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teaching:2017summer:sequaprak

Sequenzanalyse-Praktikum

Übung: 392012 Di. 8-12 oder Mi. 8-12 Tizian Schulz, Linda Sundermann, Roland Wittler ekvv oder ekvv

Inhalt

In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.

Anforderungen

Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen.

  • Halten eines 45-minütigen Vortrags
  • Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten
  • Bearbeitung der Übungsaufgaben
  • Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben.

Regeln

  • pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen
  • Erste Abgabe der Protokolle: spätestens Sonntag (für die Dienstags-Gruppe) bzw. Montag (für die Mittowchs-Gruppe) um 24:00 per Email (PDF < 3MB an praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de)
  • Nachbesprechung erfolgt im Seminar.
  • Zweite, finale Abgabe eine Woche später (Zeiten wie oben)
  • nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe

Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden.

Zeiten und Räume

Dienstag:

  • 9:00 - 10:30 in U10-146
  • 10:45 - 12:15 in V6-116 (Tutor: Franziska Kaiser)

Mittwoch:

  • 9:00 - 10:30 in U10-146
  • 10:45 - 12:15 in V6-116 (Tutor: Jens Schulz)

Termine

Datum Thema Ansprechpartner Vortragende dienstags Vortragende mittwochs Zusätzliches Material
18./19.04. 1. Organisation, Anzahl Alignments Linda
25./26.04. entfällt
02./03.05. 2. BWT in der Praxis Roland Vortrag
09./10.05. 3. Score-Matrizen Roland Paul B. & Julia N. Melody & Duygu ipb001525a.results.pdf ipb001303d.results.pdf
16./17.05. 4. Datenbanken und Datenformate Tizian Nina Paul W.  Histogramm
23./24.05. 5. Paarweises Alignment in der Praxis 1: Datenbanksuche Linda Sina K. - (Linda S.) unknown_gene.fas, unknown_protein.fas
30./31.05. 6. Paarweises Alignment in der Praxis 2: Alignment-Statistik: Datenbanksuche Linda Kevin Antonia & Linda
06./07.06. 7. q-Grams und de Bruijn-Graphen Linda Manuel Andreas Distances_todos.java, Distances_todo.py, test_reads.fasta, test_reference.fasta, test.fasta
13./14.06. 8. Multiples Alignment in der Praxis 1: DIALIGN Linda Fabienne Verena dialign_sequences.fas, four_seq.fas
20./21.06. 9. Multiples Alignment in der Praxis 2: Clustal Omega Roland Ilja Lukas unknown_query.fas
27./28.06. 10. Mapping und differencial expression Linda Erik & Till Aron
04./05.07. 11. Strukturelle Variationen Roland Luca Ruth & Sina S. IGV.zip
11./12.07. 12. Indexstrukturen Tizian Fabian Pia & Lena Quellcode
18./19.07. 13. Genom-Browser und Genomalignment Tizian Sophia Ha. Timo h_pylori26695_eslice.fasta h_pylorij99_eslice.fasta
25./26.07. 14. RNA Tizian Julia G. Steffi & Sophia Hö. (Dienstagskurs) sequences.fasta

Lösungen der Übungsaufgaben schicken an: praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE

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teaching/2017summer/sequaprak.txt · Last modified: 2017/07/25 08:47 by Tizian Schulz