====== Sequenzanalyse, Sommersemester 2023 ======
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| [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=391439017|392105]]/[[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=391440627|06]],[[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=391441407|06]],[[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=391441927|06]] | Stoye, Schulz | Sommer 2023 | Di 10-12 und Do 10-12, T2-204 |

===== Kurzbeschreibung =====
Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist. 

In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.  

===== Literatur =====
  * Das Skript zur Vorlesung: {{teaching:2023summer:sa:sa2023.pdf | Sequenzanalyse-Skript}}
  * Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997. 
  * Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.  

===== Organisatorisches =====
  * Die [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/sinfo/publ/modul/26787662|Modulbeschreibung]] enthält einige Rahmenbedingungen der Veranstaltung. 
  * Zur Teilnahme an der Vorlesung und Klausur sind diejenigen berechtigt, welche die A&D-Klausur bestanden haben oder im WS2022/23 zur A&D-Klausur zugelassen waren. Ansonsten bitte Rücksprache.
  * Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50% der Punkte) und aktive Teilnahme in den Tutorien (mindestens zweimal Vorrechnen) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung. 

===== Übungen =====
Abgabeschluss der wöchentlichen Übungsaufgaben ist jeweils **Donnerstag 12:00 Uhr**. Gleichzeitig wird ein neuer Übungszettel auf dieser Seite veröffentlicht werden. Abgaben müssen direkt per E-mail an den*die jeweilige*n Tutor*in geschickt werden.

| **Termin** | **Tutor*in** | **eKVV** |
| Di 16-18, V4-106 | Tizian Schulz | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=391440627|Übungen A]] |
| Mo 10-12, U10-146 | Lennart Finke | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=391441407|Übungen B]] |
| Di 16-18, U10-146 | Leonie Brockmann | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=391441927|Übungen C]] |

===== Prüfungstermine =====
  - Klausur: 20.07.2023 10-12 Uhr, Raum H6.
  - Zweitprüfung (mündlich): im September 2023, U10-147. Termin bitte im Sekretariat bei [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/pers_publ/publ/PersonDetail.jsp?personId=65856|Heike Samuel]] vereinbaren.

===== Übungszettel =====
| ** Woche ** | **Datum** | **Thema** | **Abschnitt im Skript** | **Übungszettel** | **Präsenzübungszettel** |
| 14 | 04./06.04.2023 | Di: Einleitung, Logistik\\ Do: Grundlagen | 1\\ 2 | \\ {{teaching:2023summer:sa:blatt01.pdf | Blatt 01}} | \\ {{teaching:2023summer:sa:praesi01.pdf | Präsenzblatt 01}} |
| 15 | 11./13.04.2023 | Di: Metriken auf Sequenzen\\ Do: Berechnung der Edit-Distanz | 3.1-3.5\\ 3.6 | \\ {{teaching:2023summer:sa:blatt02.pdf | Blatt 02}} | \\ {{teaching:2023summer:sa:praesi02.pdf | Präsenzblatt 02}} |
| 16 | 18./20.04.2023 | Di: q-Gramm-Distanz (TS)\\ Do: Maximal-Matches-Distanz | 3.7\\ 3.8-3.9 | \\ {{teaching:2023summer:sa:blatt03.pdf | Blatt 03}} | \\ {{teaching:2023summer:sa:praesi03.pdf | Präsenzblatt 03}} |
| 17 | 25./27.04.2023 | Di: Paarweises Sequenzalignment\\ Do: Alignment-Varianten | 4.1-4.4\\ 4.5 | \\ {{teaching:2023summer:sa:blatt04.pdf | Blatt 04}} | \\ {{teaching:2023summer:sa:praesi04.pdf | Präsenzblatt 04}} |
| 18 | 02./04.05.2023 | Di: Gapkosten, Suboptimale Lokale Alignments\\ Do: Approximative Textsuche, Hirschberg-Algorithmus (TS) | 4.6-5.1\\ 5.2-5.4 | \\ {{teaching:2023summer:sa:blatt05.pdf | Blatt 05}} | \\ {{teaching:2023summer:sa:praesi05.pdf | Präsenzblatt 05}} |
| 19 | 09./11.05.2023 | Di: Paarweises Alignment in der Praxis\\ Do: Suffixbäume: Definition, WOTD-Algorithmus | 6\\ 7.1-7.6 | \\ {{teaching:2023summer:sa:blatt06.pdf | Blatt 06}} | \\ {{teaching:2023summer:sa:praesi06.pdf | Präsenzblatt 06}} |
| 20 | 16./<del>18.</del>05.2023 | Di: Anwendungen von Suffixbäumen I\\ Do: -- | 7.7.1-7.7.2\\ -- | \\ {{teaching:2023summer:sa:blatt07.pdf | Blatt 07}} | \\ {{teaching:2023summer:sa:praesi07.pdf | Präsenzblatt 07}} |
| 21 | 23./<del>25.</del>05.2023 | Di: Anwendungen von Suffixbäumen II\\ Do: -- | 7.7.3-7.7.4\\ -- | \\ {{teaching:2023summer:sa:blatt08.pdf | Blatt 08}} | \\ {{teaching:2023summer:sa:praesi08.pdf | Präsenzblatt 08}} |
| 22 | 30.05./01.06.2023 | Di: Suffix-Arrays\\ Do: Burrows-Wheeler-Transformation | 8\\ 9 | \\ {{teaching:2023summer:sa:blatt09.pdf | Blatt 09}} | \\ {{teaching:2023summer:sa:praesi09.pdf | Präsenzblatt 09}} |
| 23 | 06./<del>08.</del>06.2023 | Di: Multiples Sequenzanlignment: Definitionen | 10.1-10.4\\ -- | \\ {{teaching:2023summer:sa:blatt10.pdf | Blatt 10}} | \\ {{teaching:2023summer:sa:praesi10.pdf | Präsenzblatt 10}} |
| 24 | 13./15.06.2023 | Di: Komplexitätsanalyse\\ Do: Algorithmen für Multiples Alignment I (TS) | 10.5\\ 11.1-11.3 | \\ {{teaching:2023summer:sa:blatt11.pdf | Blatt 11}} | \\ {{teaching:2023summer:sa:praesi11.pdf | Präsenzblatt 11}} |
| 26 | 20./22.06.2023 | Di: Algorithmen für Multiples Alignment II\\ Do: Baumalignment, Genomalignment | 11.4-11.5\\ 12-13 | \\ {{teaching:2023summer:sa:blatt12.pdf | Blatt 12}} | |
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| 29 | 18./20.07.2023 | Di: Wiederholung/Fragestunde\\ Do: Klausur | | | |