Matrix f_ij: | A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- A | 66984 50836 6942 4080 16489 99538 2350 47441 1125 40843 8279 766 4482 1344 7366 84157 7661 16106 1185 2002 C | 50836 14612 2336 1574 30137 6668 903 27107 491 6955 1664 167 2776 308 3045 28538 2977 6736 66 3572 D | 6942 2336 66029 41886 94 6231 5261 1030 140 1563 36 455 165 84 10264 68869 7817 890 84 515 E | 4080 1574 41886 9272 239 19716 3533 1696 2415 17474 771 349 64 1449 7206 23395 6024 1632 101 2092 F | 16489 30137 94 239 182153 14293 326 25107 177 124209 17975 896 934 1603 403 3190 3037 12601 6893 29251 G | 99538 6668 6231 19716 14293 634762 1183 23414 6 25080 11926 3426 3727 406 2344 27431 5649 15689 354 1955 H | 2350 903 5261 3533 326 1183 735 721 875 6906 383 114 79 553 4806 7960 2656 603 70 848 I | 47441 27107 1030 1696 25107 23414 721 41001 750 85702 12315 652 4594 1246 1548 5247 4660 31616 1400 2072 K | 1125 491 140 2415 177 6 875 750 595 9157 331 115 0 735 1610 458 1691 756 37 981 L | 40843 6955 1563 17474 124209 25080 6906 85702 9157 188123 37577 5084 2039 8400 12797 9912 21312 54772 8621 9351 M | 8279 1664 36 771 17975 11926 383 12315 331 37577 3914 306 842 1295 512 1443 2143 5835 1340 479 N | 766 167 455 349 896 3426 114 652 115 5084 306 55 10 77 265 740 357 700 32 99 P | 4482 2776 165 64 934 3727 79 4594 0 2039 842 10 249 112 260 830 375 1141 66 46 Q | 1344 308 84 1449 1603 406 553 1246 735 8400 1295 77 112 301 980 441 1246 798 133 588 R | 7366 3045 10264 7206 403 2344 4806 1548 1610 12797 512 265 260 980 8910 28839 8024 1167 180 1924 S | 84157 28538 68869 23395 3190 27431 7960 5247 458 9912 1443 740 830 441 28839 62763 14025 2833 339 1667 T | 7661 2977 7817 6024 3037 5649 2656 4660 1691 21312 2143 357 375 1246 8024 14025 2458 2768 252 1610 V | 16106 6736 890 1632 12601 15689 603 31616 756 54772 5835 700 1141 798 1167 2833 2768 7474 579 1270 W | 1185 66 84 101 6893 354 70 1400 37 8621 1340 32 66 133 180 339 252 579 282 104 Y | 2002 3572 515 2092 29251 1955 848 2072 981 9351 479 99 46 588 1924 1667 1610 1270 104 1787 Matrix q_ij: | A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- A | 0.0233257 0.0177025 0.0024174 0.0014208 0.0057419 0.0346619 0.0008183 0.0165203 0.0003918 0.0142227 0.0028830 0.0002667 0.0015608 0.0004680 0.0025650 0.0293058 0.0026678 0.0056086 0.0004127 0.0006972 C | 0.0177025 0.0050883 0.0008135 0.0005481 0.0104946 0.0023220 0.0003145 0.0094394 0.0001710 0.0024219 0.0005795 0.0000582 0.0009667 0.0001073 0.0010604 0.0099377 0.0010367 0.0023457 0.0000230 0.0012439 D | 0.0024174 0.0008135 0.0229932 0.0145859 0.0000327 0.0021698 0.0018320 0.0003587 0.0000488 0.0005443 0.0000125 0.0001584 0.0000575 0.0000293 0.0035742 0.0239821 0.0027221 0.0003099 0.0000293 0.0001793 E | 0.0014208 0.0005481 0.0145859 0.0032288 0.0000832 0.0068657 0.0012303 0.0005906 0.0008410 0.0060849 0.0002685 0.0001215 0.0000223 0.0005046 0.0025093 0.0081468 0.0020977 0.0005683 0.0000352 0.0007285 F | 0.0057419 0.0104946 0.0000327 0.0000832 0.0634308 0.0049772 0.0001135 0.0087430 0.0000616 0.0432531 0.0062594 0.0003120 0.0003252 0.0005582 0.0001403 0.0011108 0.0010576 0.0043880 0.0024003 0.0101860 G | 0.0346619 0.0023220 0.0021698 0.0068657 0.0049772 0.2210420 0.0004120 0.0081534 0.0000021 0.0087336 0.0041530 0.0011930 0.0012978 0.0001414 0.0008162 0.0095522 0.0019671 0.0054634 0.0001233 0.0006808 H | 0.0008183 0.0003145 0.0018320 0.0012303 0.0001135 0.0004120 0.0002559 0.0002511 0.0003047 0.0024049 0.0001334 0.0000397 0.0000275 0.0001926 0.0016736 0.0027719 0.0009249 0.0002100 0.0000244 0.0002953 I | 0.0165203 0.0094394 0.0003587 0.0005906 0.0087430 0.0081534 0.0002511 0.0142777 0.0002612 0.0298439 0.0042884 0.0002270 0.0015998 0.0004339 0.0005391 0.0018272 0.0016227 0.0110096 0.0004875 0.0007215 K | 0.0003918 0.0001710 0.0000488 0.0008410 0.0000616 0.0000021 0.0003047 0.0002612 0.0002072 0.0031887 0.0001153 0.0000400 0.0000000 0.0002559 0.0005606 0.0001595 0.0005889 0.0002633 0.0000129 0.0003416 L | 0.0142227 0.0024219 0.0005443 0.0060849 0.0432531 0.0087336 0.0024049 0.0298439 0.0031887 0.0655097 0.0130854 0.0017704 0.0007100 0.0029251 0.0044563 0.0034516 0.0074214 0.0190732 0.0030021 0.0032563 M | 0.0028830 0.0005795 0.0000125 0.0002685 0.0062594 0.0041530 0.0001334 0.0042884 0.0001153 0.0130854 0.0013630 0.0001066 0.0002932 0.0004510 0.0001783 0.0005025 0.0007463 0.0020319 0.0004666 0.0001668 N | 0.0002667 0.0000582 0.0001584 0.0001215 0.0003120 0.0011930 0.0000397 0.0002270 0.0000400 0.0017704 0.0001066 0.0000192 0.0000035 0.0000268 0.0000923 0.0002577 0.0001243 0.0002438 0.0000111 0.0000345 P | 0.0015608 0.0009667 0.0000575 0.0000223 0.0003252 0.0012978 0.0000275 0.0015998 0.0000000 0.0007100 0.0002932 0.0000035 0.0000867 0.0000390 0.0000905 0.0002890 0.0001306 0.0003973 0.0000230 0.0000160 Q | 0.0004680 0.0001073 0.0000293 0.0005046 0.0005582 0.0001414 0.0001926 0.0004339 0.0002559 0.0029251 0.0004510 0.0000268 0.0000390 0.0001048 0.0003413 0.0001536 0.0004339 0.0002779 0.0000463 0.0002048 R | 0.0025650 0.0010604 0.0035742 0.0025093 0.0001403 0.0008162 0.0016736 0.0005391 0.0005606 0.0044563 0.0001783 0.0000923 0.0000905 0.0003413 0.0031027 0.0100426 0.0027942 0.0004064 0.0000627 0.0006700 S | 0.0293058 0.0099377 0.0239821 0.0081468 0.0011108 0.0095522 0.0027719 0.0018272 0.0001595 0.0034516 0.0005025 0.0002577 0.0002890 0.0001536 0.0100426 0.0218558 0.0048839 0.0009865 0.0001180 0.0005805 T | 0.0026678 0.0010367 0.0027221 0.0020977 0.0010576 0.0019671 0.0009249 0.0016227 0.0005889 0.0074214 0.0007463 0.0001243 0.0001306 0.0004339 0.0027942 0.0048839 0.0008559 0.0009639 0.0000878 0.0005606 V | 0.0056086 0.0023457 0.0003099 0.0005683 0.0043880 0.0054634 0.0002100 0.0110096 0.0002633 0.0190732 0.0020319 0.0002438 0.0003973 0.0002779 0.0004064 0.0009865 0.0009639 0.0026027 0.0002016 0.0004422 W | 0.0004127 0.0000230 0.0000293 0.0000352 0.0024003 0.0001233 0.0000244 0.0004875 0.0000129 0.0030021 0.0004666 0.0000111 0.0000230 0.0000463 0.0000627 0.0001180 0.0000878 0.0002016 0.0000982 0.0000362 Y | 0.0006972 0.0012439 0.0001793 0.0007285 0.0101860 0.0006808 0.0002953 0.0007215 0.0003416 0.0032563 0.0001668 0.0000345 0.0000160 0.0002048 0.0006700 0.0005805 0.0005606 0.0004422 0.0000362 0.0006223 Array p_i: | A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | 0.0934923 0.0358814 0.0499220 0.0268554 0.1135503 0.2678850 0.0072431 0.0627368 0.0040116 0.1504346 0.0197236 0.0025630 0.0040116 0.0039002 0.0193893 0.0758859 0.0172721 0.0301984 0.0039002 0.0111433 Matrix e_ij: | A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- A | 0.0087408 0.0067093 0.0093346 0.0050215 0.0212322 0.0500904 0.0013544 0.0117308 0.0007501 0.0281290 0.0036880 0.0004792 0.0007501 0.0007293 0.0036255 0.0141895 0.0032296 0.0056466 0.0007293 0.0020836 C | 0.0067093 0.0012875 0.0035825 0.0019272 0.0081487 0.0192242 0.0005198 0.0045022 0.0002879 0.0107956 0.0014154 0.0001839 0.0002879 0.0002799 0.0013914 0.0054458 0.0012395 0.0021671 0.0002799 0.0007997 D | 0.0093346 0.0035825 0.0024922 0.0026813 0.0113373 0.0267467 0.0007232 0.0062639 0.0004005 0.0150200 0.0019693 0.0002559 0.0004005 0.0003894 0.0019359 0.0075768 0.0017245 0.0030151 0.0003894 0.0011126 E | 0.0050215 0.0019272 0.0026813 0.0007212 0.0060989 0.0143883 0.0003890 0.0033696 0.0002155 0.0080800 0.0010594 0.0001377 0.0002155 0.0002095 0.0010414 0.0040759 0.0009277 0.0016220 0.0002095 0.0005985 F | 0.0212322 0.0081487 0.0113373 0.0060989 0.0128937 0.0608368 0.0016449 0.0142476 0.0009110 0.0341638 0.0044793 0.0005820 0.0009110 0.0008857 0.0044033 0.0172337 0.0039225 0.0068581 0.0008857 0.0025306 G | 0.0500904 0.0192242 0.0267467 0.0143883 0.0608368 0.0717624 0.0038807 0.0336125 0.0021493 0.0805983 0.0105673 0.0013732 0.0021493 0.0020896 0.0103882 0.0406574 0.0092539 0.0161794 0.0020896 0.0059702 H | 0.0013544 0.0005198 0.0007232 0.0003890 0.0016449 0.0038807 0.0000525 0.0009088 0.0000581 0.0021792 0.0002857 0.0000371 0.0000581 0.0000565 0.0002809 0.0010993 0.0002502 0.0004375 0.0000565 0.0001614 I | 0.0117308 0.0045022 0.0062639 0.0033696 0.0142476 0.0336125 0.0009088 0.0039359 0.0005033 0.0188756 0.0024748 0.0003216 0.0005033 0.0004894 0.0024329 0.0095217 0.0021672 0.0037891 0.0004894 0.0013982 K | 0.0007501 0.0002879 0.0004005 0.0002155 0.0009110 0.0021493 0.0000581 0.0005033 0.0000161 0.0012070 0.0001582 0.0000206 0.0000322 0.0000313 0.0001556 0.0006088 0.0001386 0.0002423 0.0000313 0.0000894 L | 0.0281290 0.0107956 0.0150200 0.0080800 0.0341638 0.0805983 0.0021792 0.0188756 0.0012070 0.0226306 0.0059342 0.0007711 0.0012070 0.0011734 0.0058337 0.0228317 0.0051966 0.0090858 0.0011734 0.0033527 M | 0.0036880 0.0014154 0.0019693 0.0010594 0.0044793 0.0105673 0.0002857 0.0024748 0.0001582 0.0059342 0.0003890 0.0001011 0.0001582 0.0001539 0.0007649 0.0029935 0.0006813 0.0011912 0.0001539 0.0004396 N | 0.0004792 0.0001839 0.0002559 0.0001377 0.0005820 0.0013732 0.0000371 0.0003216 0.0000206 0.0007711 0.0001011 0.0000066 0.0000206 0.0000200 0.0000994 0.0003890 0.0000885 0.0001548 0.0000200 0.0000571 P | 0.0007501 0.0002879 0.0004005 0.0002155 0.0009110 0.0021493 0.0000581 0.0005033 0.0000322 0.0012070 0.0001582 0.0000206 0.0000161 0.0000313 0.0001556 0.0006088 0.0001386 0.0002423 0.0000313 0.0000894 Q | 0.0007293 0.0002799 0.0003894 0.0002095 0.0008857 0.0020896 0.0000565 0.0004894 0.0000313 0.0011734 0.0001539 0.0000200 0.0000313 0.0000152 0.0001512 0.0005919 0.0001347 0.0002356 0.0000304 0.0000869 R | 0.0036255 0.0013914 0.0019359 0.0010414 0.0044033 0.0103882 0.0002809 0.0024329 0.0001556 0.0058337 0.0007649 0.0000994 0.0001556 0.0001512 0.0003759 0.0029428 0.0006698 0.0011711 0.0001512 0.0004321 S | 0.0141895 0.0054458 0.0075768 0.0040759 0.0172337 0.0406574 0.0010993 0.0095217 0.0006088 0.0228317 0.0029935 0.0003890 0.0006088 0.0005919 0.0029428 0.0057587 0.0026214 0.0045833 0.0005919 0.0016912 T | 0.0032296 0.0012395 0.0017245 0.0009277 0.0039225 0.0092539 0.0002502 0.0021672 0.0001386 0.0051966 0.0006813 0.0000885 0.0001386 0.0001347 0.0006698 0.0026214 0.0002983 0.0010432 0.0001347 0.0003849 V | 0.0056466 0.0021671 0.0030151 0.0016220 0.0068581 0.0161794 0.0004375 0.0037891 0.0002423 0.0090858 0.0011912 0.0001548 0.0002423 0.0002356 0.0011711 0.0045833 0.0010432 0.0009119 0.0002356 0.0006730 W | 0.0007293 0.0002799 0.0003894 0.0002095 0.0008857 0.0020896 0.0000565 0.0004894 0.0000313 0.0011734 0.0001539 0.0000200 0.0000313 0.0000304 0.0001512 0.0005919 0.0001347 0.0002356 0.0000152 0.0000869 Y | 0.0020836 0.0007997 0.0011126 0.0005985 0.0025306 0.0059702 0.0001614 0.0013982 0.0000894 0.0033527 0.0004396 0.0000571 0.0000894 0.0000869 0.0004321 0.0016912 0.0003849 0.0006730 0.0000869 0.0001242 BLOSUM s_ij: | A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- A | 2 2 -3 -3 -3 -1 -1 0 -1 -1 0 -1 2 -1 0 2 0 0 -1 -3 C | 2 3 -4 -3 0 -6 -1 2 -1 -4 -2 -3 3 -2 0 1 0 0 -7 1 D | -3 -4 6 4 -16 -7 2 -8 -6 -9 -14 -1 -5 -7 1 3 1 -6 -7 -5 E | -3 -3 4 4 -12 -2 3 -5 3 0 -3 0 -6 2 2 1 2 -3 -5 0 F | -3 0 -16 -12 4 -7 -7 -1 -7 0 0 -1 -2 -1 -9 -7 -3 -1 2 4 G | -1 -6 -7 -2 -7 3 -6 -4 -20 -6 -2 0 -1 -7 -7 -4 -4 -3 -8 -6 H | -1 -1 2 3 -7 -6 4 -3 4 0 -2 0 -2 3 5 2 3 -2 -2 1 I | 0 2 -8 -5 -1 -4 -3 3 -1 1 1 -1 3 0 -4 -4 0 3 0 -1 K | -1 -1 -6 3 -7 -20 4 -1 7 2 0 1 -1 6 3 -3 4 0 -2 3 L | -1 -4 -9 0 0 -6 0 1 2 3 2 2 -1 2 0 -5 1 2 2 0 M | 0 -2 -14 -3 0 -2 -2 1 0 2 3 0 1 3 -4 -5 0 1 3 -2 N | -1 -3 -1 0 -1 0 0 -1 1 2 0 3 -5 0 0 -1 0 1 -1 -1 P | 2 3 -5 -6 -2 -1 -2 3 -1 -1 1 -5 4 0 -1 -2 0 1 0 -4 Q | -1 -2 -7 2 -1 -7 3 0 6 2 3 0 0 5 2 -3 3 0 1 2 R | 0 0 1 2 -9 -7 5 -4 3 0 -4 0 -1 2 6 3 4 -3 -2 1 S | 2 1 3 1 -7 -4 2 -4 -3 -5 -5 -1 -2 -3 3 3 1 -4 -4 -3 T | 0 0 1 2 -3 -4 3 0 4 1 0 0 0 3 4 1 3 0 -1 1 V | 0 0 -6 -3 -1 -3 -2 3 0 2 1 1 1 0 -3 -4 0 3 0 -1 W | -1 -7 -7 -5 2 -8 -2 0 -2 2 3 -1 0 1 -2 -4 -1 0 5 -2 Y | -3 1 -5 0 4 -6 1 -1 3 0 -2 -1 -4 2 1 -3 1 -1 -2 4