In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.
Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden.
Zum Erstellen des Protokolls kann (muss aber nicht!) folgende LaTeX Vorlage verwendet werden: ProtokollVorlage.zip. Ein beispielhaftes Musterprotokoll findet sich hier.
Dienstag bzw. Mittwoch:
| Datum | Thema | Ansprechpartner | Vortragende dienstags | Vortragende mittwochs | Zusätzliches Material |
|---|---|---|---|---|---|
| 08./09.10. | 1. Anzahl Alignments | Roland | Organisatorisches und Hinweise zum wissenschaftlichen Schreiben | ||
| 15./16.10. | Besprechung Blatt 1 & Wissenschaftliches Schreiben (nur vormittags) | s.o. | |||
| 22./23.10. | – (weder vor- noch nachmittags) | ||||
| 29./30.10. | 2. BWT in der Praxis | Roland | Rebecca | Julia und Fabian | |
| 05./06.11. | 3. Q-Gramme und de Bruijn-Graphen | Tizian | Ivan | Lukas | |
| 12./13.11. | 4. Indexstrukturen | Roland | Jana | Leonie | |
| 19./20.11. | 5. Datenformate (a) und Datenbanksuche mit BLAST (b) | Tizian | Dominik (a) und Anna (b) | Mila (a) und Tizian (b) | |
| 26./27.11. | 6. Score-Matrizen | Roland | Roland | Matthias | |
| 03./04.12. | 7. Alignment-Statistik | Tizian | Aya | Franzi | |
| 10./11.12. | 8. Strukturelle Variationen | Roland | Isabel | Ole | |
| 17./18.12. | 9. Differentielle Expression | Tizian | Leane | Enna | |
| 24./25.12. | – | ||||
| 31.12./01.01. | – | ||||
| 07./08.01. | 10. Multiples Alignment | Tizian | Huyen | Marco | |
| 14./15.01. | 11. Genombrowser und Genomalignment | Tizian | Pauline | Luna | |
| 21./22.01. | 12. Phylogenetische Analyse | Roland | Ann-Cathrin | Claudia | |
| 28./29.01. | 13. RNA-Faltung | Roland | N.N. | Presian | |
Lösungen der Übungsaufgaben schicken an: praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE
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