In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.
Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen.
Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden.
Zum Erstellen des Protokolls kann (muss aber nicht!) folgende LaTeX Vorlage verwendet werden: ProtokollVorlage.zip. Ein beispielhaftes Musterprotokoll findet sich hier.
Dienstag bzw. Mittwoch:
Datum | Thema | Ansprechpartner | Vortragende dienstags | Vortragende mittwochs | Zusätzliches Material |
---|---|---|---|---|---|
9./10.10. | 1. Anzahl Alignments | Roland | Roland | Roland | Organisatorisches, wissenschaftliches Schreiben, etc. |
16./17.10. | 2. BWT in der Praxis | Roland | Roland | Roland | |
23./24.10. | 3. Q-Gramme und de Bruijn-Graphen | Tizian | Pascal | Nick | |
30./31.10. | 4. Indexstrukturen | Roland | Sarah | Lucca | |
06./07.11. | 5. Score-Matrizen | Roland | Marvin | Ina | |
13./14.11. | – | ||||
20./21.11. | 6. Datenformate und Datenbanksuche mit BLAST | Tizian | Pia | Anna | |
27./28.11. | 7. Alignment-Statistik | Tizian | Felix | ||
04./05.12. | 8. Strukturelle Variationen | Roland | Fabian K. | ||
11./12.12. | 9. Differentielle Expression | Tizian | Fabian R. | Alissa | |
18./19.12. | – | ||||
25./26.12. | – | ||||
01./02.01. | – | ||||
08./09.01. | 10. Multiples Alignment | Tizian | Jannis | ||
15./16.01. | 11. Phylogenetische Analyse | Roland | Christine | ||
22./23.01. | 12. Genome-browser und Genomalignment | Tizian | Michael | ||
29./30.01. | 13. RNA-Faltung | Tizian |
Lösungen der Übungsaufgaben schicken an: praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE
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