Sequenzanalyse II Sommersemester 2008

Wir werden einerseits Themen, die aus der Grundvorlesung bekannt sind, vertiefen, z.B. effiziente Implementierungen von Suffixbäumen und Suffixarrays, Alignment mit linearem Platzbedarf (Hirshberg-Technik), wie hängt das optimale Alignment von der benutzten Scorefunktion ab (parametrisches Alignment), längennormalisiertes Alignment

Weiterhin betrachten wir neue Probleme und Modelle, z.B. Transkriptionsfaktorbindestellenvorhersage mit Hilfe von position weight matrices (PWMs), sowie die Modellierung von genomischen Signalen (wie CpG islands oder Genstrukturen) mit Hidden Markov Modellen (HMMs).

Wir werden uns auch vermehrt anwendungsorientierten Algorithmen zuwenden: Vergleich ganzer Genome, Finden von repeats, etc.

• Das Skript zur Vorlesung
• Prof. Volker Heun an der TU München hat auch eine gute Skriptsammlung.
• Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997.
• Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.

Wir bitten alle Studierende sich im ekvv fr Vorlesung und bungen zu registrieren. Dies erleichtert die Organisation der bungsgruppen erheblich.

• Algorithmen und Datenstrukturen I+II
• Sie können an der Prüfung teilnehmen, auch wenn Sie die Klausur von Sequenzanalyse I nicht bestanden haben. Der Stoff wird jedoch vorausgesetzt.
• ekvv-Registrierung Vorlesung
• ekvv-Registrierung Übung

• Die Klausur zu dieser Veranstaltung findet am 25. Juli 2008 zwischen 8:30 und 10:00 in Hörsaal 2 statt. Es wird um frühzeitiges Erscheinen bis 8:15 Uhr gebeten.
• Grundlage für die Klausur ist das Skript zur Vorlesung. Auch in der Vorlesung übersprungene, aber in den Übungen behandelte Abschnitte sind prüfungsrelevant.
• Für Studierende im 4. Semester BiG-Bachelor ist der erfolgreiche Abschluss des Moduls Algorithmen und Datenstrukturen Voraussetzung für die Teilnahme an der Klausur. Dies wird in der Woche vor der Klausur für alle im eKVV eingetragenen Teilnehmer überprüft. Deshalb ist es notwendig, sich für die Teilnahme an der Klausur dort zu registrieren.
• Die Übungen sind freiwillig, der Besuch wird jedoch dringend empfohlen!