In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.

Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen.

• Halten eines 45-minütigen Vortrags
• Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten
• Bearbeitung der Übungsaufgaben
• Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben.

• pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen
• Erste Abgabe der Protokolle: spätestens Sonntag (für die Dienstags-Gruppe) bzw. Montag (für die Mittowchs-Gruppe) um 24:00 per Email (PDF < 3MB an praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de)
• Nachbesprechung erfolgt im Seminar.
• Zweite, finale Abgabe eine Woche später (Zeiten wie oben)
• nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe

Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden.

• Ausarbeitungen: spätestens nach zwei Wochen. (PDF an praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de), Verbesserung zwei Wochen nach Rückgabe

Dienstag:

• 9:00 - 10:30 in U10-146
• 10:45 - 12:15 in V6-116 (Tutor: Franziska Kaiser)

Mittwoch:

• 9:00 - 10:30 in U10-146
• 10:45 - 12:15 in V6-116 (Tutor: Jens Schulz)

Datum	Thema	Ansprechpartner	Vortragende dienstags	Vortragende mittwochs	Zusätzliches Material
18./19.04.	1. Organisation, Anzahl Alignments	Linda
25./26.04.	entfällt
02./03.05.	2. BWT in der Praxis	Roland			Vortrag
09./10.05.	3. Score-Matrizen	Roland	Paul B. & Julia N.	Melody & Duygu	ipb001525a.results.pdf ipb001303d.results.pdf
16./17.05.	4. Datenbanken und Datenformate	Tizian	Nina	Paul W.
23./24.05.	5. Paarweises Alignment in der Praxis 1: Datenbanksuche	Linda	Sina K.	- (Linda S.)	unknown_gene.fas, unknown_protein.fas
30./31.05.	6. Paarweises Alignment in der Praxis 2: Alignment-Statistik: Datenbanksuche	Linda	Kevin	Antonia & Linda
06./07.06.	7. q-Grams und de Bruijn-Graphen	Linda	Manuel	Andreas	Distances_todos.java, Distances_todo.py, test_reads.fasta, test_reference.fasta, test.fasta
13./14.06.	8. Multiples Alignment in der Praxis 1: DIALIGN	Linda	Fabienne	Verena	dialign_sequences.fas, four_seq.fas
20./21.06.	9. Multiples Alignment in der Praxis 2: Clustal Omega	Roland	Ilja	Lukas	unknown_query.fas
27./28.06.	10. Mapping und differencial expression	Linda	Erik & Till	Aron
04./05.07.	11. Strukturelle Variationen	Roland	Luca	Ruth & Sina S.	IGV.zip
11./12.07.	12. Indexstrukturen	Tizian	Fabian	Pia & Lena	Quellcode
18./19.07.	13. Genom-Browser und Genomalignment	Tizian	Sophia Ha.	Timo	h_pylori26695_eslice.fasta h_pylorij99_eslice.fasta
25./26.07.	14. RNA	Tizian	Julia G.	Steffi & Sophia Hö. (Dienstagskurs)	sequences.fasta

Lösungen der Übungsaufgaben schicken an: praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE

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