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teaching:2017summer:sa

Sequenzanalyse, Sommersemester 2017


392105/06 Stoye, Schulz SS 2017 Di 10:15 - 11:45 in H11 und Do 10:15 - 11:45 in H10ekvv/ekvv/ekvv

Kurzbeschreibung

Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.

In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.

Literatur

  • Das Skript zur Vorlesung: Sequenzanalyse-Skript
  • Prof. Volker Heun an der TU München hat auch eine gute Skriptsammlung.
  • Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997.
  • Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.

Veranstaltungsdaten

Wir bitten alle Studierende sich im ekvv/ekvv für Vorlesung und Übungen zu registrieren. Dies erleichtert die Organisation der Übungsgruppen.

Organisatorisches

  • Die Modulbeschreibung enthält einige Rahmenbedingungen der Veranstaltung.
  • Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50% der Punkte) und aktive Teilnahme in den Tutorien (mindestens zweimal Vorrechnen) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung.
  • Die Übungszettel werden in der Regel wöchentlich in der Vorlesung ausgegeben. Die Abgaben zu den Übungszetteln werden zu Beginn der nächsten Vorlesung eingesammelt oder können vor dieser Vorlesung bei den jeweiligen Tutoren abgegeben werden.
  • Bitte den Tutorientermin bzw. den Tutor, sowie Deinen Namen deutlich auf der Abgabe vermerken. Zettel, die nicht zugeordnet werden können, werden auch nicht bewertet.

Übungen

Beginn ab 26.04.2017

Termin Tutor Raum
Mi, 12-14 Swen Simon U2-232
Mi, 16-18 Michel Theodor Henrichs U5-133
Do, 14-16 Chris Benedict Fricke U10-146
Do, 14-16 Bianca Frommer C01-142

Prüfungstermine

1. Klausur: 20. Juli 2017

Achtung: Wir bitten alle Studierenden sich zur Teilnahme an der Klausur anzumelden, indem Sie die Veranstaltung Sequenzanalyse Klausur unter der Belegnummer 390006 im ekvv in ihren Stundenplan aufnehmen.

2. Prüfungstermin: Mündliche Prüfung am 20. bzw. 22. September 2017. Anmeldung im Sekretariat bei Heike Samuel (U10-151).

Übungszettel

teaching/2017summer/sa.txt · Last modified: 2017/07/31 13:01 by Jens Stoye