Phylogenetik

Dr. Roland Wittler
Vorlesung: Montag, 10.15-11.45 Uhr
Übungen: Freitag, 13.15-14.45 Uhr (eine Stunde vorverlegt)

Corona-Version:
Online (live) mit digitalem Whiteboard in Kombination mit Skript. Dazu wird das Tool Zoom verwendet. Für die Teilnahme wird kein eigener Zoom-Account benötigt. Es muss aber eine Software installiert werden. Details zur Einwahl finden sich im Lernraum.

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik und umfasst ein großes Repertoire an algorithmischen Problemstellungen und Lösungstechniken. In dieser Vorlesung werden traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Dabei liegt ein klarer Schwerpunkt auf der algorithmischen Problembehandlung, welche über die Phylogenetik hinaus Anwendung finden:

• Graphentheorie
• Dynamische Programmierung
• Komplexitätsanaylse
• Clusteringverfahren
• Maximum Likelihood

Themen werden u.a. sein:

• Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
• Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
• Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
• Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
• Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

Siehe Lernraum.

• J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
• R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
• D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
• D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
• M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.

NCBI Taxonomy - Common Tree
Interactive Tree of Life
Online NEWICK Tree drawing tool
Splitstree
Mobyle portal, a portal for bioinformatics analyses

Auszug aus dem Modulhandbuch: “Portfolio aus Übungsaufgaben, die veranstaltungsbegleitend […] und Abschlussklausur (90 min) oder mündlicher Abschlussprüfung (15-25 min). Die Übungsaufgaben ergänzen und vertiefen den Inhalt der Vorlesung. Mitarbeit in den Übungsgruppen (Zweimaliges Vorrechnen von Übungsaufgaben nach Aufforderung). […] Nachweis einer ausreichenden Zahl korrekt gelöster Übungsaufgaben (in der Regel 50% der im Semester für das Lösen der Aufgaben erzielbaren Punkte). Die Abschlussprüfung bezieht sich auf den Inhalt der Vorlesung und der Übung und dient der Bewertung.”

Mündliche Prüfungen am Ende des Semesters. Termin wird noch bekannt gegeben. Termine für zweite Versuche nach Vereinbarung.

Das Tutorium beginnt ab 24.04. 13 Uhr c.t. via Zoom (Details siehe Lernraum)

• Übungszettel werden im Lernraum bereitgestellt
• Abgabe über Lernraum bis Donnerstagabend
• Besprechung in derselben Woche freitags
• keine Gruppenabgaben
• Bestehensgrenze 50% (siehe “Prüfung”)

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