====== Sequenzanalyse, Wintersemester 2024/25 ======
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| [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=475177227|392105]]/[[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=475177862|06A]],[[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=475178077|06B]] | Stoye, Bohnenkämper | Winter 2024/25 | Di 10-12 und Do 10-12, U10-146|

===== Kurzbeschreibung =====
Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Genome und Proteine, Webseiten, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist. 

In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.  

===== Literatur =====
  * Das Skript zur Vorlesung: {{teaching:2024winter:sa:sa2024.pdf | Sequenzanalyse-Skript}}
  * Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997. 
  * Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.  

===== Organisatorisches =====
  * Die [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/sinfo/publ/modul/26787662|Modulbeschreibung]] enthält einige Rahmenbedingungen der Veranstaltung. 
  * Zur Teilnahme an der Vorlesung und Klausur sind diejenigen berechtigt, welche die A&D-Klausur bestanden haben oder im WS2023/24 zur A&D-Klausur zugelassen waren. Ansonsten bitte Rücksprache.
  * Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50% der Punkte) und aktive Teilnahme in den Tutorien (mindestens zweimal Vorrechnen) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung. 

===== Übungen =====
Abgabeschluss der wöchentlichen Übungsaufgaben ist jeweils **Donnerstag 10:00 Uhr**. Gleichzeitig wird ein neuer Übungszettel auf dieser Seite veröffentlicht werden. Abgaben müssen direkt per E-mail an den*die jeweilige*n Tutor*in geschickt werden.

| **Termin** | **Tutor*in** | **eKVV** |
| Di 16-18, U10-146 | Leonard Bohnenkämper | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=475177862|Übungen A]] |
| Mo 10-12, U4-120 | Lennart Finke | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=475178077|Übungen B]] |


Für diejenigen, die die Abgaben mit Latex machen wollen, haben wir hier eine Vorlage: {{:teaching:2024winter:vorlage.zip|vorlage.zip}}
===== Prüfungstermine =====
  - [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=507951177|Klausur]]: 28.1.2025, 10:15 Uhr in H9. Bitte im eKVV in den Stundenplan aufnehmen.
  - Zweitprüfung (mündlich): im März 2025 in U10-147. Termin bitte im Sekretariat bei [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/pers_publ/publ/PersonDetail.jsp?personId=473967687|Nicole Schellenberg]] vereinbaren.

===== Übungszettel =====
| ** Woche ** | **Datum** | **Abschnitt im Skript** | **Übungszettel** | **Präsenzübungszettel** |
| 41 | 08./10.10.2024 | Di: --\\ Do: -- | | |
| 42 | 15./17.10.2024 | Di: 1 \\ Do: 2 |\\ {{teaching:2024winter:sa:ueb01.pdf | Blatt 01}} | \\ {{teaching:2024winter:sa:praesi01.pdf | Präsenzblatt 01}}|
| 43 | 22./24.10.2024 | Di: 3.1-3.5 \\ Do: 3.6 |\\ {{teaching:2024winter:sa:ueb02.pdf | Blatt 02}} | \\ {{teaching:2024winter:sa:praesi02.pdf | Präsenzblatt 02}} |
| 44 | 29./31.10.2024 | Di: 3.7 \\ Do: 3.8-3.9 |\\ {{teaching:2024winter:sa:ueb03.pdf | Blatt 03}} | \\ {{teaching:2024winter:sa:praesi03.pdf | Präsenzblatt 03}} |
| 45 | 05./07.11.2024 | Di: 4.1-4.4 \\ Do: 4.5-4.6 |\\ {{teaching:2024winter:sa:ueb04.pdf | Blatt 04}} | \\ {{teaching:2024winter:sa:praesi04.pdf | Präsenzblatt 04}} |
| 46 | 12./14.11.2024 | Di: 5.1-5.2 \\ Do: 5.3-5.4 |\\ {{teaching:2024winter:sa:ueb05.pdf | Blatt 05}} | \\ {{teaching:2024winter:sa:praesi05.pdf | Präsenzblatt 05}} |
| 47 | 19./21.11.2024 | Di: 6 \\ Do: -- |\\ {{teaching:2024winter:sa:ueb06.pdf | Blatt 06}} | \\ {{teaching:2024winter:sa:praesi06.pdf | Präsenzblatt 06}} |
| 48 | 26./28.11.2024 | Di: 7.1-7.6 \\ Do: --  |\\ {{teaching:2024winter:sa:ueb07.pdf | Blatt 07}} | \\ {{teaching:2024winter:sa:praesi07.pdf | Präsenzblatt 07}} |
| 49 | 03./05.12.2024 | Di: --\\ Do: 7.7.1-7.7.2 |\\ {{teaching:2024winter:sa:ueb08.pdf | Blatt 08}} | \\ {{teaching:2024winter:sa:praesi08.pdf | Präsenzblatt 08}} |
| 50 | 10./12.12.2024 | Di: -- \\ Do: 7.7.3-7.7.4 |\\ {{teaching:2024winter:sa:ueb09.pdf | Blatt 09}} | \\ - |
| 51 | 17./19.12.2024 | Di: 8 \\ Do: 9 |{{teaching:2024winter:sa:ueb10.pdf | Blatt 10}}\\ {{teaching:2024winter:sa:ueb10_christmas.pdf | Bonuszettel}} |  \\ {{teaching:2024winter:sa:altklaus.pdf | Altklausur (s. Mail für Bemerkungen!)}}  |
| Winterpause |||||
| 02 | 07./09.01.2025 | Di: 10.1-10.4, (<del>10.5</del>)\\ Do: 11.1-11.3 |\\ {{teaching:2024winter:sa:ueb11.pdf | Blatt 11}} | \\ {{teaching:2024winter:sa:praesi11.pdf | Präsenzblatt 11}} |
| 03 | 14./16.01.2025 | Di: 11.4-11.5 \\ Do: 12 |\\ {{teaching:2024winter:sa:ueb12.pdf | Blatt 12}} |  |
| 04 | 21./23.01.2025 | Di: 13 \\ Do: Wiederholung | | |
| 05 | 28./30.01.2025 | Di: Klausur \\ Do: -- | | |