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teaching:2017winter:sequaprak [2017/12/06 12:59]
teaching:2017winter:sequaprak [2020/02/14 09:07] (current)
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 +====== Sequenzanalyse-Praktikum ======
  
 +| **Übung:** | 392012 | Di. 10-14 oder Mi. 10-14 | Jens Stoye, Daniel Dörr, Tizian Schulz | [[https://​ekvv.uni-bielefeld.de/​kvv_publ/​publ/​vd?​id=102492995|ekvv]] oder [[https://​ekvv.uni-bielefeld.de/​kvv_publ/​publ/​vd?​id=102494238|ekvv]] |
 +
 +==== Inhalt ====
 +
 +In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen,​ die den Inhalt der Vorlesung [[http://​wiki.techfak.uni-bielefeld.de/​gi/​Teaching/​2017summer/​sa|Sequenzanalyse]] vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche,​ lernen.\\ Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden. ​
 +
 +==== Anforderungen ====
 +
 +Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen. ​
 +
 +  * Halten eines 45-minütigen Vortrags ​
 +  * Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten ​
 +  * Bearbeitung der Übungsaufgaben ​
 +  * Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben. ​
 +
 +==== Regeln ====
 +
 +  * pünktliche Abgabe von Protokollen,​ Verbesserungen und Ausarbeitungen ​
 +  * Erste Abgabe der Protokolle: spätestens Sonntag (für die Dienstags-Gruppe) bzw. Montag (für die Mittwochs-Gruppe) um 24:00 per Email (PDF < 3MB an [[praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de|praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de]]) ​
 +  * Nachbesprechung erfolgt im Seminar. ​
 +  * Zweite, finale Abgabe eine Woche später (Zeiten wie oben) 
 +  * nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe ​
 +
 +Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden. ​
 +
 +  * Ausarbeitungen:​ spätestens nach zwei Wochen. (PDF an [[praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de|praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de]]),​ Verbesserung zwei Wochen nach Rückgabe ​
 +
 +==== Protokollvorlage ====
 +Zum Erstellen des Protokolls kann (muss aber nicht!) folgende LaTeX Vorlage verwendet werden: {{:​teaching:​2017winter:​sequaprak:​protokollvorlage.zip|ProtokollVorlage.zip}} (Englische Version: {{:​teaching:​2017winter:​sequaprak:​protokollvorlageen.zip|ProtokollVorlageEN.zip}}). Ein beispielhaftes Musterprotokoll findet sich {{:​teaching:​2017winter:​sequaprak:​protokoll00.pdf|hier}}. ​
 +
 +==== Zeiten und Räume ====
 +
 +Dienstag:​\\ ​
 +
 +  * 10:15 - 11:45 in U10-146 ​
 +  * 12:30 - 14:00 in V6-116 (Tutor: Jens Schulz) ​
 +
 +Mittwoch:​\\ ​
 +
 +  * 10:15 - 11:45 in U10-146 ​
 +  * 12:15 - 13:45 in V6-116 (Tutor: Jens Schulz) ​
 +
 +==== Termine ====
 +
 +^ Datum             ^ Thema                                                                                                                        ^ Ansprechpartner ​ ^ Vortragende dienstags ​ ^ Vortragende mittwochs ​     ^ Zusätzliches Material ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ^
 +| 10./​11.10.2017 ​   | 1. {{:​teaching:​2017winter:​sequaprak:​blatt01.pdf|Anzahl Alignments}} ​                                                         | Daniel ​          | --                     | --                         | {{:​teaching:​2017winter:​sequaprak:​stunde01_organisation.pdf|Organisation}} ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                      |
 +| 17./​18.10.2017 ​   | 2. {{:​teaching:​2017winter:​sequaprak:​blatt02.pdf|BWT in der Praxis}} ​                                                         | Jens             | --                     | --                         ​| ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                |
 +| 24./​25.10.2017 ​   | 3. {{:​teaching:​2017winter:​sequaprak:​blatt03.pdf|Score-Matrizen}} ​                                                            | Jens             | Solveig Gasse          | Christine Barber ​          | {{:​teaching:​2016summer:​sequaprak:​ipb001303d.results.pdf}} {{:​teaching:​2016summer:​sequaprak:​ipb001525a.results.pdf}} ​                                                                                                                                                                                                                                                            |
 +| 31.10/​01.11.2017 ​ | entfällt ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           |||||
 +| 07./​08.11.2017 ​   | 4. {{:​teaching:​2017winter:​sequaprak:​blatt04.pdf|Datenbanken und Datenformate}} ​                                              | Jens             | Jonas Leon Bicker ​     | Kim Wüstkamp ​              ​| ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                |
 +| 14./​15.11.2017 ​   | 5. {{:​teaching:​2017winter:​sequaprak:​blatt05.pdf|Paarweises Alignment in der Praxis 1: Datenbanksuche}} ​                      | Jens             | Jan Niklaas Milchert ​  | Aron Sattler ​              | {{:​teaching:​2017summer:​sequaprak:​blatt06_unknown_gene.txt|unknown_gene.fas}},​ {{:​teaching:​2017summer:​sequaprak:​blatt06_unknown_protein.txt|unknown_protein.fas}} ​                                                                                                                                                                                                               |
 +| 21./​22.11.2017 ​   | entfällt ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           |||||
 +| 28./​29.11.2017 ​   | 6. {{:​teaching:​2017summer:​sequaprak:​blatt06.pdf|Paarweises Alignment in der Praxis 2: Alignment-Statistik:​ Datenbanksuche}} ​ | Daniel ​          | Julia Rudij            | Nele Tiemann ​              ​| ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                |
 +| 05./​06.12.2017 ​   | 7. {{:​teaching:​2017winter:​sequaprak:​blatt07.pdf|q-Grams und de Bruijn-Graphen}} ​                                             | Tizian ​          ​| ​                       | Bjarte Alexander Feldmann ​ | {{:​teaching:​2017summer:​sequaprak:​Distances_todos_java.txt | Distances_todos.java}},​ {{:​teaching:​2017summer:​sequaprak:​Distances_todo_py.txt | Distances_todo.py}},​ {{:​teaching:​2017summer:​sequaprak:​test_reads.txt | test_reads.fasta}},​ {{:​teaching:​2017summer:​sequaprak:​test_reference.txt | test_reference.fasta}},​ {{:​teaching:​2017summer:​sequaprak:​test.txt | test.fasta}} ​ |
 +| 12./​13.12.2017 ​   | 8. {{:​teaching:​2017winter:​sequaprak:​blatt08.pdf|Indexstrukturen}} ​                                                           | Daniel ​          | Lukas Schulte ​         | Daniel Göbel ​              | {{:​teaching:​2017winter:​sequaprak:​blatt08.zip|Java Klassen}} ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    |
 +| 19./​20.12.2017 ​   | 9. {{:​teaching:​2017winter:​sequaprak:​blatt09.pdf|Mapping und differentielle Expression}} ​                                     | Daniel ​          | Leonard Bohnenkämper ​  | Lisa Hils                  | {{:​teaching:​2017winter:​sequaprak:​minichloroplast.zip|minichloroplast.zip}} ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |
 +| 26./​27.12.2017 ​   | Weihnachtspause ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    |||||
 +| 02./​03.01.2018 ​   | Weihnachtspause ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    |||||
 +| 09./​10.01.2018 ​   | 10. {{:​teaching:​2017winter:​sequaprak:​blatt10.pdf|Multiples Alignment in der Praxis 1: DIALIGN}} ​                             | Tizian ​          | Yannick Petersen ​      | Jasmin Hartmann ​           |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 |
 +| 16./​17.01.2018 ​   | 11. {{ :​teaching:​2017winter:​sequaprak:​blatt11.pdf | Multiples Alignment in der Praxis 2: Clustal W }}                        | Tizian ​          | Larissa Horstkötter ​   | Gabriel Abrantes Diaz      |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 |
 +| 23./​24.01.2018 ​   | 12. {{ :​teaching:​2017winter:​sequaprak:​blatt12.pdf | Genom-browser und Genomalignment }}                                      | Daniel ​          ​| ​                       | Anna Lena Bergander ​       | {{ :​teaching:​2017summer:​sequaprak:​h_pylori26695_eslice.txt | h_pylori26695_eslice.fasta }} {{ :​teaching:​2017summer:​sequaprak:​h_pylorij99_eslice.txt | h_pylorij99_eslice.fasta }}                                                                                                                                                                                               |
 +| 30./​31.01.2018 ​   | 13. {{ :​teaching:​2017winter:​sequaprak:​blatt13.pdf |RNA-Faltung }}                                                            | Daniel ​          | Jannis Göke            | Ruth Rothgänger ​           | {{ :​teaching:​2017summer:​sequaprak:​sequences.txt | sequences.fasta }}                                                                                                                                                                                                                                                                                                            |
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