Phylogenetik

Dr. Roland Wittler, Prof. Dr. Jens Stoye
Vorlesung: Donnerstag, 10.15-11.45 Uhr in U10-146
Sprechstunde: nach Vereinbarung
Büro: U10-145, U10-147
Übungen: Siehe unten.

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein:

• Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
• Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
• Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
• Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
• Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

• J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
• R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
• D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
• D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
• M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.

NCBI Taxonomy - Common Tree
Interactive Tree of Life
Online NEWICK Tree drawing tool
Splitstree (licensed but free)
Mobyle portal, a portal for bioinformatics analyses

Vorlesungsskript (Wird in der Vorlesung ausgegeben.)

Auszug aus dem Modulhandbuch: “Portfolio aus Übungsaufgaben, die veranstaltungsbegleitend […] und Abschlussklausur (90 min) oder mündlicher Abschlussprüfung (15-25 min). Die Übungsaufgaben ergänzen und vertiefen den Inhalt der Vorlesung. Mitarbeit in den Übungsgruppen (Zweimaliges Vorrechnen von Übungsaufgaben nach Aufforderung). […] Nachweis einer ausreichenden Zahl korrekt gelöster Übungsaufgaben (in der Regel 50% der im Semester für das Lösen der Aufgaben erzielbaren Punkte). Die Abschlussprüfung bezieht sich auf den Inhalt der Vorlesung und der Übung und dient der Bewertung.”

In der letzten Woche vor der vorlesungsfreien Zeit, also dem 1.2., 10-12 Uhr, in Hörsaal H12.

Koordination und Durchführung der Übungen: Tizian Schulz

Das Tutorium beginnt ab der dritten Semesterwoche immer mittwochs 16-18 Uhr in U10-146.

• Bestehensgrenze 50% (siehe “Klausur”)
• Abgabe zu Beginn der Vorlesung oder vorab bei der Tutorin, beim Tutor oder beim Veranstalter.
• keine Gruppenabgaben

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