Phylogenetik

Dr. Roland Wittler
Vorlesung: Montags, 14.15-15.45 Uhr in U10-146\\
Sprechstunde: Donnerstags, 14-15 Uhr und nach Absprache
Büro: U10-145 \\
Übungen: Britta Niemann
Koordination der Übungen: Kai Stadermann, Roland Wittler

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein:

• Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
• Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
• Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
• Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
• Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

• J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
• R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
• D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
• D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
• M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.

NCBI Taxonomy - Common Tree
Interactive Tree of Life
Online NEWICK Tree drawing tool
Splitstree (licensed but free)
Mobyle portal, a portal for bioinformatics analyses
Gemeinsamer Speicherplatz

Das Vorlesungsskript ist nicht mehr verlinkt. Bitte beim Veranstalter fragen…

Montag, 10.2.2014, 14-16 Uhr in H6

Mündliche Prüfungen werden voraussichtlich am Mittwoch, den 2.4.2014 stattfinden.

Auszug aus dem Modulhandbuch: “Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50%) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung. […] Abschlussklausur oder abschließende mündliche Prüfung beziehen sich auf den Stoff der Vorlesung und der Übungen.”

Koordination der Übungen: Kai Stadermann, Roland Wittler \\
Die Tutorien beginnen ab der zweiten Semesterwoche, also ab dem 22.10. \\

* Bestehensgrenze 50% (siehe “Klausur”)

• Abgabe zu Beginn der Vorlesung oder vorab bei der Tutorin, beim Tutor oder beim Veranstalter.
• keine Gruppenabgaben

• Ribosomal protein S12
• Ribosomal protein S7
• Ribosomal protein L11
• Ribosomal protein L1
• Ribosomal protein L3
• Ribosomal protein L22
• Ribosomal protein S3
• Ribosomal protein L16/L10E
• Ribosomal protein S17
• Ribosomal protein L14
• Ribosomal protein L5
• Ribosomal protein S8
• Ribosomal protein L6P/L9E
• Ribosomal protein L18
• Ribosomal protein S5
• Ribosomal protein L15
• Preprotein translocase subunit SecY
• Ribosomal protein S13
• Ribosomal protein S11
• Ribosomal protein S4 and related proteins
• DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit/40 kD subunit
• Ribosomal protein L13
• Ribosomal protein S2
• Seryl-tRNA synthetase
• Leucyl-tRNA synthetase
• Predicted GTPase, probable translation factor
• Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit
• Ribosomal protein S9
• Ribosomal protein S15P/S13E
• Metal-dependent proteases with possible chaperone activity
• Valyl-tRNA synthetase

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