Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.
In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.
Achtung: Die Veranstaltung findet live per Videokonferenz statt. Informationen hierzu werden kurz vor Beginn am 13.4.2020 an alle eingetragenen Teilnehmer*innen verschickt.
Abgabeschluss der wöchentlichen Übungsaufgaben ist jeweils Donnerstag 12:00 Uhr. Gleichzeitig wird ein neuer Übungszettel auf dieser Seite veröffentlicht werden. Abgaben müssen direkt per E-mail an die jeweilige Tutorin geschickt werden.
Termin | Tutorin | eKVV |
| | |
Dienstag 16-18 Uhr | Rebecca K. Pfeil | Online-Tutorium 2 |
Mittwoch 16-18 Uhr | Leonie Brockmann | Online-Tutorium 3 |
Woche | Datum | Thema | Abschnitt im Skript | Übungszettel |
15 | 13./ | Di: Einleitung, Logistik Do: – | 1 – | – |
16 | 20./22.04.2021 | Di: Grundlagen Do: Def. Metriken auf Sequenzen | 2 3.1-3.5 | Blatt 01 |
17 | 27./29.04.2021 | Di: Berechnung der Edit-Distanz Do: Die q-gram-Distanz | 3.6 3.7 | Blatt 02 |
18 | 04./ | Di: Die Maximal-Matches-Distanz, Filtern Do: – | 3.8, 3.9 – | Blatt 03 |
19 | 11./ | Di: Def. paarweises Alignment, Alignment-Score Do: – | 4.1, 4.2 – | Blatt 04 |
20 | 18./20.05.2021 | Di: Alignment-Graph und universeller Algorithmus Do: Alignment-Typen, Gapkosten | 4.3, 4.4 4.5, 4.6 | Blatt 05 |
21 | 25./27.05.2021 | Di: Fortgeschrittene Alignment-Themen I Do: Fortgeschrittene Alignment-Themen II | 5.1, 5.2 5.3, 5.4 | Blatt 06 |
22 | 01./ | Di: Paarweises Alignment in der Praxis Do: – | 6 – | Blatt 07 |
23 | 08./ | Di: Def. Suffixbäume, WOTD-Algorithmus Do: – | 7.1-7.6 – | Blatt 08 |
24 | 15./ | Di: Anwendungen von Suffixbäumen Do: – | 7.7 – | Blatt 09 |
25 | 22./24.06.2021 | Di: Suffixarrays Do: Burrows-Wheeler-Transformation | 8 9 | Blatt 10 |
26 | 29.06./01.07.2021 | Di: Def. Multiples Alignment Do: NP-Vollständigkeit | 10.1-10.4 10.5 | Blatt 11 |
27 | | Di: – Do: Exakte Algorithmen für SP-Alignment | – 11.1-11.3 | Blatt 12 |
28 | 13./15.07.2021 | Di: Heuristiken für SP-Alignment Do: Baumalignment, Genomalignment | 11.4, 11.5 12, 13 | – |
29 | 20./22.07.2021 | Di: ggf. Wiederholung Do: Klausur | – – | – |