Algorithmen in der Genomforschung (WS06/07)
Prof. Jens Stoye
Zeit: Fr. 10-12 in U10-146
Belegnummer: 392111 (Vorlesung), 392112 (Übungen)
Organisatorisches
Zusammen mit dem Praktikum "Bioinformatische Anwendungen in der Genomforschung"
im kommenden Sommersemester bildet diese Veranstaltung
das Master-Modul "Algorithmen in der Genomforschung".
Die Übungen werden nicht bewertet,
Anwesenheit und Aktivität werden aber erwartet.
Das Modul schließt mit einer mündlichen Prüfung
am Ende des Sommersemesters ab.
Übungen: Fr. 8-10 in U10-146
Material
PQ-Baum-Applet
Download
PQTree.jar
and run
java -jar PQTree.jar -g n
where
n
is the number of leaves for the initial PQ-Tree.
Select the elements which shall appear consecutively by mouse click and
Ctrl
or
shift
in the list on the left side of the window.
Then click
Reduce
to get the resulting tree.
Use
Reset
to get the initial tree again.
[Reference:
J. Harris. A Graphical Java Implementation of PQ-Trees.
http://www.jharris.ca/portfolio/academic.htm (last visited 09/20/2006),
April 2002. Carleton University.
Debugged by Roland Wittler, Bielefeld University.
]
Phylogenetic Footprinting
The Haskell skript
spp.lhs
by
Roland Wittler contains a simple but effective implementation of the
basic algorithm for the Substring Parsimony Problem.