Phylogenetik

Dr. Roland Wittler, Leonard Bohnenkämper
Vorlesung (Wittler): donnerstags, 10.15-11.45 Uhr, U10-146
Übungen (Wittler, Bohnenkämper): donnerstags, ab 9:00 Uhr, U10-146
Klausur: t.b.a.

Hier wird ein PDF des Vorlesungsskripts, Übungsaufgaben und ggf. zusätzliches Material bereitgestellt:

Link zum Lernraum

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik und umfasst ein großes Repertoire an algorithmischen Problemstellungen und Lösungstechniken. In dieser Vorlesung werden traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Dabei liegt ein klarer Schwerpunkt auf der algorithmischen Problembehandlung, welche über die Phylogenetik hinaus Anwendung finden:

• Graphentheorie
• Dynamische Programmierung
• Komplexitätsanalyse
• Clusteringverfahren
• Maximum Likelihood

Themen werden u.a. sein:

• Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
• Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
• Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
• Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
• Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

Siehe Lernraum.

• J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
• R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
• D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
• D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
• M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.

NCBI Taxonomy - Common Tree
Interactive Tree of Life
Online Tree drawing tool on NCBI
Online Tree drawing tool Iroki
Splitstree
Mobyle portal, a portal for bioinformatics analyses

Auszug aus dem Modulhandbuch: “Portfolio von Übungen zu Inhalten der … Vorlesung …: Übungsaufgaben oder Programmieraufgaben, die veranstaltungsbezogen gestellt werden (Bestehensgrenze 50% der erzielbaren Punkte). Die Kontrolle der Übungsaufgaben umfasst auch direkte Fragen zu den Lösungsansätzen, die von den Studierenden in den Übungen beantwortet werden müssen. Der*die Lehrende kann ein individuelles Erläutern und Vorführen von Aufgaben verlangen … Abschlussklausur (im Umfang von 90-180 Minuten) oder mündliche Abschlussprüfung (im Umfang von 20-40 Minuten) zu den in der Vorlesung vermittelten und in den Übungen erarbeiteten Inhalten.”

t.b.a.

Das Tutorium beginnt in der zweiten Vorlesungswoche.

• Übungszettel werden im Lernraum bereitgestellt
• Abgabe über Lernraum oder in Papierform bis zum Tutorium in der Folgewoche
• Besprechung in der Folgewoche
• keine Gruppenabgaben
• Bestehensgrenze 50% (siehe “Prüfungsleistung”)

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