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teaching:2017winter:alggr

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Daniel Doerr [Time table]
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Daniel Doerr [Table]
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 ==== Time table ==== ==== Time table ====
  
-| **Date** | **Topic** | **Exercises** | +| **Date** ​    ​| **Topic** ​                                                                                                ​| **Exercises** ​                                                                                                                                                                                                                                        ​
-| 13.10.2017 | Introduction,​ logistics | -- | +| 13.10.2017 ​  ​| Introduction,​ logistics ​                                                                                  ​| --                                                                                                                                                                                                                                                    
-| 20.10.2017 | Physical mapping | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises01PhysicalMapping.pdf|Exercises 01}} | +| 20.10.2017 ​  ​| Physical mapping ​                                                                                         | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises01PhysicalMapping.pdf|Exercises 01}}                                                                                                                                                                            
-| 27.10.2017 | Genome assembly, re-sequencing | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises02Assembly.pdf|Exercises 02}} | +| 27.10.2017 ​  ​| Genome assembly, re-sequencing ​                                                                           | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises02Assembly.pdf|Exercises 02}}                                                                                                                                                                                   ​
-| 03.11.2017 | Hybrid genome assembly | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises03HybridAssembly.pdf|Exercises 03}} | +| 03.11.2017 ​  ​| Hybrid genome assembly ​                                                                                   | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises03HybridAssembly.pdf|Exercises 03}}                                                                                                                                                                             ​
-| 10.11.2017 | Haplotype inference | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises04HaplotypeInference.pdf|Exercises 04}} | +| 10.11.2017 ​  ​| Haplotype inference ​                                                                                      ​| {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises04HaplotypeInference.pdf|Exercises 04}}                                                                                                                                                                         ​
-| 17.11.2017 | SNV-disease association mapping | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises05Associationmapping.pdf|Exercises 05}} | +| 17.11.2017 ​  ​| SNV-disease association mapping ​                                                                          ​| {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises05Associationmapping.pdf|Exercises 05}}                                                                                                                                                                         ​
-| 24.11.2017 | Gene finding (tRNAs, protein-coding genes) | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises06GeneFinding.pdf|Exercises 06}} | +| 24.11.2017 ​  ​| Gene finding (tRNAs, protein-coding genes) ​                                                               | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises06GeneFinding.pdf|Exercises 06}}                                                                                                                                                                                
-| 01.12.2017 | Finding patterns in non-coding regions | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises07Noncoding.pdf|Exercises 07}} | +| 01.12.2017 ​  ​| Finding patterns in non-coding regions ​                                                                   | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises07Noncoding.pdf|Exercises 07}}                                                                                                                                                                                  
-| 08.12.2017 | RNA-seq | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises08RNASeq.pdf|Exercises 08}} | +| 08.12.2017 ​  ​| RNA-seq ​                                                                                                  ​| {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises08RNASeq.pdf|Exercises 08}}                                                                                                                                                                                     ​
-| 15.12.2017 | Proteomics: analysis of mass spectra | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises09MassSpec.pdf|Exercises 09}} | +| 15.12.2017 ​  ​| Proteomics: analysis of mass spectra ​                                                                     | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises09MassSpec.pdf|Exercises 09}}                                                                                                                                                                                   ​
-| 22.12.2017 | -- | -- | +| 22.12.2017 ​  ​| --                                                                                                        | --                                                                                                                                                                                                                                                    
-| X-mas break ||| +| X-mas break                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ||| 
-| 12.01.2018 | Subclonal composition reconstruction (Linda Sundermann) | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​motivation.pdf|Motivation}},​ {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercise10_subclonal_reconstruction.pdf|Exercises 10}} | +| 12.01.2018 ​  ​| Subclonal composition reconstruction (Linda Sundermann) ​                                                  ​| {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​motivation.pdf|Motivation}},​ {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercise10_subclonal_reconstruction.pdf|Exercises 10}}                                                                                                         ​
-| 19.01.2018 | Reconstruction of ancestral genomes (Roland Wittler) | {{:​teaching:​2013winter:​702lecture1-handout.pdf | Intro to Genome Rearrangements (Pedro Feijão, slides 1--14)}}, {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​11ancestral_handout.pdf|handout}},​ {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises11ancestral.pdf|Exercises 11}}| +| 19.01.2018 ​  ​| Reconstruction of ancestral genomes (Roland Wittler) ​                                                     | {{:​teaching:​2013winter:​702lecture1-handout.pdf | Intro to Genome Rearrangements (Pedro Feijão, slides 1--14)}}, {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​11ancestral_handout.pdf|handout}},​ {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercises11ancestral.pdf|Exercises 11}}  
-| 26.01.2018 | Synteny Hierarchies,​ or: PQ-Tree construction with Generating Families of Common Intervals (Daniel Dörr) | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercise12.pdf|Exercises 12}}, {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​lecture_notes12.txt |Lecture Notes}}| +| 26.01.2018 ​  ​| Synteny Hierarchies,​ or: PQ-Tree construction with Generating Families of Common Intervals (Daniel Dörr) ​ | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​exercise12.pdf|Exercises 12}}, {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​lecture_notes12.txt |Lecture Notes}} ​                                                                                                                        ​
-| 02.02.2018 | Finding Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Strings (Daniel Dörr) | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​lecture_notes13.txt |Lecture Notes}}, {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​lecture13_slides.txt |Slides}}|+| 02.02.2018 ​  ​| Finding Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Strings (Daniel Dörr) ​                           | {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​lecture_notes13.txt |Lecture Notes}}, {{:​teaching:​2017winter:​alggr:​lecture13_slides.pdf |Slides}} ​                                                                                                                       |
 ==== Examination dates ==== ==== Examination dates ====
 Oral exams will be on 05.04.2018. Please make an appointment with the secretary in U10-151, Heike Samuel. ​ Oral exams will be on 05.04.2018. Please make an appointment with the secretary in U10-151, Heike Samuel. ​
teaching/2017winter/alggr.txt · Last modified: 2018/02/02 14:05 by Daniel Doerr