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--- teaching:2009winter:sequenzanalyse [2016/01/14 18:54]
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+====== Grundlagen der Sequenzanalyse Wintersemester 2009/2010 ======
+===== Kurzbeschreibung =====
+Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.
+In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.
+===== Literatur =====
+  * [[http://wiki.techfak.uni-bielefeld.de/gi/Teaching/2009winter/SequenzAnalyse?action=AttachFile&amp;do=get&amp;target=sequence_analysis.pdf|Das Skript zur Vorlesung]]
+  * Prof. Volker Heun an der TU München hat auch eine gute [[http://www.bio.ifi.lmu.de/~heun/lecturenotes/|Skriptsammlung]].
+  * Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997.
+  * Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.
+===== Veranstaltungsdaten =====
+Wir bitten alle Studierende sich im ekvv fr Vorlesung und bungen zu registrieren. Dies erleichtert die Organisation der bungsgruppen erheblich.
+\\
+| **Vorlesung:** | 392105 |Jens Stoye |Do 8-10 in H5 |[[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=12921176|ekvv]] |
+| **Übungen:** | 392106 |Nils Hoffmann | siehe ekvv |[[http://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=12921199|ekvv]] |
+==== Planung der Übungen ====
+| **Termin** | **Tutor** | **Raum** |
+| Di, 14-16 | Florian Kollin | U10-146 |
+| Di, 14-16 | Nils Hoffmann | M3-115 |
+| Do, 16-18 | Robert Steinfelder | M3-115 |
+| Fr, 8-10 | Ella Mller | M3-115 |
+==== Zeitplan: ====
+| **Termin** | **Thema** | **Übungszettel** | **Abgabedatum** |
+| 15.10.2009 | Einführung in die Sequenzanalyse, Übungsplanung | {{ 803blatt01.pdf | Blatt 1 }}, {{ 803xenopus.fasta | fasta-Datei }}, {{ 803blatt01.zip | blatt01.zip }} | 22.10.2009 |
+| 22.10.2009 | Alphabete und Sequenzen, Metriken auf Sequenzen | {{ 803blatt02.pdf | Blatt 2 }}, {{ 803blatt02.zip | blatt02.zip }}| 29.10.2009 |
+| 29.10.2009 | Edit-Sequenz und -Distanz | {{ 803blatt03.pdf | Blatt 3 }}, {{ 803blatt03.zip | blatt03.zip }} | 5.11.2009 |
+| 05.11.2009 | Edit-Matrix und Backtracing | {{ 803blatt04.pdf | Blatt 4 }} {{ 803blatt04.zip | blatt04.zip }}| 12.11.2009 |
+| 12.11.2009 | Q-Gram Distanz | {{ 803blatt05.pdf | Blatt 5 }} {{ 803xanthomonas.fasta | Xanthomonas Genom }} {{ 803blatt05.zip | blatt05.zip }} | 19.11.2009 |
+| 19.11.2009 | Maximal-Matches-Distanz| {{ 803blatt06.pdf | Blatt 6 }} | 26.11.2009 |
+| 26.11.2009 | Distanz und Scores | {{ 803blatt07.pdf | Blatt 7 }} | 3.12.2009 |
+| 03.12.2009 | Alignment | {{ 803blatt08.pdf | Blatt 8 }} | 10.12.2009 |
+| 10.12.2009 | Gapfunktionen | {{ 803blatt09.pdf | Blatt 9 }} | 17.12.2009 |
+| 17.12.2009 | Approximatives String-Matching, Bonuszettel | {{ 803blatt10_1.pdf | Blatt 10 }} {{ 803blatt10.zip | blatt10.zip }} | 07.01.2010 |
+| 07.01.2010 | Datenbanksuche, FASTA, BLAST | {{ 803blatt11.pdf | Blatt 11 }} | 14.01.2010 |
+| 14.01.2010 | Datenbanksuche, Sequenzstatistik | {{ 803blatt12.pdf | Blatt 12 }} | 21.01.2010 |
+| 21.01.2010 | Suffixbäume | {{ 803blatt13_1.pdf | Blatt 13 }} | 28.01.2010 |
+| 28.01.2010 | -- entfällt -- | | |
+| 04.02.2010 | Wiedeholung und Fragen | | |
+| 11.02.2010 | **Klausur**: 8:30 - 10:00 Uhr in H5 | | |
+| 05.03.2010 | **Nachklausur**: 8:30 - 10:00 Uhr in H5 | | |Back to [[:Teaching|Teaching]]

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