Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- teaching:2017winter:phylogenetik [2017/10/12 13:06]
+++ teaching:2017winter:phylogenetik [2020/02/14 09:07] (current)
@@ Line 1: / Line 1: @@
+====== Phylogenetik ======
+Dr. Roland Wittler, Prof. Dr. Jens Stoye\\
+Vorlesung: Donnerstag, 10.15-11.45 Uhr in U10-146\\
+Sprechstunde: nach Vereinbarung\\
+Büro: U10-145, U10-147\\
+Übungen: Siehe unten.
+===== Inhalt =====
+Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein:
+  * Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
+  * Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
+  * Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
+  * Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
+  * Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen
+===== Literaturempfehlungen =====
+  * J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
+  * R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
+  * D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
+  * D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
+  * M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.
+===== Links =====
+[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/CommonTree/wwwcmt.cgi|NCBI Taxonomy - Common Tree]]\\ [[http://itol.embl.de/|Interactive Tree of Life]]\\ [[http://www.phylowidget.org/full/|Online NEWICK Tree drawing tool]]\\ [[http://www.splitstree.org/|Splitstree (licensed but free)]]\\ [[http://mobyle.pasteur.fr|Mobyle portal, a portal for bioinformatics analyses]]
+{{ teaching:2016winter:phylogeny:phylogeny_ws1617.pdf | Vorlesungsskript }} (Wird in der Vorlesung ausgegeben.)
+===== Prüfungsleistung =====
+Auszug aus dem Modulhandbuch: "Portfolio aus Übungsaufgaben, die veranstaltungsbegleitend [...] und Abschlussklausur (90 min) oder mündlicher Abschlussprüfung (15-25 min). Die Übungsaufgaben ergänzen und vertiefen den Inhalt der Vorlesung.
+Mitarbeit in den Übungsgruppen (Zweimaliges Vorrechnen von Übungsaufgaben nach Aufforderung). [...] Nachweis einer ausreichenden Zahl korrekt gelöster Übungsaufgaben (in der Regel 50% der im Semester für das Lösen der Aufgaben erzielbaren Punkte). Die Abschlussprüfung bezieht sich auf den Inhalt der Vorlesung und der Übung und dient der Bewertung."
+===== Klausur =====
+In der letzten Woche vor der vorlesungsfreien Zeit, also dem 1.2., 10-12 Uhr, in Hörsaal **H12**.
+===== Übungen =====
+Koordination und Durchführung der Übungen: Tizian Schulz
+Das Tutorium beginnt ab der dritten Semesterwoche immer mittwochs 16-18 Uhr in U10-146.
+  * Bestehensgrenze 50% (siehe "Klausur")
+  * Abgabe zu Beginn der Vorlesung oder vorab bei der Tutorin, beim Tutor oder beim Veranstalter.
+  * keine Gruppenabgaben
+}===== Übungsaufgaben =====
+| **Datum**              | **Übungsblatt**                                                                                                                     |
+| 12.10.2017             | {{ :teaching:2017winter:phylogeny:uebung01.pdf | Blatt 1 }}                                                                         |
+| 19.10.2017             | {{ :teaching:2017winter:phylogeny:uebung02.pdf | Blatt 2 }}                                                                         |
+| 26.10.2017             | {{ :teaching:2017winter:phylogeny:uebung03.pdf | Blatt 3 }}                                                                         |
+| 02.11.2017             | {{ :teaching:2017winter:phylogeny:uebung04.pdf | Blatt 4 }}                                                                         |
+| 09.11.2017             | {{ :teaching:2017winter:phylogeny:uebung05.pdf | Blatt 5 }}                                                                         |
+| 16.11.2017             | {{ :teaching:2017winter:phylogeny:uebung06.pdf | Blatt 6 }}                                                                         |
+| 23.11.2017             | {{ :teaching:2017winter:phylogeny:uebung07.pdf | Blatt 7 }}                                                                         |
+| 30.11.2017             | {{ :teaching:2017winter:phylogeny:uebung08.pdf | Blatt 8 }}                                                                         |
+| 07.12.2017             | {{ :teaching:2017winter:phylogeny:uebung09.pdf | Blatt 9 }}                                                                         |
+| 14.12.2017             | {{ :teaching:2017winter:phylogeny:uebung10.pdf | Blatt 10 }}                                                                        |
+| 21.12.2017             | {{ :teaching:2017winter:phylogeny:bonuszettel.pdf | Bonusblatt }}, [[http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/~roland/apob.fa|apob.fa]]  |
+| -- Weihnachtspause --                                                                                                                                       ||
+| 11.01.2018             | {{ :teaching:2017winter:phylogeny:uebung11.pdf | Blatt 11 }}                                                                        |
+| 18.01.2018             | {{ :teaching:2017winter:phylogeny:uebung12.pdf | Blatt 12 }}                                                                        |
+| 25.01.2018             | --                                                                                                                                  |
+| 01.02.2018             | --                                                                                                                                  |
+Back to [[:teaching|Teaching]]

Genome Informatics

Differences