. Q-gramme und de Bruijn-Graphen}} | Tizian | Melissa | {{ :teaching:2022winter:sequaprak:vortrag_ausarbeitung.pdf|Hinweise zu Vorträgen und Ausarbeitungen}} | 
| <del>01.11.</del> | Feiertag (Abgaben bis Donnerstagabend, 3.11.) ||||
| 08.11. | {{:teaching:2022winter:sequaprak:blatt_indexstrukturen.pdf|3. Indexstrukturen}} | Roland | Niclas |  | 
| 15.11. | {{:teaching:2022winter:sequaprak:blatt_clustal_omega.pdf|4. Multiples Alignment}} | Roland | Malte |  | 
| 22.11. | {{:teaching:2022winter:sequaprak:blatt_phylogenetische_analyse.pdf| 5. Phylogenetische Analyse}} | Roland | Lennart |  |
| 29.11. | {{:teaching:2022winter:sequaprak:blatt_bwt_praxis.pdf|6. BWT in der Praxis}} | Roland | Mikey |  |
| 06.12. | {{:teaching:2022winter:sequaprak:blatt_strukturelle_variationen.pdf|7. Strukturelle Variationen}} | Roland | Fabian |  |
| <del>13.12.</del> | <del> 8. Differentielle Expression </del> | | |  |
| 20.12. | {{:teaching:2022winter:sequaprak:blatt_differentielle_expression.pdf|8. Differentielle Expression}} | Roland | Louisa |  |
|  | <del> 9. Score-Matrizen</del> | | |  |
| -- | Weihnachstpause ||||
| 10.01. | {{:teaching:2022winter:sequaprak:blatt_Datenformate_Datenbanksuche_BLAST.pdf | 10. Datenformate und Datenbanksuche mit BLAST}}  | Tizian | <del> Dominik </del> |  |
| 17.01. | {{:teaching:2022winter:sequaprak:blatt_Alignment-Statistik.pdf | 11. Alignment-Statistik}} | Tizian | Paul |  |
| 24.01. | {{:teaching:2022winter:sequaprak:blatt_Genombrowser_Genomalignment.pdf | 12. Genombrowser und Genomalignment}} | Tizian | Tizian |  |
| 31.01. | {{:teaching:2022winter:sequaprak:blatt_RNA-Faltung.pdf | 13. RNA-Faltung}} | Tizian | Jamie |  |


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