392041 Implementieren von Algorithmen (Ü) (SoSe 2021):
Jeder Teilnehmer implementiert einen (einfachen) Algorithmus in einer Programmiersprache seiner Wahl und stellt diesen an einem der wöchentlichen Termine vor. Die Themen werden individuell verteilt. Der Quellcode und einige Testdaten (falls zutreffend) müssen den Organisatoren vor der Präsentation zugesandt werden.

WiSe 2020/2021 & SoSe 2021:

• Hierholzer-Algorithmus zum Finden von Eulerkreisen in Graphen
• Gotoh-Algorithmus für pairwise Alignments mit affinen Gapkosten
• Burrows-Wheeler-Transformation (mit linearem Speicher)
• Knuth-Morris-Pratt- und Boyer-Moore-Algorithmus im Vergleich
• Center-Star-Approximation für Multiple/Sum-of-Pairs-Alignments
• Sellers-Algorithmus für approximative semi-globale Alignments
• RSA-Verschlüsselungs- und MD5-Hashing-Algorithmus
• Waterman-Eggert-Algorithmus für subobtimale lokale Alignments
• Benchmarking von verschiedenen Sortierverfahren
• Manber-Myers-Algorithmus zur Konstruktion von Suffix-Arrays
• Sankoff-Algorithmus für das Small Parsimony Problem
• Prim-Algorithmus für minimale Spannbäume in Graphen
• Kruskal-Algorithmus für minimale Spannbäume in Graphen
• Bellman-Ford-Algorithmus für kürzeste Pfade in Graphen
• Neighbor-Joining-Algorithmus für hierarchisches Clustering

WiSe 2019/2020 & SoSe 2020:

• Profile Hidden Markov Models
• Fitch-Algorithmus für Small Parsimony
• Nussinov-Algorithmus

WiSe 2018/2019 & SoSe 2019:

• Extracting splits from a colored compacted de-Bruijn graph
• Konstruktion von Suffixbäumen mit WOTD
• Hirschberg-Algorithmus in Haskell
• Double Cut and Join (DCJ) Distance
• Agglomerative Clustering

WiSe 2017/2018 & SoSe 2018:

• Progressives Alignment
• Additive tree construction á la Waterman
• Finding MUMs and MEMs using Suffix Trees
• Perfect Phylogeny
• The Money Changing Problem