====== Phylogenetik ======
Dr. Roland Wittler, Leonard Bohnenkämper\\
Vorlesung (Wittler): donnerstags, 10.15-11.45 Uhr, U10-146\\
Übungen (Wittler, Bohnenkämper): donnerstags, ab 9:00 Uhr, U10-146\\
Klausur: t.b.a.


===== Lernraum =====

Hier wird ein PDF des Vorlesungsskripts, Übungsaufgaben und ggf. zusätzliches Material bereitgestellt:

[[https://bis.uni-bielefeld.de/sites/68927/Start.aspx|Link zum Lernraum]]



===== Inhalt =====
Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik und umfasst ein großes Repertoire an algorithmischen Problemstellungen und Lösungstechniken. In dieser Vorlesung werden traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Dabei liegt ein klarer Schwerpunkt auf der algorithmischen Problembehandlung, welche über die Phylogenetik hinaus Anwendung finden:

   * Graphentheorie
   * Dynamische Programmierung
   * Komplexitätsanalyse
   * Clusteringverfahren
   * Maximum Likelihood

Themen werden u.a. sein:

   * Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
   * Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
   * Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
   * Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
   * Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

===== Vorlesungsskript =====

Siehe Lernraum.


===== Literaturempfehlungen =====

  * J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004. 
  * R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998. 
  * D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000. 
  * D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996. 
  * M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003. 

===== Links =====
[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/CommonTree/wwwcmt.cgi|NCBI Taxonomy - Common Tree]]\\ [[http://itol.embl.de/|Interactive Tree of Life]]\\ [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/treeviewer/|Online Tree drawing tool on NCBI]]\\ [[https://www.iroki.net/viewer|Online Tree drawing tool Iroki]]\\ [[https://uni-tuebingen.de/fakultaeten/mathematisch-naturwissenschaftliche-fakultaet/fachbereiche/informatik/lehrstuehle/algorithms-in-bioinformatics/software/splitstree/|Splitstree]]\\ [[http://mobyle.pasteur.fr|Mobyle portal, a portal for bioinformatics analyses]] 


===== Prüfungsleistung =====
Auszug aus dem Modulhandbuch: 
"Portfolio von Übungen zu Inhalten der ... Vorlesung ...: Übungsaufgaben oder Programmieraufgaben, die veranstaltungsbezogen gestellt werden (Bestehensgrenze 50% der erzielbaren Punkte). Die Kontrolle der Übungsaufgaben umfasst auch direkte Fragen zu den Lösungsansätzen, die von den Studierenden in den Übungen beantwortet werden müssen. Der*die Lehrende kann ein individuelles Erläutern und Vorführen von Aufgaben verlangen ... Abschlussklausur (im Umfang von 90-180 Minuten) oder mündliche Abschlussprüfung (im Umfang von 20-40 Minuten) zu den in der Vorlesung vermittelten und in den Übungen erarbeiteten Inhalten." 

===== Prüfung =====
t.b.a.

===== Übungen =====

Das Tutorium beginnt in der zweiten Vorlesungswoche.

  * Übungszettel werden im Lernraum bereitgestellt
  * Abgabe über Lernraum oder in Papierform bis zum Tutorium in der Folgewoche
  * Besprechung in der Folgewoche
  * keine Gruppenabgaben
  * Bestehensgrenze 50% (siehe "Prüfungsleistung") 

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