Phylogenetik

Dr. Roland Wittler
Vorlesung: donnerstags, 10.15-11.45 Uhr, U10-146
Übungen: donnerstags, 9.00-10.15 Uhr, U10-146
mündliche Prüfungen am Ende des Semesters

Hier wird ein PDF des Vorlesungsskripts, Übungsaufgaben und ggf. zusätzliches Material bereitgestellt:

Link zum Lernraum

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik und umfasst ein großes Repertoire an algorithmischen Problemstellungen und Lösungstechniken. In dieser Vorlesung werden traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Dabei liegt ein klarer Schwerpunkt auf der algorithmischen Problembehandlung, welche über die Phylogenetik hinaus Anwendung finden:

• Graphentheorie
• Dynamische Programmierung
• Komplexitätsanalyse
• Clusteringverfahren
• Maximum Likelihood

Themen werden u.a. sein:

• Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
• Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
• Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
• Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
• Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

Siehe Lernraum.

• J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
• R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
• D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
• D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
• M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.

NCBI Taxonomy - Common Tree
Interactive Tree of Life
Online Tree drawing tool on NCBI
Online Tree drawing tool Iroki
Splitstree
Mobyle portal, a portal for bioinformatics analyses

Auszug aus dem Modulhandbuch: “Portfolio aus Übungsaufgaben, die veranstaltungsbegleitend […] und Abschlussklausur (90 min) oder mündlicher Abschlussprüfung (15-25 min). Die Übungsaufgaben ergänzen und vertiefen den Inhalt der Vorlesung. Mitarbeit in den Übungsgruppen (Zweimaliges Vorrechnen von Übungsaufgaben nach Aufforderung). […] Nachweis einer ausreichenden Zahl korrekt gelöster Übungsaufgaben (in der Regel 50% der im Semester für das Lösen der Aufgaben erzielbaren Punkte). Die Abschlussprüfung bezieht sich auf den Inhalt der Vorlesung und der Übung und dient der Bewertung.”

Mündl. Prüfungen am Ende des Semesters. Termine nach Absprache.

Das Tutorium beginnt in der zweiten Vorlesungswoche.

• Übungszettel werden im Lernraum bereitgestellt
• Abgabe über Lernraum oder in Papierform bis zum Tutorium in der Folgewoche
• Besprechung in der Folgewoche
• keine Gruppenabgaben
• Bestehensgrenze 50% (siehe “Prüfungsleistung”)

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