Klassische Lehrbücher der Bioinformatik

Während in den letzten Jahren eine große Menge an Lehrbüchern für die Bioinformatik erschienen ist, war deren Anzahl in den Anfangsjahren (bis ca. zum Jahr 2000) recht überschaubar. Dennoch sind viele der klassischen Bioinformatik-Themen wie Alignment, Phylogenie, HMMs, Assembly, Datenbanksuche oder RNA-Strukturvorhersage auch in den frühen Büchern schon sehr gut dargestellt und bis heute aktuell.

In diesem Seminar wollen wir einige der klassischen Lehrbücher der Bioinformatik genauer betrachten. Augenmerk soll auf der Auswahl und Darstellung der Themen liegen, auch im Vergleich zwischen den verschiedenen Büchern.

Am ersten Termin, werden die Themen vergeben. Außerdem geben wir, die Veranstalter, eine Einführung zu den Themen “Schreiben einer Hausarbeit” und “Vorbereiten und Halten eines Vortrags”. Im weiteren Verlauf des Seminars stellt jeder Teilnehmer ein Lehrbuch vor, wobei folgende Schwerpunkte beachtet werden sollen:

• Vorstellung des Autors bzw. der Autoren
• Inhaltliche Einordnung des Buchs, Themenschwerpunkt(e)
• Wofür ist das Buch “berühmt”?
• Handelt es sich wirklich um ein Lehrbuch, oder eher um eine Monographie oder ein Nachschlagewerk?
• Detaillierte Vorstellung eines Kapitels

Die Veranstalter besprechen Details über das Buch (und den Vortrag) mit dem vorstellenden Teilnehmer im Vorfeld.

Jeder Teilnehmer wird einen etwa 45-minütigen Vortrag halten. Zwei Wochen später ist die Abgabe einer etwa 10-seitigen Ausarbeitung fällig. Diese wird von den Veranstaltern korrektur gelesen und anschließend besprochen. Eine Woche später ist die korrigierte, finale Abgabe fällig.

Für die Ausarbeitung muss die folgende LaTeX-Vorlage verwendet werden. Diese wird im Seminar zuvor vorgestellt und die Veranstalter geben gerne Hilfestellungen für LaTeX-Anfänger. Nach Abschluss des Seminars werden alle Ausarbeitungen zu einem Reader zusammengefasst und an alle Teilnehmer verteilt.

• kommentierte TeX-Vorlage
• TeX-Vorlage als fertiges PDF

Sowohl der Vortrag als auch die Ausarbeitung können entweder auf Deutsch oder Englisch gehalten bzw. verfasst werden.

• Sankoff/Kruskal (1983): Time Warps, String Edits, and Macromolecules - The Theory and Practice of Sequence Comparison.
• Waterman (1995): Introduction to Computational Biology - Maps, sequences and genomes.
• Hillis/Moritz/Mable (1996): Molecular Systematics - Part 3: Analysis.
• Gusfield (1997): Algorithms on Strings, Trees, and Sequences - Computer Science and Computational Biology.
• Setubal/Meidanis (1997): Introduction to Computational Molecular Biology.
• Durbin/Eddy/Krogh/Mitchison (1998): Biological Sequence Analysis - Probabilistic models of proteins and nucleic acids.
• Baldi/Brunak (1998): Bioinformatics - The Machine Learning Approach.
• Baxevanis/Ouellette (1998): Bioinformatics - A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins.
• Page/Holmes (1998): Molecular Evolution - A Phylogenetic Approach.
• Mount (2000): Bioinformatics - Sequence and Genome Analysis.
• Pevzner (2000): Computational Molecular Biology - An Algorithmic Approach.
• Felsenstein (2004): Inferring Phylogenies.