392177 | Husemann, Wittler | Sommersemester 2011 | Block 21.03.2011-01.04.2011 Werktags 10-18 Uhr in V6-116 | ekvv |
In Ergänzung zu den theoretischen Kenntnissen sollen die Studierenden die praktische Anwendung der bioinformatischen Methoden im Bereich der Genomforschung kennenlernen. Neben der Vermittlung von Kenntnissen über existierende Softwarewerkzeuge und Datenbanken sollen auch kleinere Eigenentwicklungen bis hin zu etwas größeren Projekten realisiert werden.
Neben einer regelmäßigen und aktiven Teilnahme wird auch erwartet, dass die erarbeiteten Ergebnisse präsentiert werden.
Datum | Thema |
Mo, 21.03.2011 | 1) Einführung: Organisatorisches; Unix, Perl |
Di, 22.03.2011 | 2) Sanger Sequencing and Assembly: phred phrap |
Mi, 23.03.2011 | 3) Next gen. sequencing: 454 / Illumina, Finishing with CONSED, primer design |
Do, 24.03.2011 | 4) Comparative assembly: r2cat |
Fr, 25.03.2011 | 5) Genome Rearrangement: Vorbereitung echter Daten für eine DCJ Distanz Berechnung |
Mo, 28.03.2011 | 6) Gene prediction with Glimmer, Critica and Gismo |
Di, 29.03.2011 | 7) Funktionsvorhersage: Blast, TMHMM, SignalP; Konsistenzcheck mit Pfam |
Mi, 30.03.2011 | 8) Funktionsvorhersage mit HMM: selber programmieren |
Do, 31.03.2011 | 9) Operonprädiktion |
Fr, 01.04.2011 | 10) Microarray Probe Design |