Praktikum: Bioinformatische Anwendungen in der Genomforschung

In Ergänzung zu den theoretischen Kenntnissen sollen die Studierenden die praktische Anwendung der bioinformatischen Methoden im Bereich der Genomforschung kennenlernen. Neben der Vermittlung von Kenntnissen über existierende Softwarewerkzeuge und Datenbanken sollen auch kleinere Eigenentwicklungen bis hin zu etwas größeren Projekten realisiert werden.

• Teilnahme an der Vorlesung Algorithmen in der Genomforschung
• Eintragung in eine Liste an der Pinnwand auf U10 (Gegenüber von U10-147), da nur begrenzt viele Rechnerplätze zur Verfügung stehen.

Neben einer regelmäßigen und aktiven Teilnahme wird auch erwartet, dass die erarbeiteten Ergebnisse präsentiert werden.

• Übungszettel
  • Die Übungen sollen in Gruppen von 2 oder 3 Personen gelöst werden.
  • Aufgaben die gemeinsam von der Gruppe gelöst werden können sind auf den Übungszetteln entsprechend markiert, alle übrigen Aufgaben sind von den Teilnehmern einzeln zu lösen.
  • Die Übungszettel sollen in der Regel während der Praktikumszeit bearbeitet werden.
  • Die Abgabe der Lösungen erfolgt pro Gruppe gesammelt an pschwien@cebitec.uni-bielefeld.de bis zum Ende der Woche (spätestens Sonntag 24:00 Uhr).
  • Die schriftlichen Lösungen werden als PDF-Datei an die Email angehängt. Sourcecodes werden gezipped (falls mehrere Daten vorhanden) oder einfach ebenfalls angehängt. Die Lösungsdateien sind durch Angabe des Teilnehmernames im Dateinamen kenntlich zu machen.

  Praktikumsablauf 
  * Zu Beginn jedes Praktikumstages stellt eine Gruppe die Ergebnisse vom letzten Übungszettel dem Kurs vor. Diskussion und Verbesserungsvorschläge können hier eingebracht werden. 
  * Das Thema des neuen Übungszettel wird dann von den Praktikumsleitern vorgestellt. 
  * Daraufhin werden die neuen Übungszettel ausgeteilt und die Gruppen können mit der Bearbeitung beginnen. 

  Daten 
  * Die Daten der Teilnehmer werden unter ''/vol/alggf/group_<Gruppennummer>/<Loginname>/'' abgelegt. 
  * Die PDF-Folien für die Perl Einführung liegen unter ''/vol/alggf/perl-course/''.  

  Gruppen 
  * Gruppe 1 
    * thoppe 
    * rreisch 
    * cbender 

    Gruppe 2 
    * bloewes 
    * afrischk 
    * ydyck 

    Gruppe 3 
    * rmadsack 
    * cernst 

    Gruppe 4 
    * atuoepfer 
    * cbrinkro 

    Gruppe 5 
    * rorlik 
    * mcivico 

    Gruppe 6 
    * mwilhelm 
    * rsteinfe 
    * sboerner