====== Sequenzanalyse 1, Wintersemester 2025/26 ======
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| [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=565884288|392105]]/[[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=565907083|06]] ([[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=565898427|A]],[[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=565898788|B]],[[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=565904190|C]]) | Stoye, Bohnenkämper | Winter 2025/26 | Do 10-12, X-E0-234 |

===== Kurzbeschreibung =====
Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Genome und Proteine, Webseiten, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist. 

In der Vorlesung werden grundlegende Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.  

===== Literatur =====
  * Das Skript zur Vorlesung: {{teaching:2025winter:sa1:sa1-2025.pdf | Sequence Analysis 1 - Lecture notes}}
  * Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997. 
  * Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.  

===== Organisatorisches =====
  * Die [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/sinfo/publ/modul/467052073|Modulbeschreibung]] enthält einige Rahmenbedingungen der Veranstaltung. 
  * Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50% der Punkte) und aktive Teilnahme in den Tutorien (mindestens zweimal Vorrechnen) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung. 

===== Übungen =====
Abgabeschluss der wöchentlichen Übungsaufgaben ist jeweils **Donnerstag 10:00 Uhr**. Gleichzeitig wird ein neuer Übungszettel auf dieser Seite veröffentlicht werden. Abgaben müssen direkt per E-mail an den*die jeweilige*n Tutor*in geschickt werden.

| **Termin** | **Tutor*in** | **eKVV** |
| Di 16-18, U10-146 | NN | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=565898427|Übungen A]] |
| Mi 14-16, U10-146 | NN | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=565898788|Übungen B]] |
| Do 14-16, U10-146 | NN | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=565904190|Übungen C]] |

Für diejenigen, die die Abgaben mit Latex machen wollen, haben wir hier eine Vorlage: {{:teaching:2025winter:vorlage.zip|vorlage.zip}}

===== Prüfungstermine =====
  - [[TBA|Klausur]]: TBA (xx.x.2026, 10:15 Uhr in Hx. Bitte im eKVV in den Stundenplan aufnehmen.
  - Zweitprüfung (mündlich): im März 2026 in U10-147. Termin bitte im Sekretariat bei [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/pers_publ/publ/PersonDetail.jsp?personId=473967687|Nicole Schellenberg]] vereinbaren.

===== Übungszettel =====
| **Datum** | **Abschnitt im Skript** | **Übungszettel** | **Präsenzübungszettel** |
| 16.10.2025 | 1. Überblick | | |
| 23.10.2025 | 2. Grundlegende Definitionen | | |
| 30.10.2025 | 3. Distanzen zwischen Sequenzen | | |
| 06.11.2025 | 4. Paarweises Sequenzalignment | | |
| 13.11.2025 | 5. Variationen des paarweisen Alignments | | |
| 20.11.2025 | 6. Paarweises Alignment in der Praxis | | |
| 27.11.2025 | 7. Multiples Sequenzalignment | | |
| 04.12.2025 | 8. Baumalignment und progressives Alignment | | |
| 11.12.2025 | 9. Genomassemblierung | | |
| 18.12.2025 | 10. Suffixbäume | | |
| Winterpause ||||
| 08.01.2026 | 11. Anwendungen von Suffixbäumen | | |
| 15.01.2026 | 12. Suffixarrays | | |
| 22.01.2026 | 13. Burrows-Wheeler-Transformation | | |
| 29.01.2026 | 14. Effiziente Nutzung der Burrows-Wheeler-Transformation | | |
| 05.02.2026 | 15. Genomalignment | | |