Übung: 392012 | Di. 10-14 | Leonard Bohnenkämper und Roland Wittler (Tutor: Lennart Finke) | ekvv |
In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.
Unvollständige Erstabgaben und inhaltliche Fehler in der Zweitabgabe führen zu einer “gelben Karte”. Nicht erfolgte Abgaben, unvollständige oder anderweitig inakzeptable Zweitabgaben führen zu einer “roten Karte”. Zwei gelbe Karten zählen wie eine rote Karte. Es dürfen maximal drei rote (bzw. zwei rote und zwei gelbe, eine rote und vier gelbe oder sechs gelbe) Karten gesammelt werden. (Bitte nicht einschüchtern lassen. Dieses Vorgehen soll nur als “Notbremse” dienen.)
Zum Erstellen des Protokolls kann (muss aber nicht!) folgende LaTeX Vorlage verwendet werden: ProtokollVorlage.zip. Ein beispielhaftes Musterprotokoll findet sich hier.
Vorbesprechung am Dienstag, 26.09.
Dienstag:
Diese Aufgaben dienen eurer Vorbereitung und erleichtern euch den Einstieg ins Praktikum. Nutzt die verbleibende Zeit und löst diese Aufgaben. Die Lösungen werden in späteren Aufgaben wiederverwendet / modifiziert / weiter ausgebaut.
Wir besprechen die Lösungen im Vorbereitungstreffen am 26.09. Eine vorige Abgabe ist nicht erforderlich.
Schreibt ein kleines Programm (Programmierspache eurer Wahl), das von der Kommandozeile aus aufgerufen werden kann, eine Multiple-FASTA-Datei einliest (Dateiname als Argument ans Programm übergeben), und die Längen (sonst nichts) der enthaltenen Sequenzen auf der Konsole ausgibt.
Beispiel-Ausgabe:
711 284 364 429 151
Überprüft, ob eine Multiple-FASTA-Datei Sequenz-Bezeichner enthält, die mehrfach vorkommen. Verwendet hierzu Kommandozeilen-Tools wiegrep
,sort
unduniq
, welche ihr entsprechend mittels Pipes (|
) verbindet, so dass ein einziger Aufruf entsteht.
Beispiel-Ausgabe:
2 > Sequenz_B
Oder zumindest:
2 > Sequenz_B 1 > Sequenz_A 1 > Sequenz_C 1 > Sequenz_D
Datum | Thema | Ansprechpartner | Vortragende*r | Zusätzliches Material |
---|---|---|---|---|
26.09. | Vorbesprechung in V6-116 | Einstiegsaufgaben (s.o.) | ||
10.10. | Themenvergabe, 1. Anzahl Alignments | Roland | Roland | Orga-Slides |
17.10. | Besprechung 1. Zettel, Hinweise zu Vorträgen und Ausarbeitungen | Roland/Leonard | Hinweise zu Vorträgen und Ausarbeitungen | |
24.10. | 2. Q-gramme und de Bruijn-Graphen | Leonard | Elif (& Nicola) | |
31.10. | 3. Indexstrukturen | Roland | Swetlana & Evelin | |
07.11. | 4. Multiples Alignment | Leonard | Liliana & Max | |
14.11. | 5. Phylogenetische Analyse | Roland | Nils & Igor | |
21.11. | 6. BWT in der Praxis | Roland | Hauke & Lasse | |
28.11. | 7. Strukturelle Variationen | Roland | Daniel & Wiktoria | |
05.12. | 8. Differentielle Expression | Leonard | Kathrin | |
12.12. | 9. Score-Matrizen | Roland | Judith | |
19.12. | 10. Datenformate und Datenbanksuche mit BLAST | Leonard | Alena | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html |
– Weihnachtspause – | ||||
09.01. | 11. Alignment-Statistik | Leonard | Jonas | |
16.01. | 12. Genombrowser und Genomalignment | Leonard | Julian & Leopold | |
23.01. | 13. RNA-Faltung | Roland | Florian | |
30.01. | – |
Back to Teaching