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teaching:2018winter:sequaprak

Sequenzanalyse-Praktikum

Übung:
392012
Di. 10-14 oder Mi. 10-14 Tizian Schulz und Roland Wittler
(Tutor: Leonard Bohnenkämper)
ekvv oder ekvv

Inhalt

In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.

Anforderungen

Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen.

  • Halten eines 30 bis 45-minütigen Vortrags
  • Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten
  • Bearbeitung der Übungsaufgaben
  • Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben.

Regeln

  • pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen
  • Erste Abgabe der Protokolle: spätestens Sonntag (für die Dienstags-Gruppe) bzw. Montag (für die Mittwochs-Gruppe) um 24:00 per Email (PDF < 3MB an praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de)
  • Nachbesprechung erfolgt im Seminar.
  • Zweite, finale Abgabe eine Woche später (Zeiten wie oben)
  • nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe

Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden.

Protokollvorlage

Zum Erstellen des Protokolls kann (muss aber nicht!) folgende LaTeX Vorlage verwendet werden: ProtokollVorlage.zip. Ein beispielhaftes Musterprotokoll findet sich hier.

Zeiten und Räume

Dienstag bzw. Mittwoch:

  • 10:15 - 11:45 in U10-146
  • 12:30 - 14:00 in V6-116 (Tutor: Leonard Bohnenkämper)

Termine

Datum Thema Ansprechpartner Vortragende dienstags Vortragende mittwochs Zusätzliches Material
9./10.10. 1. Anzahl Alignments Roland Roland Roland Organisatorisches, wissenschaftliches Schreiben, etc.
16./17.10. 2. BWT in der Praxis Roland Roland Roland
23./24.10. 3. Q-Gramme und de Bruijn-Graphen Tizian Pascal Nick
30./31.10. 4. Indexstrukturen Roland Sarah Lucca
06./07.11. 5. Score-Matrizen Roland Marvin Ina
13./14.11.
20./21.11. 6. Datenformate und Datenbanksuche mit BLAST Tizian Pia Anna
27./28.11. 7. Alignment-Statistik Tizian Felix
04./05.12. 8. Strukturelle Variationen Roland Fabian K.
11./12.12. 9. Differentielle Expression Tizian Fabian R. Alissa
18./19.12.
25./26.12.
01./02.01.
08./09.01. 10. Multiples Alignment Tizian Jannis
15./16.01. 11. Phylogenetische Analyse Roland Christine
22./23.01. 12. Genome-browser und Genomalignment Tizian Michael
29./30.01. 13. RNA-Faltung Tizian

Lösungen der Übungsaufgaben schicken an: praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE

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teaching/2018winter/sequaprak.txt · Last modified: 2018/12/03 10:02 by Roland Wittler