====== Sequenzanalyse-Praktikum ======

| Übung:\\ 392012 | Di. 10-14 | Leonard Bohnenkämper, Roland Wittler, Luca Parmigiani\\ (Tutor: Lennart Finke) | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=514784526|ekvv]] |

Es gibt auch einen Donnerstags-Termin. Wir bitten aber alle Teilnehmenden, zunächst am Dienstag zu erscheinen.


==== Inhalt ====

In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung [[https://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2024winter/sa|Sequenzanalyse]] vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche.\\ Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden. 

==== Anforderungen ====

  * Halten eines 30 bis 45-minütigen Vortrags 
  * Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten 
  * Bearbeitung der Übungsaufgaben (in Zweiergruppen)
  * Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben (in Zweiergruppen). 

==== Regeln ====

  * pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen 
  * Erste Abgabe der Protokolle: spätestens Sonntag um 24:00 per Email (PDF < 3MB an [[praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de|praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de]]) 
  * Nachbesprechung erfolgt im Seminar. 
  * Zweite, finale Abgabe eine Woche später (Zeit wie oben) 
  * nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe 

Bei jeder Abgabe könnt ihr bis zu 3 Punkte sammeln. Bei der Erstabgabe bewerten wir lediglich die Vollständigkeit eures Protokolls, bei der Zweitabgabe wird auch die Korrektheit des Protokolls miteinbezogen.
Bei insgesamt 13 Zetteln mit je zwei Abgaben gibt es dann insgesamt 78 Punkte, von denen ihr //60 Punkte erreichen müsst, um das Praktikum zu bestehen//.

  * Ausarbeitungen: spätestens nach zwei Wochen. (PDF an [[praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de|praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de]]), Verbesserung zwei Wochen nach Rückgabe 

==== Protokollvorlage ====
Zum Erstellen des Protokolls kann (muss aber nicht!) folgende LaTeX Vorlage verwendet werden: {{:teaching:2023winter:sequaprak:protokollvorlage.zip|ProtokollVorlage.zip}}. Ein beispielhaftes Musterprotokoll findet sich {{:teaching:2022winter:sequaprak:protokoll00.pdf|hier}}. 

==== Zeiten ====

Vorbesprechung am Dienstag, 01.04.\\

Dienstag:\\ 

  * 10:00 - 11:30, U10-146 
  * 11:30 - 14:00 (inklusive Mittagspause), V6-116 (Tutor: Lennart Finke) 




^ Datum ^ Thema ^ Ansprechpartner ^ Vortragende*r  ^ Zusätzliches Material ^
| **01.04.**  | Vorbesprechung in V6-116 | | | Einstiegsaufgaben (s.o.) |
| 08.04.   | Themenvergabe,  {{:teaching:2025summer:sequaprak:blatt_Anzahl_Alignments.pdf|1. Anzahl Alignments}}  | Roland | Roland | {{:teaching:2025summer:sequaprak:stunde01_organisation.pdf|Orga-Slides}} |
| 15.04.25 | Besprechung 1. Zettel,  Hinweise zu Vorträgen und Ausarbeitungen | Roland/Leonard | Roland/Leonard | {{:teaching:2025summer:sequaprak:vortrag_ausarbeitung.pdf|Hinweise zu Vorträgen und Ausarbeitungen}} |
| 22.04.25| 2. {{:teaching:2025summer:sequaprak:blatt_Q-Gramme_de_Bruijn.pdf|Q-gramme und de Bruijn-Graphen}} | Leonard | Sofie & Enya |  |
| 29.04.25| 3. {{:teaching:2025summer:sequaprak:blatt_indexstrukturen.pdf|Indexstrukturen}} | Roland  | Tom & Max |  |
| 06.05.25| 4. {{:teaching:2025summer:sequaprak:blatt_bwt_praxis.pdf|BWT in der Praxis}} | Roland  | Carina & Kiril |  |
| 13.05.25| 5. {{:teaching:2025summer:sequaprak:blatt_strukturelle_variationen.pdf|Strukturelle Variationen}} | Roland  | Hannah |  |
| 20.05.25| 6. {{:teaching:2025summer:sequaprak:blatt_scorematrizen.pdf|Score-Matrizen}} | Roland  | John |  |                                                                                       
| 27.05.25| 7. {{:teaching:2025summer:sequaprak:blatt_datenformate_datenbanksuche_blast.pdf|Datenformate und Datenbanksuche mit BLAST}} | Leonard | (Leonard) | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html |                                                                                                                                                                    
| 03.06.25| 8. {{:teaching:2025summer:sequaprak:blatt_alignment-statistik.pdf|Alignment-Statistik}} | Leonard | Lena  & Julius |  |            
| 10.06.25| 9. {{:teaching:2025summer:sequaprak:blatt_differentielle_expression.pdf|Differentielle Expression}}   | Leonard | Lilli |  |
| 17.06.25| 10. {{:teaching:2025summer:sequaprak:blatt_genombrowser_genomalignment_new.pdf|Genombrowser und Genomalignment}} | Leonard | (Leonard) |  |                                                                                       
| 24.06.25| 11. {{:teaching:2025summer:sequaprak:blatt_clustal_Omega.pdf| Multiples Alignment}} | Leonard | Linn & Asal |  |
| 01.07.25| 12. {{:teaching:2025summer:sequaprak:blatt_phylogenetische_analyse.pdf|Phylogenetische Analyse}} | Roland  | Tanja |  |
| 08.07.25| 13. {{:teaching:2025summer:sequaprak:blatt_rna-faltung.pdf|RNA-Faltung}} | Roland  | Philipp |  |                                                                                       
| 15.07.25|  |  |  |  |



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