Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.
In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.
Wir bitten alle Studierenden, die an der Vorlesung teilnehmen und an den Übungen teilnehmen wollen, sich im ekvv zu registrieren. Dies ermöglicht eine reibungslosere Bedarfsabschätzung für die Übungen.
Vorlesung + Übungen: | 392105 | Peter Husemann, Jens Stoye | Freitags 8:30 bis 10:00 Uhr in H11 | ekvv |
Termin | Tutor | Raum |
Di, 16-18 | Rolf Hilker | U10-146 |
Do, 14-16 | Samy Slaih | U10-146 |
Fr, 12-14 | Pina Krell | U10-146 |
Termin | Thema | Übungszettel | Abgabedatum |
17.10.2008 | Organisatorisches; Metriken auf Sequenzen | Blatt 1 | 31.10.2008 |
24.10.2008 | Keine Vorlesung | — | — |
31.10.2008 | Metriken auf Sequenzen | Blatt 2 | 7.11.2008 |
07.11.2008 | Edit Distanz | Blatt 3 | 14.11.2008 |
14.11.2008 | Effiziente Berechnung der Edit Distanz | Blatt 4 | 21.11.2008 |
21.11.2008 | q-gram Distanz | Blatt 5, (texts.zip) | 28.11.2008 |
27.11.2008 | Maximal Matches Distanz | Blatt 6 | 05.12.2008 |
05.12.2008 | Scores und Kosten | Blatt 7 | 12.12.2008 |
12.12.2008 | Alignments | Blatt 8 | 19.12.2008 |
19.12.2008 | Globales und Lokales Alignment | Blatt 9 | 09.01.2009 |
09.01.2009 | Alignments in der Praxis | Blatt 10 | 16.01.2009 |
16.01.2009 | Statistiken auf Sequenzen | Blatt 11 | 23.01.2009 |
23.01.2009 | FASTA Score, Suffix Trees | Blatt 12 | 30.01.2009 |
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